phylogenetics — скилл для Claude Code: построение филогенетических
Скилл для выравнивания последовательностей ДНК и белков, построения филогенетических деревьев с расчётом поддержки ветвей и визуализации результатов. Нужен исследователям в биоинформатике, микробиологии и молекулярной эволюции.
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill phylogenetics -a claude-codeЧто делает phylogenetics
Скилл использует MAFFT для выравнивания гомологичных последовательностей, IQ-TREE для построения деревьев методом максимального правдоподобия с автоматическим подбором модели эволюции (ModelFinder) и расчётом поддержки ветвей (UFBoot и SH-aLRT), а также FastTree как более быструю альтернативу. Результаты визуализируются и анализируются через ETE3.
Внутри скилла — Python-скрипт phylogenetic_analysis.py, который оборачивает эти биоинформатические инструменты. Вы задаёте тип данных (ДНК или белки), количество процессоров и количество bootstrap-репликаций, остальное автоматизируется. IQ-TREE по умолчанию использует полный поиск по моделям (-m MFP) с 1000 репликациями UFBoot и SH-aLRT тестом; FastTree работает быстрее, но менее тщательно.
Требует установленных MAFFT, IQ-TREE 3 (или IQ-TREE 2, если указать флаг) и FastTree. Опционально: Python 3.12, ete3 3.1.3 и PyQt5 для визуализации, trimAl для обрезки выравнивания. Все вычисления локальные; сетевого доступа нужен только для установки пакетов. Важный нюанс: ETE3 импортирует cgi, удалённый в Python 3.13, поэтому требуется Python 3.12.
Какие задачи решает
- выравнить множественное выравнивание гомологичных последовательностей
- построить филогенетическое дерево с расчётом поддержки ветвей
- выбрать оптимальную модель эволюции и протестировать альтернативы
- визуализировать дерево и интерпретировать метрики поддержки
Примеры запросов агенту
- Выровняй последовательности из sequences.fasta с MAFFT и построй дерево методом максимального правдоподобия
- Используя выравнивание aligned.fasta, построй филогенетическое дерево для ДНК-последовательностей с 1000 bootstrap-репликациями
- Построй дерево для белковых последовательностей быстрым методом FastTree с поддержкой ветвей
Как установить phylogenetics
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill phylogenetics -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/phylogenetics/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/phylogenetics/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill phylogenetics -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/phylogenetics/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill phylogenetics -a cursor2Вручную: положить файлы
.cursor/skills/phylogenetics/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills phylogenetics2Вручную: положить файлы
.github/skills/phylogenetics/SKILL.md1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill phylogenetics -a gemini-cli2Командой платформы
gemini skills install https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills --path skills/phylogeneticsВручную: положить файлы
.devin/skills/phylogenetics/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill phylogenetics -a opencodeClaude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
Из того же набора120
Весь набор →Похожие
Вопросы о phylogenetics
Как установить phylogenetics в Claude Code?
Выполни команду npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill phylogenetics -a claude-code, затем найди файл ~/.claude/skills/phylogenetics/SKILL.md с подробной документацией скилла.
Что делает phylogenetics?
Скилл автоматизирует цепочку биоинформатического анализа: выравнивание последовательностей (MAFFT), построение дерева методом максимального правдоподобия (IQ-TREE) с подбором модели и расчётом поддержки ветвей, или быстрый приблизительный вывод (FastTree), плюс визуализация результатов.
Какой Python нужен для phylogenetics?
Python 3.12 для полного функционала (ETE3 3.1.3 для визуализации); основной анализ работает с установленными MAFFT и IQ-TREE независимо от Python. В Python 3.13 модуль cgi, нужный ETE3, удалён.
