К основному содержанию
скилл CX Codex GP ChatGPT официальный · OpenAI

chebi-skill — скилл для Codex: поиск по ChEBI и установка

Скилл обращается к ChEBI 2.0 API для поиска веществ, просмотра записей и перехода по онтологии. Пригодится, когда нужны краткие сведения о соединении.

Установить в Codex · Через Skills CLI (Vercel) Все способы и платформы ↓
npx skills add openai/plugins --skill chebi-skill -a codex
Открыть на GitHub

Что делает chebi-skill

Скилл ищет вещества по текстовому запросу, получает запись по идентификатору ChEBI и просматривает дочерние или родительские элементы онтологии. Для поиска использует маршрут es_search/, для записи соединения — compound/<CHEBI:id>/; также доступны сведения о структуре. Результаты по умолчанию возвращаются как краткая сводка в Markdown.

Все обращения к ChEBI выполняет скрипт scripts/rest_request.py: он читает JSON из stdin, где нужны base_url и path. В запросе указывается адрес https://www.ebi.ac.uk. Если нужен машинно-читаемый ответ, попросите агента вернуть исходный JSON. Для сохранения необработанного ответа предусмотрены save_raw и raw_output_path.

Это скилл для Codex и ChatGPT, но команда установки ниже предназначена для Codex. Поскольку обращения идут через скрипт, запросы к ChEBI без scripts/rest_request.py он не выполняет.

Какие задачи решает

  • найти химическое вещество по текстовому запросу
  • получить запись соединения по идентификатору ChEBI
  • просмотреть дочерние элементы онтологии
  • найти родительские элементы соединения
  • получить метаданные о структуре вещества

Примеры запросов агенту

  • Найди в ChEBI сведения о кофеине и кратко изложи результат.
  • Получи запись для CHEBI:27732 и покажи основные сведения.
  • Покажи дочерние элементы онтологии для CHEBI:27732.

Как установить chebi-skill

1Через Skills CLI (Vercel)

npx skills add openai/plugins --skill chebi-skill -a codex

2Вручную: положить файлы

.agents/skills/chebi-skill/SKILL.md

Для всех проектов — ~/.agents/skills/

По шагам, с командами для каждой платформы: Скиллы Codex: как установить, где лежат и как вызвать

Вопросы о chebi-skill

Как установить chebi-skill в Codex?

Выполните npx skills add openai/plugins --skill chebi-skill -a codex.

Что делает chebi-skill?

Он обращается к ChEBI 2.0 API, чтобы искать вещества, получать записи соединений и просматривать связи в онтологии. Ответ по умолчанию — краткая сводка в Markdown.

Как chebi-skill отправляет запросы к ChEBI?

Через scripts/rest_request.py, который получает JSON из stdin. В объекте нужны base_url и path; для запросов используется https://www.ebi.ac.uk.

Похожие скиллы

Все скиллы по теме «Наука и исследования» →
anysearch anysearch-ai Скилл подключает поиск в интернете, тематические запросы, параллельный поиск и извлечение содержимого страниц. Пригодится, когда агенту нужны свежие сведения или нужно проверить утверждение. CX Codex +1 38 500установок academic-paper Imbad0202 Скилл разворачивает конвейер из 12 агентов для подготовки научных статей в 11 режимах. Помогает пройти путь от поиска литературы и плана до проверки цитат и ответа рецензентам. CX Codex +1 10 800установок nature-figure Yuan1z0825 Скилл собирает, правит и проверяет рисунки для научных статей на Python или R. Пригодится, когда графики идут в submission, а не в отчёт. CX Codex +1 18 800установок academic-paper-reviewer Imbad0202 Скилл имитирует коллегиальную проверку научной статьи через пять ролей. Пригодится для рецензии, повторной проверки правок и оценки методологии. CX Codex +1 9 800установок nature-polishing Yuan1z0825 Скилл для правки, перевода и сокращения готового академического текста. Держит факты, термины и границы доказательств на месте. CX Codex +1 17 500установок nature-citation Yuan1z skill, refactored into static/dynamic layers Ищет статьи из Nature и семейства CNS для подтверждения тезисов рукописи, связывает утверждения с источниками и готовит экспорт для менеджера ссылок. Пригодится, когда нужны ссылки именно из этих журналов. CX Codex +1 15 600установок

Из того же набора360

Весь набор →
clinvar-variation-skill Запрашивает данные ClinVar Clinical Tables и NCBI Variation для поиска генетических вариантов и идентификаторов. CX Codex GP ChatGPT 13установок clinicaltrials-skill Скилл отправляет компактные запросы к ClinicalTrials.gov API v2 и возвращает краткие сводки исследований. Пригодится для поиска и проверки полей данных. CX Codex GP ChatGPT 13установок civic-skill Выполняет точечные GraphQL-запросы к базе CIViC и возвращает сжатые выжимки по вариантам мутаций при раке. Пригодится биоинформатикам и разработчикам. CX Codex GP ChatGPT 13установок chembl-skill Скилл отправляет запросы к API ChEMBL и возвращает краткие сводки по активности, молекулам, мишеням, механизмам действия и текстовому поиску. Подойдёт для справок по данным ChEMBL. CX Codex GP ChatGPT 13установок cellxgene-skill Скилл отправляет короткие запросы к CELLxGENE Discover и сводит метаданные публичных коллекций и датасетов. Пригодится для точечных single-cell справок. CX Codex GP ChatGPT 13установок biostudies-arrayexpress-skill Скилл отправляет запросы к BioStudies и ArrayExpress по тексту или accession и возвращает краткую сводку. Пригодится, когда нужно найти исследование или получить его данные. CX Codex GP ChatGPT 13установок biobankjapan-phewas-skill Запрашивает ассоциации BioBank Japan для одного генетического варианта по rsID, GRCh37 или GRCh38. Помогает быстро получить сводку фенотипов прямо в диалоге с моделью. CX Codex GP ChatGPT 13установок bindingdb-skill Скилл отправляет запросы к BindingDB для поиска связей между лигандами и мишенями. Пригодится для поиска по PDB, UniProt или сходству структур. CX Codex GP ChatGPT 13установок

Спонсоры проекта

Компании, которые помогают держать аналитику открытой