cobrapy — скилл для Claude Code: установка и функции

Что делает cobrapy

Скилл ведёт работу с моделями COBRApy: загружает и проверяет модели, запускает анализ баланса потоков, парсимоничный анализ и анализ вариабельности потоков. Он также охватывает нокауты генов, подбор среды, выборку допустимых потоков, заполнение пробелов и проверку SBML.

Для работы нужны Python 3.9+ и пакет cobra. Примеры рассчитаны на cobra 0.32.1; для GLPK требуется swiglpk, а коммерческие решатели ставятся и лицензируются отдельно. Удалённая загрузка моделей требует доступа к сети, тогда как встроенные учебные модели работают офлайн.

Результат FBA остаётся прогнозом по ограничениям модели: он не доказывает экспериментальный рост и не выводит кинетические скорости. Это повод отдельно проверять химические формулы, заряды и граничные реакции, а также сохранять версию модели, настройки решателя и среды.