NeVibeCode · 676 карточек
Скиллы по теме «Наука и исследования»
Скиллы по теме «Наука и исследования»: у каждой карточки — что делает, команда установки и примеры запросов.
latex-posters скилл Собирает научные постеры через три LaTeX-пакета, компилирует PDF и проверяет шрифты перед отправкой в типографию.
CX Codex +1
2 000установок
bgpt-paper-search скилл Скилл ищет научные статьи в BGPT по темам или DOI. Он извлекает прямые факты, статистику и контекст экспериментов из полного текста публикаций.
CX Codex +1
2 000установок
pptx-posters скилл Собирает одностраничный научный постер в редактируемый .pptx из локального JSON-манифеста и проверяет его до печати.
CX Codex +1
2 000установок
scholar-evaluation скилл Скилл проводит качественный развивающий разбор научных черновиков и протоколов с привязкой к источникам. Помогает проверить рубрики оценки без метрик престижа.
CX Codex +1
2 100установок
pylabrobot скилл Помогает проектировать протоколы PyLabRobot, проверять геометрию планшетов и симулировать дозирование без подключения к реальным роботам.
CX Codex +1
1 900установок
tiledbvcf скилл Скилл хранит варианты генома в TileDB-VCF, принимает VCF/BCF и выполняет запросы по регионам и образцам. Нужен для работы с когортами.
CX Codex +1
1 900установок
omero-integration скилл Скилл для инвентаризации и автоматизации микроскопических данных на OMERO.server: обход объектов, экспорт метаданных, планирование импорта.
CX Codex +1
1 900установок
rowan скилл Запускает облачные расчёты молекулярной динамики, докинга и предсказания pKa через Python API. Помогает моделировать молекулы без локального GPU-кластера.
CX Codex +1
1 900установок
qutip скилл Скилл помогает моделировать квантовую динамику в QuTiP 5 и проверять физические допущения, размерности и сходимость расчётов.
CX Codex +1
1 900установок
opentrons-integration скилл Скилл для написания, проверки и отладки протоколов Opentrons Protocol API v2 на Python. Работает с жидкостными манипуляторами Flex и OT-2, помогает настроить деку, пипетки, модули и параметры запуска.
CX Codex +1
1 900установок
dnanexus-integration скилл Скилл автоматизирует работу с геномной платформой DNAnexus через dx CLI и библиотеку dxpy. Пригодится при сборке апплетов dxapp.json, контроле расходов и импорте пайплайнов Nextflow.
CX Codex +1
1 900установок
latchbio-integration скилл Скилл, который проводит агента по всей работе с Latch: воркфлоу на Python SDK, упаковка Nextflow и Snakemake, регистрация образа, запуск прогонов.
CX Codex +1
1 900установок
neuropixels-analysis скилл Ведёт обработку внеклеточных записей Neuropixels от сырых файлов до отобранных юнитов: загрузка, препроцессинг, коррекция дрейфа, спайк-сортировка, метрики качества.
CX Codex +1
1 900установок
pyopenms скилл Обрабатывает данные масс-спектрометрии в протеомике и метаболомике через pyOpenMS. Помогает находить сигналы, идентифицировать пептиды и собирать матрицы количественного анализа.
CX Codex +1
1 900установок
polars-bio скилл Считает геномные интервалы в Polars DataFrame и читает биоинформатические форматы от BED до CRAM. Пригодится, когда пайплайн на Python перерос bedtools.
CX Codex +1
1 900установок
gtars скилл Скилл для работы с геномными интервалами, перекрытиями, консенсусом и покрытием через Python, Rust и CLI. Требует Python 3.10+ и gtars 0.10.0; локальные инструменты работают без сети.
CX Codex +1
1 900установок
histolab скилл Помогает подготовить гистологические WSI-снимки: находит ткани через маски, нарезает тайлы и нормализует окрашивание H&E.
CX Codex +1
1 900установок
qiskit скилл Скилл для разработки квантовых алгоритмов: строит схемы, транспилирует их под конкретное железо, запускает на симуляторах или реальных квантовых процессорах IBM. Нужен Python 3.10+ и опциональные компоненты в зависимости от задачи.
CX Codex +1
1 900установок
lamindb скилл Ведёт реестр биологических датасетов и моделей в LaminDB: регистрация артефактов, схемы, аннотации Bionty, поиск по метаданным.
CX Codex +1
1 900установок
matchms скилл Обрабатывает, фильтрует и сравнивает тандемные масс-спектры MS/MS через библиотеку matchms. Пригодится для сопоставления спектров со справочными библиотеками и расчёта сходства.
