epigraphdb-skill — скилл для Codex: запросы к EpiGraphDB
Скилл отправляет запросы к EpiGraphDB и превращает ответы в краткие сводки. Пригодится для поиска связей между генами, лекарствами, исследованиями и данными об онтологиях.
npx skills add openai/plugins --skill epigraphdb-skill -a codexЧто делает epigraphdb-skill
Скилл обращается к EpiGraphDB через API и возвращает краткую сводку в Markdown. Он подходит для запросов об онтологиях, публикациях, менделевской рандомизации, связях генов с лекарствами и цепочках подтверждающих данных. Для списковых ответов начинает с ограничения в 10 элементов; для объёмных ответов это значение можно уменьшить.
Все обращения выполняет скрипт scripts/rest_request.py: ему передают JSON с адресом API и путём запроса, а при необходимости — параметры и настройки ответа. Для проверки доступности предусмотрены запросы ping, builds и meta/api-endpoints. Если нужна полная выдача, можно сохранить исходный ответ в файл. Для работы нужны Python и этот скрипт; без него скилл не сможет выполнить запросы.
Какие задачи решает
- найти связанные с признаком онтологии GWAS и EFO
- получить список препаратов для гена
- проверить связи генов с лекарствами
- собрать сведения о менделевской рандомизации
- получить данные публикаций по GWAS
Примеры запросов агенту
- Найди онтологии GWAS и EFO для астмы и кратко объясни совпадения.
- Какие препараты связаны с геном IL6R? Дай краткую сводку.
- Проверь доступность EpiGraphDB и кратко опиши ответ.
Как установить epigraphdb-skill
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill epigraphdb-skill -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/epigraphdb-skill/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill epigraphdb-skill -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/epigraphdb-skill/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/epigraphdb-skill/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/epigraphdb-skill/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install openai/plugins epigraphdb-skill2Вручную: положить файлы
.github/skills/epigraphdb-skill/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/epigraphdb-skillВручную: положить файлы
.devin/skills/epigraphdb-skill/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
Из того же набора201
Весь набор →Похожие
Вопросы о epigraphdb-skill
Как установить epigraphdb-skill в Codex?
Выполните npx skills add openai/plugins --skill epigraphdb-skill -a codex.
Что делает epigraphdb-skill?
Он отправляет запросы к EpiGraphDB через скрипт и выдаёт краткие сводки по онтологиям, публикациям, менделевской рандомизации и связям генов с лекарствами.
Что нужно для работы epigraphdb-skill?
Нужны Python и файл scripts/rest_request.py. Запрос передаётся скрипту в формате JSON с обязательными полями base_url и path.