К основному содержанию
affpapa.org
RU EN
скилл Claude Code CX Codex Cursor GitHub Copilot

pyopenms — скилл для Claude Code: что делает и как установить

Обрабатывает данные масс-спектрометрии в протеомике и метаболомике через pyOpenMS. Помогает находить сигналы, идентифицировать пептиды и собирать матрицы количественного анализа.

Установить в Claude Code · Через Skills CLI (Vercel) Все способы и платформы ↓ 
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill pyopenms -a claude-code
Открыть на GitHub

Что делает pyopenms

Агент получает набор готовых CLI-скриптов из каталога scripts/ для разбора масс-спектрометрических файлов в форматах mzML, mzXML и idXML. Вместо ручного написания кода скилл запускает готовые утилиты. Они центроидируют сырые сигналы, выделяют хроматографические пики, группируют аддукты и строят матрицы количественной оценки для нескольких образцов. Для библиотечного сопоставления малых молекул авторы рекомендуют обращаться к matchms.

Для работы требуется CPython 3.11 или новее, а также библиотека pyOpenMS 3.6.0 вместе с numpy, pandas и matplotlib. Готовые бинарные колёса поддерживают Windows, Linux и свежие версии macOS на архитектуре arm64. Поисковые движки для пептидной идентификации скилл не содержит: их придётся ставить отдельно.

Фильтрация через параметр --fdr оценивает долю ложных совпадений только для спектров пептидов. Она не подтверждает надёжность на уровне целых белков. Это ограничение нужно учитывать перед публикацией статистических отчётов.

Какие задачи решает

  • разобрать метаболомные пики и найти аддукты в файлах mzML
  • построить сводную матрицу количественного анализа для серии образцов
  • рассчитать теоретические массы и изотопный профиль пептидов
  • отфильтровать результаты идентификации пептидных спектров по FDR

Примеры запросов агенту

  • Изучи файл `sample.mzML` скриптом `inspect_ms_data.py` и выгрузи спектры в `spectra.csv`
  • Найди метаболомные пики в `sample.mzML` через `detect_features_metabo.py` и сохрани их в `features.csv`
  • Выполни расчёт теоретических масс для пептида `PEPTIDEM(Oxidation)K` утилитой `mass_calculator.py`

Как установить pyopenms

1Через Skills CLI (Vercel)

npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill pyopenms -a claude-code

2Вручную: положить файлы

~/.claude/skills/pyopenms/SKILL.md

Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/pyopenms/

Из того же набора120

Весь набор →
scientific-visualization K-Dense-AI Помогает создавать и проверять научные графики для публикаций в Matplotlib, Seaborn и Plotly с соблюдением требований к данным и контрасту. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 400установок scientific-writing K-Dense-AI Скилл помогает писать и проверять научные рукописи и отчёты, связывая утверждения с проверенными источниками. Пригодится перед аудитом, подготовкой разделов и подачей статьи. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 400установок statistical-analysis K-Dense-AI Проводит статистические тесты с проверкой предпосылок, расчётом размера эффекта и отчётом в формате APA. Покрывает t-тесты, ANOVA, корреляцию, регрессию, непараметрику и байесовские методы. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-brainstorming K-Dense-AI Скилл структурирует научный мозговой штурм: от независимой генерации идей до состязательного ревью и журнала решений. Помогает отобрать направления исследований без преждевременных выводов. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок literature-review K-Dense-AI Скилл ищет и систематизирует научные публикации, проверяет цитаты и помогает собрать обзор в Markdown или PDF. Подходит для воспроизводимого поиска и скрининга. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-critical-thinking K-Dense-AI Скилл для оценки научных утверждений, методологии исследований и качества доказательств. Применяет фреймворки GRADE и Cochrane Risk of Bias. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-schematics K-Dense-AI Создаёт черновики научных схем в PNG и проверяет их качество через отдельную модель. Пригодится для архитектур нейросетей, блок-схем и биологических путей. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 200установок scikit-learn K-Dense-AI Скилл для задач машинного обучения на Python: классификация, регрессия, кластеризация, препроцессинг и сборка ML-пайплайнов с библиотекой scikit-learn 1.9.1. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 200установок

Похожие

sr-screener Imbad0202 Скилл организует отбор научных публикаций по протоколу для систематических обзоров. Проводит независимый двойной скрининг названий, аннотаций и текстов. Claude Code CX Codex Cursor +1 449установок typst-author jihe520 Скилл помогает писать, править и форматировать документы Typst. Он направляет агента сверять синтаксис со справочниками и запускать проверки разметки. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 800установок anysearch anysearch-ai Скилл подключает поиск в интернете, тематические запросы, параллельный поиск и извлечение содержимого страниц. Пригодится, когда агенту нужны свежие сведения или нужно проверить утверждение. Claude Code CX Codex Cursor +1 38 500установок academic-paper Imbad0202 Скилл разворачивает конвейер из 12 агентов для подготовки научных статей в 11 режимах. Помогает пройти путь от поиска литературы и плана до проверки цитат и ответа рецензентам. Claude Code CX Codex Cursor +1 10 800установок nature-figure Yuan1z0825 Скилл собирает, правит и проверяет рисунки для научных статей на Python или R. Пригодится, когда графики идут в submission, а не в отчёт. Claude Code CX Codex Cursor +1 18 700установок academic-paper-reviewer Imbad0202 Скилл имитирует коллегиальную проверку научной статьи через пять ролей. Пригодится для рецензии, повторной проверки правок и оценки методологии. Claude Code CX Codex Cursor +1 9 800установок nature-polishing Yuan1z0825 Скилл для правки, перевода и сокращения готового академического текста. Держит факты, термины и границы доказательств на месте. Claude Code CX Codex Cursor +1 17 400установок nature-citation Yuan1z skill, refactored into static/dynamic layers Ищет статьи из Nature и семейства CNS для подтверждения тезисов рукописи, связывает утверждения с источниками и готовит экспорт для менеджера ссылок. Пригодится, когда нужны ссылки именно из этих журналов. Claude Code CX Codex Cursor +1 15 600установок

Вопросы о pyopenms

Как установить pyopenms в Claude Code?

Выполните команду npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill pyopenms -a claude-code. Для работы скриптов также понадобится окружение с Python 3.11+ и установленными пакетами pyopenms==3.6.0, pandas, numpy и matplotlib.

Зачем нужен скилл pyopenms?

Он предоставляет готовые CLI-инструменты для автоматизации анализа масс-спектрометрии, идентификации пептидов и выгрузки количественных данных без ручного написания пайплайнов.

Подходит ли фильтр FDR из этого скилла для идентификации белков?

Нет, встроенный расчёт FDR применяется к спектральным совпадениям пептидов и не гарантирует контроль ошибок на уровне белковых групп, для которых нужен отдельный валидированный процесс.

Смотрите также

Спонсоры проекта

Компании, которые помогают держать аналитику открытой
Золотой спонсор AI-аналитика спроса на iGaming — индекс, тренды, конкуренты
Nutra.Club Закрытое сообщество Nutra-вертикали от команды M1

Показы, клики и копирования кода — открытая статистика. Мы держим цифры публичными по той же логике, что и сам NeBlask. Стать спонсором