CX Codex +1
1 900установок
protocolsio-integration скилл Скилл читает и проверяет данные protocols.io по официальным REST-контрактам, а изменения только планирует. Пригодится, если нужно выгрузить протокол или его версию.
CX Codex +1
1 900установок
scvelo скилл Запускает анализ РНК-скорости по слоям spliced и unspliced для проверки траекторий дифференцировки клеток. Пригодится в биоинформатических пайплайнах с AnnData и Scanpy.
CX Codex +1
1 900установок
phylogenetics скилл Скилл для выравнивания последовательностей ДНК и белков, построения филогенетических деревьев с расчётом поддержки ветвей и визуализации результатов. Нужен исследователям в биоинформатике, микробиологии и молекулярной эволюции.
CX Codex +1
1 900установок
flowio скилл Разбирает и создаёт файлы проточной цитометрии FCS 2.0, 3.0 и 3.1: метаданные, каналы, события в NumPy. Пригодится, когда нужно заглянуть внутрь FCS или подготовить данные для pandas.
CX Codex +1
1 900установок
pytdc скилл Скилл помогает искать терапевтические датасеты Therapeutics Data Commons, готовить разбиения и запускать оракулы без лишнего скачивания гигабайтов данных.
CX Codex +1
1 900установок
geniml скилл Проверяет контракты BED и геномных универсумов, планирует запуски Region2Vec и scEmbed. Нужен перед локальным анализом геномных интервалов.
CX Codex +1
1 900установок
etetoolkit скилл Работает с готовыми филогенетическими деревьями через библиотеку ETE 4: сравнивает топологии, аннотирует узлы, находит дупликации генов, запрашивает таксономию NCBI и GTDB.
CX Codex +1
1 900установок
pennylane скилл Помогает строить квантовые схемы в PennyLane 0.45.1, обучать гибридные модели с PyTorch и запускать алгоритмы VQE или QAOA.
CX Codex +1
1 900установок
labarchive-integration скилл Скилл помогает работать с API LabArchives ELN и Inventory API v1: выбрать региональный адрес, собрать подпись и проверить план запроса.
CX Codex +1
1 900установок
molfeat скилл Преобразует структуры молекул в отпечатки, дескрипторы и встроенные представления для машинного обучения, поиска по сходству и виртуального скрининга. Нужен Python 3.11+, RDKit и PyTorch.
CX Codex +1
1 900установок
pathml скилл Скилл помогает настроить пайплайны вычислительной патологии на базе PathML 3.0.8. Он автоматизирует нарезку слайдов на тайлы, сегментацию ткани и сохранение результатов в .h5path.
CX Codex +1
1 900установок
cobrapy скилл Помогает анализировать метаболические модели через COBRApy: рассчитывать потоки, проверять нокауты генов и состав среды.
CX Codex +1
1 900установок
treatment-plans скилл Скилл форматирует и структурно проверяет локальную документацию планов лечения, когда решения уже приняты и подтверждены врачом. Клинические решения он не принимает.
CX Codex +1
1 900установок
depmap скилл Скилл для поиска и анализа данных Cancer Dependency Map (DepMap). Помогает проверять генные зависимости, ко-эссенциальность и чувствительность опухолевых моделей к препаратам PRISM.
CX Codex +1
1 900установок
diffdock скилл Считает позы связывания малой молекулы с белком через DiffDock и DiffDock-L, от одной пары до батча. Нужен, когда надо получить и разобрать кандидатные позы.
CX Codex +1
1 900установок
cirq скилл Скилл по фреймворку Cirq от Google Quantum AI: сборка и симуляция квантовых схем, моделирование шума, запуск на железе. Нужен, когда проект на Python работает с квантовыми вычислениями.
CX Codex +1
1 900установок
pysam скилл Направляет агента при работе с геномными форматами SAM, BAM, CRAM, VCF и FASTA через библиотеку pysam. Пригодится для чтения выравниваний, фильтрации ридов и расчёта покрытия.
CX Codex +1
1 900установок
medchem скилл Отбирает соединения по правилам лекарственной пригодности, структурным предупреждениям и сложности. Нужен для фильтрации библиотек молекул.
CX Codex +1
1 900установок
neurokit2 скилл Скилл помогает выстраивать воспроизводимую обработку биосигналов в NeuroKit2 0.2.13. Защищает пайплайн от конфликта версий библиотек и ошибок в единицах измерения.
CX Codex +1
1 900установок
scvi-tools скилл Помогает подбирать и обучать вероятностные модели для данных single-cell omics. Нужен для интеграции партий, аннотации клеток и анализа мультимодальных измерений.
CX Codex +1
1 900установок
81–120 из 676