civic-skill — скилл для Codex: что делает и как установить
Выполняет точечные GraphQL-запросы к базе CIViC и возвращает сжатые выжимки по вариантам мутаций при раке. Пригодится биоинформатикам и разработчикам.
npx skills add openai/plugins --skill civic-skill -a codexЧто делает civic-skill
Скилл отправляет компактные запросы к GraphQL API базы CIViC через скрипт scripts/civic_graphql.py. Он исследует схему API и извлекает доказательную базу по клинической интерпретации мутаций. Такой подход отсекает лишнее, поэтому тяжелые графы данных не перегружают контекст диалога.
Скрипт принимает JSON через stdin с обязательным полем query или query_path. Также поддерживаются параметры variables, max_items, max_depth, timeout_sec и save_raw. В ответ возвращаются статус выполнения, ключи верхнего уровня и короткая текстовая выжимка в Markdown. Сырой JSON выдается, только если пользователь прямо запросил машиночитаемый формат.
Инструмент стоит ставить тем, кто регулярно ищет онкологические варианты в CIViC и не хочет вручную составлять узкие GraphQL-запросы.
Какие задачи решает
- Исследовать типы и поля в GraphQL-схеме CIViC
- Получить сжатую выжимку доказательств по варианту мутации
- Сохранить сырой ответ GraphQL в файл через параметр save_raw
- Выполнить длинный GraphQL-запрос из отдельного файла через query_path
Примеры запросов агенту
- Проверь схему CIViC GraphQL и покажи первые 20 доступных полей
- Запроси через scripts/civic_graphql.py данные по мутации и сделай краткую выжимку в markdown
- Выполни запрос из файла query.graphql с сохранением сырого ответа
Как установить civic-skill
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill civic-skill -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/civic-skill/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill civic-skill -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/civic-skill/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/civic-skill/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/civic-skill/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install openai/plugins civic-skill2Вручную: положить файлы
.github/skills/civic-skill/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/civic-skillВручную: положить файлы
.devin/skills/civic-skill/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
Из того же набора201
Весь набор →Похожие
Вопросы о civic-skill
Как установить civic-skill в Codex?
Выполните команду npx skills add openai/plugins --skill civic-skill в терминале. Файл конфигурации появится по пути .agents/skills/civic-skill/SKILL.md.
Что делает civic-skill?
Он отправляет сжатые запросы к GraphQL-серверу CIViC через локальный скрипт на Python. Ответ приходит в виде короткой сводки в Markdown без громоздких дампов.
Какие параметры принимает scripts/civic_graphql.py?
Скрипт читает один JSON-объект из stdin с обязательным полем query или query_path. Опционально передаются variables, max_items, max_depth, timeout_sec, save_raw и raw_output_path.