bindingdb-skill — скилл для Codex: запросы к BindingDB
Скилл отправляет запросы к BindingDB для поиска связей между лигандами и мишенями. Пригодится для поиска по PDB, UniProt или сходству структур.
npx skills add openai/plugins --skill bindingdb-skill -a codexЧто делает bindingdb-skill
Скилл запускает scripts/rest_request.py для запросов к BindingDB. Он ищет лиганды по PDB, UniProt или SMILES, а также мишени по соединению. По умолчанию агент возвращает краткую сводку в Markdown; полный ответ можно сохранить в файл по запросу.
Скрипт получает один объект JSON через стандартный ввод. В нём задают путь API и параметры запроса; для структурированного ответа используют response=application/json. Для сохранения полного ответа предусмотрены save_raw и raw_output_path. Учтите: при некоторых пустых результатах API может вернуть пустое тело, поэтому краткой сводки не получится.
Для широкого поиска скилл советует начинать с max_items=10, а для поиска по сходству — с диапазона 5-10. В долгом диалоге запросы нужно выполнять заново, а не полагаться на старый ответ скрипта.
Какие задачи решает
- найти лиганды по идентификатору PDB
- получить лиганды для белка по UniProt
- подобрать соединения по SMILES и порогу сходства
- найти мишени для заданного соединения
- сохранить полный ответ BindingDB в файл
Примеры запросов агенту
- Найди лиганды для PDB 1Q0L и кратко сведи результаты.
- Выполни поиск лигандов по этому UniProt и покажи краткий ответ.
- Сравни соединения по сходству с этим SMILES, а полный ответ сохрани в файл.
Как установить bindingdb-skill
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill bindingdb-skill -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/bindingdb-skill/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill bindingdb-skill -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/bindingdb-skill/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/bindingdb-skill/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/bindingdb-skill/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install openai/plugins bindingdb-skill2Вручную: положить файлы
.github/skills/bindingdb-skill/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/bindingdb-skillВручную: положить файлы
.devin/skills/bindingdb-skill/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
Из того же набора201
Весь набор →Похожие
Вопросы о bindingdb-skill
Как установить bindingdb-skill в Codex?
Выполните npx skills add openai/plugins --skill bindingdb-skill. Скилл будет доступен в Codex.
Что делает bindingdb-skill?
Он отправляет запросы к BindingDB для поиска лигандов по PDB, UniProt или SMILES и для поиска мишеней по соединению. Результаты по умолчанию возвращаются как краткая сводка.
Что нужно для поиска по сходству?
Передайте SMILES и параметры запроса. Скилл советует задавать max_items в диапазоне 5-10; полный ответ можно сохранить через save_raw и raw_output_path.
