bgee-skill — скилл для Codex: что делает и как установить
Скилл отправляет компактные SPARQL-запросы в Bgee для метаданных экспрессии у здоровых организмов дикого типа. Подойдёт для кратких сводок и поиска по онтологии.
npx skills add openai/plugins --skill bgee-skill -a codexЧто делает bgee-skill
bgee-skill помогает Codex и ChatGPT получать данные Bgee через компактные SPARQL-запросы. Он ориентирован на метаданные экспрессии у здоровых организмов дикого типа и запросы с учётом онтологии. По умолчанию агент получает краткую сводку в Markdown, а исходные результаты сохраняются только по запросу.
Для работы используется scripts/sparql_request.py. Скрипт читает один JSON-объект из stdin: нужно передать query или query_path, а при необходимости задать формат ответа, лимит элементов, тайм-аут и путь для сырых данных. Запросы лучше начинать с небольших SELECT или ASK и ранним LIMIT; длинные документы можно передавать через query_path.
Ставьте скилл, если агенту нужны повторяемые запросы к Bgee и короткие ответы. Для больших выгрузок или произвольных дампов троек он подходит хуже.
Какие задачи решает
- получить метаданные экспрессии из Bgee
- проверить биологический вопрос через онтологию
- сформировать компактную сводку по SPARQL-ответу
- сохранить сырые результаты по запросу
Примеры запросов агенту
- Сделай компактный Bgee-запрос о здоровой экспрессии для этого термина.
- Проверь этот вопрос через онтологию и верни краткую сводку.
- Выполни `scripts/sparql_request.py` с `query_path` и сохрани сырые результаты.
Как установить bgee-skill
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill bgee-skill -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/bgee-skill/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill bgee-skill -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/bgee-skill/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/bgee-skill/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/bgee-skill/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install openai/plugins bgee-skill2Вручную: положить файлы
.github/skills/bgee-skill/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/bgee-skillВручную: положить файлы
.devin/skills/bgee-skill/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
Из того же набора201
Весь набор →Похожие
Вопросы о bgee-skill
Как установить bgee-skill в Codex?
Выполните npx skills add openai/plugins --skill bgee-skill или npx skills add openai/plugins --skill bgee-skill -a codex. Файл скилла появится по пути .agents/skills/bgee-skill/SKILL.md.
Что делает bgee-skill?
Он отправляет компактные SPARQL-запросы к Bgee и возвращает краткие сводки по метаданным экспрессии у здоровых организмов дикого типа. Скилл также поддерживает онтологический поиск.
Какие входные данные нужны для работы bgee-skill?
Скрипт принимает один JSON-объект из stdin с обязательным полем query или query_path. Для выполнения используется scripts/sparql_request.py и команда Python.