biobankjapan-phewas-skill — скилл для Codex: суть и установка
Запрашивает ассоциации BioBank Japan для одного генетического варианта по rsID, GRCh37 или GRCh38. Помогает быстро получить сводку фенотипов прямо в диалоге с моделью.
npx skills add openai/plugins --skill biobankjapan-phewas-skill -a codexЧто делает biobankjapan-phewas-skill
Скилл обращается к скрипту scripts/biobankjapan_phewas.py через стандартный ввод. На вход передаётся JSON с одним обязательным полем: идентификатором rsid, координатами grch37, grch38 или общим обозначением variant. Перед выполнением запроса инструмент самостоятельно транслирует вариант в каноническую строку вида chr:pos-ref-alt для сборки GRCh37.
Результат выводится в виде компактной таблицы Markdown. Инструмент советует начинать с max_results=10, чтобы не раздувать контекст модели длинными списками. Если требуются все строки ассоциаций, параметр save_raw=true перенаправляет полный массив в файл и возвращает путь raw_output_path.
Без установленного интерпретатора Python и файла scripts/biobankjapan_phewas.py скилл работать не будет.
Какие задачи решает
- Найти фенотипические ассоциации BioBank Japan для одного rsID
- Преобразовать координаты сборки GRCh38 в формат GRCh37 перед вызовом BBJ
- Сохранить полный массив ассоциаций в JSON без перегрузки контекста
- Сформировать лаконичную сводку связей варианта с признаками
Примеры запросов агенту
- Проверь ассоциации в BioBank Japan для rs7903146 и покажи первые 10 результатов
- Запроси фенотипы в BBJ для
10:112998590-C-Tиз GRCh38 и сохрани полный ответ в файл - Найди связи для варианта
10:114758349-C-Tв сборке GRCh37 с лимитом 25 строк
Как установить biobankjapan-phewas-skill
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill biobankjapan-phewas-skill -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/biobankjapan-phewas-skill/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill biobankjapan-phewas-skill -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/biobankjapan-phewas-skill/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/biobankjapan-phewas-skill/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/biobankjapan-phewas-skill/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install openai/plugins biobankjapan-phewas-skill2Вручную: положить файлы
.github/skills/biobankjapan-phewas-skill/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/biobankjapan-phewas-skillВручную: положить файлы
.devin/skills/biobankjapan-phewas-skill/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
По шагам, с командами для каждой платформы: Скиллы Codex: как установить, где лежат и как вызвать
Вопросы о biobankjapan-phewas-skill
Как установить biobankjapan-phewas-skill в Codex?
Выполните команду npx skills add openai/plugins --skill biobankjapan-phewas-skill. Инструмент добавится в окружение агента.
Какие идентификаторы вариантов поддерживает скилл?
На вход нужно передать ровно один параметр: rsid, grch37, grch38 или variant. Скилл автоматически нормализует координаты к стандарту GRCh37.
Как получить полный список ассоциаций без обрезки?
Укажите флаг save_raw=true. Скрипт запишет полный объём данных на диск и вернёт путь в поле raw_output_path.
