gtex-eqtl-skill — скилл для Codex: что делает и как установить
Скилл получает eQTL-связи GTEx для одного варианта и приводит rsID, GRCh37 или GRCh38 к запросу GRCh38. Нужен для ответа в JSON.
npx skills add openai/plugins --skill gtex-eqtl-skill -a codexЧто делает gtex-eqtl-skill
gtex-eqtl-skill принимает один вариант в формате rsID, GRCh37 или GRCh38. Он приводит координаты к виду chrom-pos-ref-alt, формирует идентификатор GTEx chr{chrom}_{pos}_{ref}_{alt}_b38 и запрашивает ассоциации eQTL для одной ткани через GTEx v2 API. Результат содержит статус, исходный ввод, параметры варианта, число строк, сами eQTL, сведения о постраничной выдаче и предупреждения.
Внутри используется скрипт scripts/gtex_eqtl.py: он читает JSON из stdin и печатает JSON в stdout. Можно передать строку или объект с max_results, который ограничивает число возвращаемых строк. Для сетевых запросов применяется Python requests.
Практическое ограничение: нужно передать ровно один из параметров rsid, grch37, grch38 или variant, иначе обработка не соответствует ожидаемому формату.
Какие задачи решает
- получить eQTL-связи GTEx для варианта
- привести координаты GRCh37 к запросу GRCh38
- обработать rsID через GTEx v2 API
- ограничить число возвращаемых eQTL-строк
- получить результат в JSON без markdown
Примеры запросов агенту
- Найди eQTL-связи GTEx для `rs7903146` и верни результат в JSON.
- Обработай вариант `10-112998590-C-T` как GRCh38 и оставь максимум 5 строк.
- Передай в `scripts/gtex_eqtl.py` JSON с `{"grch37":"10-114758349-C-T"}` и покажи ответ.
Как установить gtex-eqtl-skill
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill gtex-eqtl-skill -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/gtex-eqtl-skill/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill gtex-eqtl-skill -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/gtex-eqtl-skill/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/gtex-eqtl-skill/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/gtex-eqtl-skill/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install openai/plugins gtex-eqtl-skill2Вручную: положить файлы
.github/skills/gtex-eqtl-skill/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/gtex-eqtl-skillВручную: положить файлы
.devin/skills/gtex-eqtl-skill/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
Из того же набора201
Весь набор →Похожие
Вопросы о gtex-eqtl-skill
Как установить gtex-eqtl-skill в Codex?
Выполните npx skills add openai/plugins --skill gtex-eqtl-skill -a codex, затем проверьте файл .agents/skills/gtex-eqtl-skill/SKILL.md.
Что делает gtex-eqtl-skill?
Он принимает один вариант в виде rsID, GRCh37 или GRCh38, преобразует его в запрос GRCh38 и возвращает ассоциации eQTL GTEx в JSON.
Какие варианты входа поддерживает gtex-eqtl-skill?
Можно передать rsid, grch37, grch38 или variant. Для координат поддерживаются разделители -, :, _, / и пробелы.
