Скиллы, плагины, субагенты, слэш-команды и mcp-серверы для Gemini CLI

etetoolkit K-Dense-AI скилл Работает с готовыми филогенетическими деревьями через библиотеку ETE 4: сравнивает топологии, аннотирует узлы, находит дупликации генов, запрашивает таксономию NCBI и GTDB. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок pennylane K-Dense-AI скилл Помогает строить квантовые схемы в PennyLane 0.45.1, обучать гибридные модели с PyTorch и запускать алгоритмы VQE или QAOA. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок labarchive-integration K-Dense-AI скилл Скилл помогает работать с API LabArchives ELN и Inventory API v1: выбрать региональный адрес, собрать подпись и проверить план запроса. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок molfeat K-Dense-AI скилл Преобразует структуры молекул в отпечатки, дескрипторы и встроенные представления для машинного обучения, поиска по сходству и виртуального скрининга. Нужен Python 3.11+, RDKit и PyTorch. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок pathml K-Dense-AI скилл Скилл помогает настроить пайплайны вычислительной патологии на базе PathML 3.0.8. Он автоматизирует нарезку слайдов на тайлы, сегментацию ткани и сохранение результатов в .h5path. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок cobrapy K-Dense-AI скилл Помогает анализировать метаболические модели через COBRApy: рассчитывать потоки, проверять нокауты генов и состав среды. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок depmap K-Dense-AI скилл Скилл для поиска и анализа данных Cancer Dependency Map (DepMap). Помогает проверять генные зависимости, ко-эссенциальность и чувствительность опухолевых моделей к препаратам PRISM. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок diffdock K-Dense-AI скилл Считает позы связывания малой молекулы с белком через DiffDock и DiffDock-L, от одной пары до батча. Нужен, когда надо получить и разобрать кандидатные позы. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок pysam K-Dense-AI скилл Направляет агента при работе с геномными форматами SAM, BAM, CRAM, VCF и FASTA через библиотеку pysam. Пригодится для чтения выравниваний, фильтрации ридов и расчёта покрытия. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок medchem K-Dense-AI скилл Отбирает соединения по правилам лекарственной пригодности, структурным предупреждениям и сложности. Нужен для фильтрации библиотек молекул. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок dhdna-profiler K-Dense-AI скилл Скилл применяет фреймворк DHDNA для описания паттернов мышления и письма в тексте. Помогает когда нужна рефлексия о стиле рассуждения, профиль когнитивных предпочтений или сравнение текстов по способу аргументации. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок neurokit2 K-Dense-AI скилл Скилл помогает выстраивать воспроизводимую обработку биосигналов в NeuroKit2 0.2.13. Защищает пайплайн от конфликта версий библиотек и ошибок в единицах измерения. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок scvi-tools K-Dense-AI скилл Помогает подбирать и обучать вероятностные модели для данных single-cell omics. Нужен для интеграции партий, аннотации клеток и анализа мультимодальных измерений. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок paperzilla K-Dense-AI скилл Скилл даёт агенту прямой доступ к проектам, рекомендациям и научным статьям в Paperzilla через CLI. Пригодится, если вы ищете релевантные работы, следите за фидом проекта или экспортируете результаты. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок zarr-python K-Dense-AI скилл Помогает организовать хранение и выборку многомерных массивов в Zarr-Python 3. Пригодится при настройке чанков, шардинга и чтения данных из облачных хранилищ. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок esm K-Dense-AI скилл Скилл для Python-SDK esm от Biohub: генерация белковых последовательностей в ESM3, эмбеддинги ESMC и предсказание структуры ESMFold2 — локально или через хостед-клиент. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок torchdrug K-Dense-AI скилл Помогает настроить пайплайны TorchDrug 0.2.1 для графов молекул и белков. Пригодится при сборке моделей прогнозирования свойств, генерации молекул и поиске ретросинтеза. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок pymatgen K-Dense-AI скилл Анализирует и преобразует структуры материалов и расчётные данные через pymatgen. Нужен для фазовых диаграмм, симметрии, файлов электронных расчётов и запросов к Materials Project. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок imaging-data-commons K-Dense-AI скилл Скилл для поиска и загрузки открытых данных медицинских изображений из репозитория NCI Imaging Data Commons. Работает с DICOM, КТ, МР, ПЭТ и цифровой патологией без аутентификации для базовых операций. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок fluidsim K-Dense-AI скилл Помогает настраивать, валидировать и перезапускать гидродинамические симуляции во FluidSim с проверкой сходимости и ресурсов перед запуском на HPC. