scientific-agent-skills: набор от k-dense-ai

scanpy K-Dense-AI скилл Скилл с готовыми скриптами для полного цикла анализа single-cell RNA-seq: от контроля качества до маркерных генов и визуализации. Пригодится, когда нужно прогнать данные через Scanpy, не собирая пайплайн вручную. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок rdkit K-Dense-AI скилл Скилл помогает агенту работать с библиотекой RDKit: разбирать структуры молекул, считать дескрипторы и строить 3D-конформации. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок modal K-Dense-AI скилл Помогает писать и запускать Python-нагрузки в Modal: от веб-эндпоинтов до обучения моделей на GPU. Нужен при развёртывании облачных задач через Modal SDK. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок gget K-Dense-AI скилл Скилл для поиска биоинформатических данных и вызова геномных баз через gget. Пригодится для быстрой выгрузки генов, последовательностей и белковых структур прямо в терминале. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок clinical-reports K-Dense-AI скилл Скилл собирает каркас черновика клинического отчёта и проверяет его локальными скриптами. На входе — синтетические, деидентифицированные или агрегированные данные. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок anndata K-Dense-AI скилл Скилл для создания, чтения и преобразования аннотированных матриц данных в формате h5ad и Zarr. Интегрируется с экосистемой scverse для анализа транскриптомики и других типов данных с метаданными. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок bioservices K-Dense-AI скилл Помогает запрашивать биоинформатические базы через библиотеку BioServices в Python. Пригодится при аннотации белков, поиске путей в KEGG и маппинге химических соединений. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок hypogenic K-Dense-AI скилл Скилл для аудита и планирования использования HypoGeniC — инструмента генерации гипотез из размеченных текстовых датасетов с помощью LLM. Нужен, если вы работаете с пакетом hypogenic, его конфигами или бенчмарками HypoBench. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок simpy K-Dense-AI скилл Помогает строить, тестировать и анализировать модели дискретно-событийного моделирования на Python с библиотекой SimPy. Пригодится для расчёта очередей и логистики. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок geomaster K-Dense-AI скилл Помогает вести геопространственные исследования: работать со спутниковыми снимками, векторными и растровыми данными, CRS и пространственной статистикой. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок scikit-bio K-Dense-AI скилл Помогает анализировать биоинформатические данные: последовательности ДНК, РНК и белков, выравнивания и филогенетические деревья. Пригодится в проектах микробиологии и экологии. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок consciousness-council K-Dense-AI скилл Скилл собирает «совет» из архетипов мышления, разводит факты, допущения и ценности и выдаёт условную рекомендацию по трудному выбору. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок stable-baselines3 K-Dense-AI скилл Скилл для обучения агентов с подкреплением на Stable Baselines3. Поддерживает PPO, SAC, DQN и другие алгоритмы, работает с пользовательскими средами Gymnasium и векторизованными окружениями. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок geopandas K-Dense-AI скилл Помогает анализировать векторные геоданные в Python, проверять корректность геометрий и планировать перепроецирование через локальные аудиты. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок research-lookup K-Dense-AI скилл Собирает актуальные научные статьи и ссылки для рукописи или обзора, когда нужно 60+ проверенных источников. Использует параллельный поиск, извлечение данных из PDF и веб-источников, поддерживает глубокий поиск и опциональный Perplexity. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок biopython K-Dense-AI скилл Скилл помогает автоматизировать задачи биоинформатики: разбирать файлы FASTA и PDB, выравнивать последовательности и запрашивать данные через NCBI Entrez. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок torch-geometric K-Dense-AI скилл Помогает работать с графовыми нейросетями в PyTorch Geometric: готовить графы, выбирать слои и решать задачи классификации. Нужен при работе с torch_geometric. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок venue-templates K-Dense-AI скилл Помогает готовить рукописи, тезисы конференций, постеры и гранты с актуальными требованиями площадок и встроенными LaTeX-шаблонами. Проверяет лимиты страниц, правила анонимности и форматирование перед отправкой. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок open-notebook K-Dense-AI скилл Организует исследовательские блокноты с конспектами, поиском и вопросами к документам через локальные или облачные модели. Пригодится при работе с селф-хостед альтернативой NotebookLM. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок scikit-survival K-Dense-AI скилл Скилл для scikit-survival 0.28.0: агент собирает и проверяет модели выживаемости на цензурированных данных, от Cox PH до лесов, и считает метрики с поправкой на цензурирование. