rdkit — скилл для Claude Code: что делает и как установить
Скилл помогает агенту работать с библиотекой RDKit: разбирать структуры молекул, считать дескрипторы и строить 3D-конформации.
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill rdkit -a claude-codeЧто делает rdkit
Скилл обучает агента хемоинформатике на Python. Модель учится читать форматы SMILES и SDF, проверять химическую структуру и рассчитывать свойства вроде LogP и TPSA.
Сюда входят генерация фингерпринтов Morgan и поиск подструктур по SMARTS. Также описано трёхмерное встраивание ETKDG. Проверять код возврата EmbedMolecule обязательно: значение -1 означает сбой сборки 3D-координат. Передавать неудачную молекулу в силовое поле нельзя.
Для работы нужен пакет rdkit в Python. Он протестирован на версии 2026.03.6 под Python 3.13. Доступ к сети или ключи API не нужны. Смешивать установку через conda и pip нельзя из-за конфликта бинарных расширений.
Какие задачи решает
- разобрать молекулярные графы из файлов SMILES или SDF
- рассчитать физико-химические дескрипторы LogP, TPSA и молекулярную массу
- найти молекулярные фрагменты по SMARTS-запросам
- сгенерировать трёхмерные координаты и оптимизировать их силовым полем
Примеры запросов агенту
- Рассчитай LogP, TPSA и молекулярную массу для этого списка SMILES через RDKit
- Сгенерируй 3D-конформацию молекулы с помощью ETKDG и проверь результат на ошибки
- Найди подструктуры в SDF-файле по шаблону SMARTS и выдели совпадения на изображении
Как установить rdkit
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill rdkit -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/rdkit/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/rdkit/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill rdkit -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/rdkit/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill rdkit -a cursor2Вручную: положить файлы
.cursor/skills/rdkit/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills rdkit2Вручную: положить файлы
.github/skills/rdkit/SKILL.md1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill rdkit -a gemini-cli2Командой платформы
gemini skills install https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills --path skills/rdkitВручную: положить файлы
.devin/skills/rdkit/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill rdkit -a opencodeClaude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
Из того же набора120
Весь набор →Похожие
Вопросы о rdkit
Как установить rdkit в Claude Code?
Выполните в терминале команду npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill rdkit -a claude-code. Альтернативный способ — разместить файл по пути ~/.claude/skills/rdkit/SKILL.md.
Что делает скилл rdkit?
Он предоставляет агенту готовые шаблоны и правила работы с библиотекой RDKit на Python. Модель учится выполнять поиск подструктур, рассчитывать дескрипторы и генерировать координаты молекул.
Какие зависимости нужны для запуска?
Требуется интерпретатор Python и установленный пакет rdkit. Никаких внешних токенов API или доступа к сети скиллу после установки не требуется.
