ensembl-skill — скилл для Codex: что делает и как установить
Отправляет точечные запросы к REST API Ensembl и возвращает краткие сводки по генам, регионам и вариациям.
npx skills add openai/plugins --skill ensembl-skill -a codexЧто делает ensembl-skill
Скилл связывается с сервером https://rest.ensembl.org через вспомогательный скрипт scripts/rest_request.py. Вместо передачи сырых ответов в контекст модели он формирует сжатые сводки в формате Markdown. Полный исходный JSON выдаётся только тогда, когда пользователь прямо запрашивает машинно-читаемый формат.
Основная работа идёт через эндпоинты lookup/id/<id>, поиск наложений overlap/region/<species>/<region>, перекрёстные ссылки xrefs/id/<id> и мутации variation/<species>/<id>. Для списков перекрывающихся участков скрипт советует ограничить выборку параметром max_items=10.
Скрипт считывает параметры из stdin, поэтому в рабочей среде необходим установленный Python. Если требуется сохранить полный ответ сервера без сокращений, используется связка флага save_raw=true и пути в raw_output_path.
Какие задачи решает
- найти информацию о гене по идентификатору Ensembl
- получить список генов в заданном геномном регионе
- выгрузить перекрёстные ссылки для заданного объекта
- проверить данные генетических вариаций по виду организма
Примеры запросов агенту
- Найди информацию о гене ENSG00000141510 через Ensembl
- Покажи гены в регионе homo_sapiens 1:1000000-1002000
- Запроси перекрёстные ссылки для этого ID и сохрани сырой ответ на диск
Как установить ensembl-skill
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill ensembl-skill -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/ensembl-skill/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill ensembl-skill -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/ensembl-skill/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/ensembl-skill/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/ensembl-skill/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install openai/plugins ensembl-skill2Вручную: положить файлы
.github/skills/ensembl-skill/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/ensembl-skillВручную: положить файлы
.devin/skills/ensembl-skill/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
По шагам, с командами для каждой платформы: Скиллы Codex: как установить, где лежат и как вызвать
Вопросы о ensembl-skill
Как установить ensembl-skill в Codex?
Выполните команду npx skills add openai/plugins --skill ensembl-skill. Для явного указания агента используйте команду npx skills add openai/plugins --skill ensembl-skill -a codex.
Что делает ensembl-skill?
Скилл обращается к REST API Ensembl через локальный скрипт на Python. Он извлекает описания генов, мутаций и перекрывающихся участков, форматируя их в компактные сводки.
Как сохранить полный ответ сервера без сокращений?
Передайте параметр save_raw=true и путь к файлу в raw_output_path. По умолчанию скилл уменьшает размер данных, чтобы не перегружать контекст модели.