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок hugging-science K-Dense-AI скилл Скилл для поиска и оценки научных датасетов, моделей и интерактивных демо через каталог Hugging Science. Пригодится, если нужен ML-ресурс для биологии, химии, геномики, материаловедения, климата или физики. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 800установок ginkgo-cloud-lab K-Dense-AI скилл Помогает выбрать протокол, подготовить входные данные и оформить заказы в облачной лаборатории Ginkgo Bioworks. Пригодится при синтезе РНК и экспрессии белков. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 800установок primekg K-Dense-AI скилл Скилл даёт Claude Code локальный доступ к PrimeKG: ищет узлы, тянет соседей и собирает карточку болезни из CSV графа. Пригодится для проверки биологических гипотез. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 800установок exa-search K-Dense-AI скилл Скилл для поиска научных и технических материалов через Exa с извлечением текста из страниц и PDF-файлов. Работает с предварительной фильтрацией по категории публикаций и академическим доменам. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 700установок autoskill K-Dense-AI скилл Анализирует историю работы из Screenpipe, находит повторяющиеся сценарии и готовит черновики новых скиллов. Запускается только по прямому запросу пользователя. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 700установок nextflow K-Dense-AI скилл Помогает писать, запускать и отлаживать пайплайны Nextflow DSL2 и воркфлоу nf-core. Пригодится при настройке вычислений на SLURM или в облаке. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 400установок pathway-enrichment K-Dense-AI скилл Запускает pathway- и gene-set-анализ списка генов или ранжированных данных, находит обогащённые GO-термины, KEGG, Reactome, MSigDB. Нужен после дифференциальной экспрессии, CRISPR-скрининга или кластеризации. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 400установок bulk-rnaseq K-Dense-AI скилл Готовит прочтения bulk RNA-seq и выравнивание в матрицу отсчётов для дифференциальной экспрессии в PyDESeq2. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 400установок pacsomatic K-Dense-AI скилл Готовит и запускает прогон nf-core/pacsomatic по схеме «опухоль — норма» на данных PacBio HiFi: собирает samplesheet, артефакты запуска и отправляет драйвер Nextflow в планировщик. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 400установок statistical-power K-Dense-AI скилл Вычисляет, сколько объектов наблюдения нужно для исследования, чтобы обнаружить значимый эффект. Помогает при подготовке протокола, гранта или pre-registration — от простых t-тестов до сложных регрессий и смешанных моделей. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 300установок arbor K-Dense-AI скилл Скилл организует автономный цикл оптимизации кода, моделей и промптов через дерево гипотез. Пригодится для длинных серий экспериментов, когда ручной учёт правок заходит в тупик. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 200установок pi-agent K-Dense-AI скилл Помогает устанавливать и настраивать Pi, а также создавать расширения, интеграции и компоненты терминального интерфейса. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 200установок onekgpd K-Dense-AI скилл Инструмент обращается к выборке 1000 Genomes Project на уровне отдельных участников. Помогает находить носителей редких мутаций и сопоставлять родственные связи. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 100установок tamarind K-Dense-AI скилл Запускает инструменты структурной биологии и молекулярного дизайна через REST API или MCP-сервер Tamarind Bio. Пригодится для облачных задач без локальных GPU. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 100установок genomic-coordinates K-Dense-AI скилл Конвертирует геномные координаты между BED, VCF, GTF и другими форматами, а также выравнивает инделы. Помогает избежать ошибок сдвига на единицу и несовпадения сборок генома. Claude Code CX Codex Cursor +1 939установок ontology-term-resolution K-Dense-AI скилл Находит идентификаторы онтологий по научным названиям и проверяет CURIE через EBI OLS4. Пригодится при разметке метаданных для репозиториев вроде GEO, BioSamples и CELLxGENE. Claude Code CX Codex Cursor +1 937установок pkpd-modeling K-Dense-AI скилл Считает NCA, компартментные модели и метрики экспозиции по данным концентрация-время, а в отчёте фиксирует, на каких допущениях держатся цифры. Claude Code CX Codex Cursor +1 924установок deepspot-m K-Dense-AI скилл Модель предсказывает экспрессию генов по тайлу H&E 224x224: на выходе значения log1p-CPM по выбранным символам. Пригодится, если нужна виртуальная пространственная транскриптомика по срезу. Claude Code CX Codex Cursor +1 866установок relsa-severity-assessment K-Dense-AI скилл Скилл рассчитывает многомерный индекс RELSA и строит прогнозы тяжести по модели ARIMA для лабораторных животных. Подходит для отчётов по директиве 2010/63/EU и концепции 3Rs. Claude Code CX Codex Cursor +1 863установок ncats-arax K-Dense-AI скилл Скилл для запросов к графу знаний NCATS Translator ARAX: типизированные связи с провенансом, нормализация сущностей и разбор сохранённых ответов TRAPI. Claude Code CX Codex Cursor +1 858установок