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок molecular-dynamics K-Dense-AI скилл Собирает систему для молекулярной динамики в OpenMM, гоняет минимизацию и уравновешивание, а потом считает по траекториям RMSD, RMSF и карты контактов через MDAnalysis. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок pydeseq2 K-Dense-AI скилл Скилл для дифференциального анализа экспрессии генов по данным RNA-seq. Выполняет отрицательно-биномиальные GLM с учётом биологических реплик, контрастов и ковариат. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок adaptyv K-Dense-AI скилл Скилл помогает планировать эксперименты по характеризации белков через облачную лабораторию Adaptyv Bio Foundry, оценивать стоимость и забирать результаты тестов. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок arboreto K-Dense-AI скилл Считает кандидатные связи «регулятор — мишень» по данным экспрессии: GRNBoost2 на бустинге, GENIE3 на случайном лесу. Нужен, когда есть таблица генов и список факторов. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок vaex K-Dense-AI скилл Скилл для работы с датасетами, которые не влезают в оперативную память. Обрабатывает HDF5, Arrow, CSV и Parquet через виртуальные выражения Vaex, ленивые вычисления и потоковую статистику. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок benchling-integration K-Dense-AI скилл Помогает автоматизировать работу с лабораторными данными в Benchling через Python SDK 1.25.0 и REST API v2. Пригодится для регистрации сущностей, учёта образцов и экспорта записей ELN. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок datamol K-Dense-AI скилл Помогает агенту работать с молекулярными данными через datamol и RDKit: разбирать SMILES, считать дескрипторы, строить конформеры и кластеры. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок cellxgene-census K-Dense-AI скилл Скилл для программного доступа к CZ CELLxGENE Census — гигантскому каталогу стандартизированных данных по одиночным клеткам. Запрашивайте метаданные, экспрессию генов и эмбеддинги без загрузки целых датасетов. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок deepchem K-Dense-AI скилл Настраивает пайплайны хемоинформатики и предсказания свойств молекул в DeepChem 2.8.0. Помогает подготовить SMILES и обучить модели ADMET. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок pufferlib K-Dense-AI скилл Скилл для работы с PufferLib: помогает выбрать версию, настроить окружение, валидировать контракт и запустить обучение. Нужна Python 3.10+ и native C/CUDA для полного функционала. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок pydicom K-Dense-AI скилл Скилл для работы с локальными наборами DICOM: проверяет заголовки, извлекает метаданные и готовит пиксельные массивы. Защищает от утечки медицинских данных в логи. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок scanpy K-Dense-AI скилл Скилл с готовыми скриптами для полного цикла анализа single-cell RNA-seq: от контроля качества до маркерных генов и визуализации. Пригодится, когда нужно прогнать данные через Scanpy, не собирая пайплайн вручную. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок rdkit K-Dense-AI скилл Скилл помогает агенту работать с библиотекой RDKit: разбирать структуры молекул, считать дескрипторы и строить 3D-конформации. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок modal K-Dense-AI скилл Помогает писать и запускать Python-нагрузки в Modal: от веб-эндпоинтов до обучения моделей на GPU. Нужен при развёртывании облачных задач через Modal SDK. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок gget K-Dense-AI скилл Скилл для поиска биоинформатических данных и вызова геномных баз через gget. Пригодится для быстрой выгрузки генов, последовательностей и белковых структур прямо в терминале. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок clinical-reports K-Dense-AI скилл Скилл собирает каркас черновика клинического отчёта и проверяет его локальными скриптами. На входе — синтетические, деидентифицированные или агрегированные данные. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок anndata K-Dense-AI скилл Скилл для создания, чтения и преобразования аннотированных матриц данных в формате h5ad и Zarr. Интегрируется с экосистемой scverse для анализа транскриптомики и других типов данных с метаданными. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок bioservices K-Dense-AI скилл Помогает запрашивать биоинформатические базы через библиотеку BioServices в Python. Пригодится при аннотации белков, поиске путей в KEGG и маппинге химических соединений. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок hypogenic K-Dense-AI скилл Скилл для аудита и планирования использования HypoGeniC — инструмента генерации гипотез из размеченных текстовых датасетов с помощью LLM. Нужен, если вы работаете с пакетом hypogenic, его конфигами или бенчмарками HypoBench. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок simpy K-Dense-AI скилл Помогает строить, тестировать и анализировать модели дискретно-событийного моделирования на Python с библиотекой SimPy. Пригодится для расчёта очередей и логистики. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок