К основному содержанию
affpapa.org
RU EN
скилл Claude Code CX Codex Cursor GitHub Copilot

anndata — скилл для Claude Code: работа с матрицами single-cell

Скилл для создания, чтения и преобразования аннотированных матриц данных в формате h5ad и Zarr. Интегрируется с экосистемой scverse для анализа транскриптомики и других типов данных с метаданными.

Установить в Claude Code · Через Skills CLI (Vercel) Все способы и платформы ↓ 
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill anndata -a claude-code
Открыть на GitHub

Что делает anndata

anndata хранит экспериментальные измерения (матрица X) вместе с метаданными наблюдений, переменных и многомерными аннотациями. Позволяет работать с разреженными матрицами, использовать backed mode для больших файлов, объединять несколько датасетов и фильтровать данные по условиям.

Скилл поддерживает native форматы h5ad и zarr, а также читает CSV, MTX, Loom и 10X Genomics (через scanpy). Для ленивого ввода-вывода и операций с dask нужны дополнительные пакеты. При работе с удалёнными хранилищами потребуется интернет и адаптеры fsspec для конкретного провайдера.

Требует Python 3.12+ и anndata 0.13.4; рекомендуется установка через uv. В версии 0.13 изменены API — используй ad.concat вместо concatenate(), импортируй читатели из anndata.io, проверяй имя слоя на None при итерации. Backed sparse матрицы теперь не поддерживают прямое присваивание.

Какие задачи решает

  • читать и писать аннотированные матрицы в h5ad и zarr
  • фильтровать и подмножествать данные по метаданным ячеек или генов
  • объединять несколько образцов или экспериментов в один объект
  • работать с большими датасетами в backed режиме без загрузки в память
  • конвертировать между форматами: CSV, MTX, Loom, 10X

Примеры запросов агенту

  • Создай объект AnnData из матрицы 100 ячеек на 2000 генов с метаданными cell_type и sample
  • Прочитай файл data.h5ad в backed режиме, возьми первые 100 ячеек и сохрани в памяти
  • Объедини три датасета по ячейкам через ad.concat, отслеживая источник в obs['batch']

Как установить anndata

1Через Skills CLI (Vercel)

npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill anndata -a claude-code

2Вручную: положить файлы

~/.claude/skills/anndata/SKILL.md

Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/anndata/

Из того же набора120

Весь набор →
scientific-visualization K-Dense-AI Помогает создавать и проверять научные графики для публикаций в Matplotlib, Seaborn и Plotly с соблюдением требований к данным и контрасту. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 400установок scientific-writing K-Dense-AI Скилл помогает писать и проверять научные рукописи и отчёты, связывая утверждения с проверенными источниками. Пригодится перед аудитом, подготовкой разделов и подачей статьи. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 400установок statistical-analysis K-Dense-AI Проводит статистические тесты с проверкой предпосылок, расчётом размера эффекта и отчётом в формате APA. Покрывает t-тесты, ANOVA, корреляцию, регрессию, непараметрику и байесовские методы. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-brainstorming K-Dense-AI Скилл структурирует научный мозговой штурм: от независимой генерации идей до состязательного ревью и журнала решений. Помогает отобрать направления исследований без преждевременных выводов. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок literature-review K-Dense-AI Скилл ищет и систематизирует научные публикации, проверяет цитаты и помогает собрать обзор в Markdown или PDF. Подходит для воспроизводимого поиска и скрининга. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-critical-thinking K-Dense-AI Скилл для оценки научных утверждений, методологии исследований и качества доказательств. Применяет фреймворки GRADE и Cochrane Risk of Bias. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-schematics K-Dense-AI Создаёт черновики научных схем в PNG и проверяет их качество через отдельную модель. Пригодится для архитектур нейросетей, блок-схем и биологических путей. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 200установок scikit-learn K-Dense-AI Скилл для задач машинного обучения на Python: классификация, регрессия, кластеризация, препроцессинг и сборка ML-пайплайнов с библиотекой scikit-learn 1.9.1. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 200установок

Похожие

sr-screener Imbad0202 Скилл организует отбор научных публикаций по протоколу для систематических обзоров. Проводит независимый двойной скрининг названий, аннотаций и текстов. Claude Code CX Codex Cursor +1 449установок typst-author jihe520 Скилл помогает писать, править и форматировать документы Typst. Он направляет агента сверять синтаксис со справочниками и запускать проверки разметки. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 800установок anysearch anysearch-ai Скилл подключает поиск в интернете, тематические запросы, параллельный поиск и извлечение содержимого страниц. Пригодится, когда агенту нужны свежие сведения или нужно проверить утверждение. Claude Code CX Codex Cursor +1 38 500установок academic-paper Imbad0202 Скилл разворачивает конвейер из 12 агентов для подготовки научных статей в 11 режимах. Помогает пройти путь от поиска литературы и плана до проверки цитат и ответа рецензентам. Claude Code CX Codex Cursor +1 10 800установок nature-figure Yuan1z0825 Скилл собирает, правит и проверяет рисунки для научных статей на Python или R. Пригодится, когда графики идут в submission, а не в отчёт. Claude Code CX Codex Cursor +1 18 700установок academic-paper-reviewer Imbad0202 Скилл имитирует коллегиальную проверку научной статьи через пять ролей. Пригодится для рецензии, повторной проверки правок и оценки методологии. Claude Code CX Codex Cursor +1 9 800установок nature-polishing Yuan1z0825 Скилл для правки, перевода и сокращения готового академического текста. Держит факты, термины и границы доказательств на месте. Claude Code CX Codex Cursor +1 17 400установок nature-citation Yuan1z skill, refactored into static/dynamic layers Ищет статьи из Nature и семейства CNS для подтверждения тезисов рукописи, связывает утверждения с источниками и готовит экспорт для менеджера ссылок. Пригодится, когда нужны ссылки именно из этих журналов. Claude Code CX Codex Cursor +1 15 600установок

Вопросы о anndata

Как установить anndata в Claude Code?

Выполни npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill anndata -a claude-code. Скилл будет доступен в файле ~/.claude/skills/anndata/SKILL.md.

Что делает anndata?

Это инструмент для работы с матрицами экспериментальных данных, где каждая строка — это ячейка или образец, столбцы — гены или измерения, а метаданные хранятся отдельно. Поддерживает эффективное хранение, быструю фильтрацию и объединение больших датасетов.

Какие версии Python и зависимостей нужны?

Требуется Python 3.12+ и anndata 0.13.4. Для ленивого ввода-вывода установи дополнительные пакеты: uv pip install "anndata[dask,lazy]==0.13.4". Для работы с удалёнными хранилищами потребуется соответствующий адаптер fsspec.

Смотрите также

Спонсоры проекта

Компании, которые помогают держать аналитику открытой
Золотой спонсор AI-аналитика спроса на iGaming — индекс, тренды, конкуренты
Nutra.Club Закрытое сообщество Nutra-вертикали от команды M1

Показы, клики и копирования кода — открытая статистика. Мы держим цифры публичными по той же логике, что и сам NeBlask. Стать спонсором