finngen-phewas-skill — скилл для Codex: что делает и как установить
Скилл получает краткие результаты FinnGen PheWAS для одного варианта. Принимает rsID, GRCh37 или GRCh38 и приводит запрос к GRCh38.
npx skills add openai/plugins --skill finngen-phewas-skill -a codexЧто делает finngen-phewas-skill
Скилл запускает scripts/finngen_phewas.py для поиска ассоциаций FinnGen PheWAS по одному варианту. На вход можно передать rsid, grch37, grch38 или variant; затем значение приводится к каноническому запросу GRCh38 в формате chr:pos-ref-alt. В ответе агент получает число ассоциаций, признак усечения, сам вариант и regions, если они возвращены.
По умолчанию скрипт формирует краткое резюме в Markdown и начинает с max_results=10. Для полного payload можно включить save_raw=true и использовать raw_output_path, не вставляя большой JSON в чат. Для работы нужен Python, а сам файл скилла рассчитан на запуск скрипта из scripts/finngen_phewas.py. В один запрос разрешено передавать ровно один идентификатор варианта, поэтому несколько форматов сразу сломают проверку входа.
Какие задачи решает
- найти ассоциации FinnGen для одного варианта
- преобразовать координаты GRCh37 в запрос GRCh38
- получить краткую сводку PheWAS по rsID
- сохранить полный JSON-ответ в файл
Примеры запросов агенту
- Проверь FinnGen PheWAS для `rs7903146` и покажи краткую сводку.
- Найди ассоциации для `10:114758349-C-T` в GRCh37 и укажи канонический вариант GRCh38.
- Получи результаты для `10:112998590:C:T`, увеличь `max_results` до `25` и сохрани полный ответ в файл.
Как установить finngen-phewas-skill
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill finngen-phewas-skill -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/finngen-phewas-skill/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill finngen-phewas-skill -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/finngen-phewas-skill/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/finngen-phewas-skill/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/finngen-phewas-skill/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install openai/plugins finngen-phewas-skill2Вручную: положить файлы
.github/skills/finngen-phewas-skill/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/finngen-phewas-skillВручную: положить файлы
.devin/skills/finngen-phewas-skill/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
Из того же набора201
Весь набор →Похожие
Вопросы о finngen-phewas-skill
Как установить finngen-phewas-skill в Codex?
Выполните npx skills add openai/plugins --skill finngen-phewas-skill, затем npx skills add openai/plugins --skill finngen-phewas-skill -a codex. Файл скилла будет доступен по пути .agents/skills/finngen-phewas-skill/SKILL.md.
Что делает finngen-phewas-skill?
Он ищет краткие результаты FinnGen PheWAS для одного варианта и приводит входной rsID или координаты GRCh37/GRCh38 к запросу GRCh38. В сводке показывает число ассоциаций, усечение выдачи и возвращённые regions.
Какие данные можно передать скиллу?
Нужно передать ровно одно из rsid, grch37, grch38 или variant. Параметры max_results, save_raw, raw_output_path и timeout_sec можно использовать дополнительно.
