К основному содержанию
affpapa.org
RU EN
скилл Claude Code CX Codex Cursor GitHub Copilot

etetoolkit — скилл для Claude Code: анализ филогенетических деревьев

Работает с готовыми филогенетическими деревьями через библиотеку ETE 4: сравнивает топологии, аннотирует узлы, находит дупликации генов, запрашивает таксономию NCBI и GTDB.

Установить в Claude Code · Через Skills CLI (Vercel) Все способы и платформы ↓ 
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill etetoolkit -a claude-code
Открыть на GitHub

Что делает etetoolkit

Скилл применяет инструменты ETE 4.4.0 к дереву, которое уже построено. Читает Newick и Nexus, обрезает ветви с сохранением длин, ищет общих предков, считает расстояние Робинсона — Фулдса между топологиями. Для генных деревьев распознаёт события дупликации и видообразования по заданной функции именования.

Требует Python 3.10+ и пакет ete4==4.4.0. Визуализация работает через два пути: SmartView с дополнением ete4[render-sm] для PNG или Qt-рендерер ete4[treeview] для PDF и SVG; Qt-вариант требует Chrome или Chromium. Если на входе необработанные последовательности — сначала нужно выравнивание (MAFFT) и построение дерева (IQ-TREE 2, FastTree), скилл подключается после.

Загрузка таксономических баз NCBI и GTDB идёт через интернет и занимает заметное место на диске — стоит проверить объём перед первым обновлением.

Какие задачи решает

  • сравнить две топологии и посчитать нормализованное RF-расстояние
  • обрезать дерево до выбранных видов с сохранением попарных длин ветвей
  • найти события дупликации и ортологии в генном дереве
  • аннотировать узлы метаданными и записать в NHX
  • запросить TaxID по названию вида в локальной базе NCBI

Примеры запросов агенту

  • Прочитай дерево из `tree.nw` с parser=1, обрежь до списка видов из `species.txt` и сохрани в `pruned.nw`
  • Сравни топологии `tree_a.nw` и `tree_b.nw`, выведи RF-расстояние и общие листья
  • Найди дупликации в генном дереве `gene_tree.nw`, где префикс до `|` — код вида

Как установить etetoolkit

1Через Skills CLI (Vercel)

npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill etetoolkit -a claude-code

2Вручную: положить файлы

~/.claude/skills/etetoolkit/SKILL.md

Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/etetoolkit/

Из того же набора120

Весь набор →
scientific-visualization K-Dense-AI Помогает создавать и проверять научные графики для публикаций в Matplotlib, Seaborn и Plotly с соблюдением требований к данным и контрасту. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 400установок scientific-writing K-Dense-AI Скилл помогает писать и проверять научные рукописи и отчёты, связывая утверждения с проверенными источниками. Пригодится перед аудитом, подготовкой разделов и подачей статьи. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 400установок statistical-analysis K-Dense-AI Проводит статистические тесты с проверкой предпосылок, расчётом размера эффекта и отчётом в формате APA. Покрывает t-тесты, ANOVA, корреляцию, регрессию, непараметрику и байесовские методы. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-brainstorming K-Dense-AI Скилл структурирует научный мозговой штурм: от независимой генерации идей до состязательного ревью и журнала решений. Помогает отобрать направления исследований без преждевременных выводов. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок literature-review K-Dense-AI Скилл ищет и систематизирует научные публикации, проверяет цитаты и помогает собрать обзор в Markdown или PDF. Подходит для воспроизводимого поиска и скрининга. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-critical-thinking K-Dense-AI Скилл для оценки научных утверждений, методологии исследований и качества доказательств. Применяет фреймворки GRADE и Cochrane Risk of Bias. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-schematics K-Dense-AI Создаёт черновики научных схем в PNG и проверяет их качество через отдельную модель. Пригодится для архитектур нейросетей, блок-схем и биологических путей. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 200установок scikit-learn K-Dense-AI Скилл для задач машинного обучения на Python: классификация, регрессия, кластеризация, препроцессинг и сборка ML-пайплайнов с библиотекой scikit-learn 1.9.1. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 200установок

Похожие

sr-screener Imbad0202 Скилл организует отбор научных публикаций по протоколу для систематических обзоров. Проводит независимый двойной скрининг названий, аннотаций и текстов. Claude Code CX Codex Cursor +1 449установок typst-author jihe520 Скилл помогает писать, править и форматировать документы Typst. Он направляет агента сверять синтаксис со справочниками и запускать проверки разметки. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 800установок anysearch anysearch-ai Скилл подключает поиск в интернете, тематические запросы, параллельный поиск и извлечение содержимого страниц. Пригодится, когда агенту нужны свежие сведения или нужно проверить утверждение. Claude Code CX Codex Cursor +1 38 500установок academic-paper Imbad0202 Скилл разворачивает конвейер из 12 агентов для подготовки научных статей в 11 режимах. Помогает пройти путь от поиска литературы и плана до проверки цитат и ответа рецензентам. Claude Code CX Codex Cursor +1 10 800установок nature-figure Yuan1z0825 Скилл собирает, правит и проверяет рисунки для научных статей на Python или R. Пригодится, когда графики идут в submission, а не в отчёт. Claude Code CX Codex Cursor +1 18 700установок academic-paper-reviewer Imbad0202 Скилл имитирует коллегиальную проверку научной статьи через пять ролей. Пригодится для рецензии, повторной проверки правок и оценки методологии. Claude Code CX Codex Cursor +1 9 800установок nature-polishing Yuan1z0825 Скилл для правки, перевода и сокращения готового академического текста. Держит факты, термины и границы доказательств на месте. Claude Code CX Codex Cursor +1 17 400установок nature-citation Yuan1z skill, refactored into static/dynamic layers Ищет статьи из Nature и семейства CNS для подтверждения тезисов рукописи, связывает утверждения с источниками и готовит экспорт для менеджера ссылок. Пригодится, когда нужны ссылки именно из этих журналов. Claude Code CX Codex Cursor +1 15 600установок

Вопросы о etetoolkit

Как установить etetoolkit в Claude Code?

Выполни npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill etetoolkit -a claude-code. Скилл появится в ~/.claude/skills/etetoolkit/SKILL.md.

Что делает etetoolkit?

Анализирует готовые филогенетические деревья: сравнивает топологии, обрезает ветви, находит события дупликации генов, запрашивает таксономию NCBI и GTDB, рендерит дерево в PNG, PDF или SVG.

Можно ли с etetoolkit построить дерево из последовательностей?

Нет, скилл работает с уже построенными деревьями. Для сырых последовательностей сначала нужно выравнивание (ՄԱFFT) и филогенетический вывод (IQ-TREE 2, FastTree), потом результат загружается в ETE 4.

Смотрите также

Спонсоры проекта

Компании, которые помогают держать аналитику открытой
Золотой спонсор AI-аналитика спроса на iGaming — индекс, тренды, конкуренты
Nutra.Club Закрытое сообщество Nutra-вертикали от команды M1

Показы, клики и копирования кода — открытая статистика. Мы держим цифры публичными по той же логике, что и сам NeBlask. Стать спонсором