lamindb — скилл для Claude Code: учёт биологических данных
Ведёт реестр биологических датасетов и моделей в LaminDB: регистрация артефактов, схемы, аннотации Bionty, поиск по метаданным.
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill lamindb -a claude-codeЧто делает lamindb
Скилл учит агента работать с LaminDB 2.10.0 и Bionty 2.5.0: заводить типизированные Feature, собирать из них Schema, проверять таблицу через curator.validate() и сохранять результат как артефакт. Отдельно разобраны коллекции, ветки, пространства и отслеживание происхождения — какие входы и выходы остались у запуска скрипта.
Внутри лежит пошаговый порядок работы и разбор частых ошибок. Агент знает, что Artifact.backed() и delete_cache() в этой версии нет, что результат open() для Parquet — это датасет PyArrow, а не поток байтов, и что curator.cat.add_ontology() не существует: нужен Bionty-тип у поля и cat.standardize(). Для AnnData обращаться надо к curator.slots["obs"].cat.
Нужен Python 3.10–3.14 и сам lamindb; примеры собраны на Python 3.12. Локальный SQLite работает без входа в аккаунт, а публичные онтологии и удалённое хранилище требуют сети, приватные инстансы — учётных данных. Регистрация в LaminDB не делает данные научно валидными: проверки под конкретный анализ придётся дописывать самому.
Какие задачи решает
- зарегистрировать датасет и не потерять его версию
- проверить таблицу метаданных по схеме до публикации
- связать колонки с онтологией через Bionty
- найти артефакт по метаданным, не загружая содержимое
- проследить, какие входы и выходы были у запуска
Примеры запросов агенту
- Опиши схему для таблицы QC-метаданных и провалидируй её через
curator.validate() - Стандартизируй значения колонки
cell_typeпо онтологии Bionty и сохрани нерешённые как есть - Найди все артефакты с нужной схемой и покажи их UID
Как установить lamindb
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill lamindb -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/lamindb/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/lamindb/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill lamindb -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/lamindb/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill lamindb -a cursor2Вручную: положить файлы
.cursor/skills/lamindb/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills lamindb2Вручную: положить файлы
.github/skills/lamindb/SKILL.md1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill lamindb -a gemini-cli2Командой платформы
gemini skills install https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills --path skills/lamindbВручную: положить файлы
.devin/skills/lamindb/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill lamindb -a opencodeClaude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
По шагам, с командами для каждой платформы: Как установить скилл в Claude Code: пять способов
Вопросы о lamindb
Как установить lamindb в Claude Code?
Выполните npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill lamindb -a claude-code, файл скилла появится по пути ~/.claude/skills/lamindb/SKILL.md.
Что делает lamindb?
Помогает агенту вести учёт биологических данных в LaminDB: регистрировать артефакты, задавать схемы и поля, аннотировать по онтологиям Bionty и искать по метаданным.
Что нужно для работы скилла?
Python 3.10–3.14 и пакет lamindb; примеры проверены на Python 3.12 с lamindb 2.10.0 и bionty 2.5.0. Локальный SQLite обходится без входа, а публичные онтологии и удалённое хранилище требуют сети.
