scvi-tools · k-dense-ai — скилл для Claude Code: модели single-cell omics

Что делает scvi-tools

Скилл ведёт работу со scvi-tools для RNA, ATAC, CITE-seq, метилирования, цитометрии и RNA velocity. Он сопоставляет задачу с моделью: SCVI для интеграции RNA, SCANVI для аннотации с частичными метками, TOTALVI для RNA с белками и MULTIVI для RNA с ATAC. Также охватывает дифференциальную экспрессию с учётом апостериорного распределения и перенос на референс.

В сценарии RNA скилл проверяет идентификаторы клеток и признаков, целочисленные неотрицательные счётчики и метаданные партий. Затем предлагает QC, отбор признаков, регистрацию через setup_anndata или setup_mudata, обучение и проверку истории валидации, стабильности по seed и сохранения биологического сигнала. Для обычной предобработки и первичного изучения данных используется scanpy.

Нужны Python 3.12+ и scvi-tools с зависимостями конкретной модели. Счётчики нельзя восстанавливать экспоненцированием лог-нормализованных данных: это повод проверить происхождение матрицы до регистрации модели. CPU поддерживается, а требования к ускорителю зависят от PyTorch и оборудования.