К основному содержанию
affpapa.org
RU EN
скилл Claude Code CX Codex Cursor GitHub Copilot

deepspot-m — скилл для Claude Code: что делает и как установить

Модель предсказывает экспрессию генов по тайлу H&E 224x224: на выходе значения log1p-CPM по выбранным символам. Пригодится, если нужна виртуальная пространственная транскриптомика по срезу.

Установить в Claude Code · Через Skills CLI (Vercel) Все способы и платформы ↓ 
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill deepspot-m -a claude-code
Открыть на GitHub

Что делает deepspot-m

Скилл оборачивает DeepSpot-M для агента: тайл H&E 224x224 на входе, предсказанные значения log1p-CPM на выходе, по одному на каждый запрошенный ген, в той же сетке тайлов. Панель на ~19k белок-кодирующих генов едет вместе с весами и видна как model.gene_names. Символ вне панели вернёт KeyError.

Внутри DeepSpotM.from_pretrained с параметром source: evo2, orthrus, prott5, scgpt или apertus. Он задаёт, из какого замороженного генного эмбеддинга роутер строит проекции, и берётся один на прогон. image_processor собирает тензор из PIL-картинки, predict_genes(batch, genes) возвращает числа в порядке вашего списка.

Заранее: uv pip install deepspotm==1.0.0, Python 3.10+ и PyTorch под вашу CUDA. Веса закрытые: одобрение заявки на Hugging Face не логинит машину, hf auth login — отдельный шаг. Код под PolyForm Noncommercial, веса под CC-BY-NC-SA-4.0, а форма доступа пускает академических и некоммерческих исследователей без коммерческих аффилиаций. При коммерческом финансировании доступа не дадут, так что проверьте это заранее. Тайлер histolab 0.7.0 опционален и требует отдельного окружения Python 3.10 или 3.11 с OpenSlide.

Какие задачи решает

  • предсказать экспрессию генов по тайлу H&E без секвенирования
  • разбить срез на тайлы 224x224 и собрать карту предсказаний
  • сравнить выдачу при разных генных эмбеддингах
  • выгрузить матрицу экспрессии в AnnData/H5AD
  • поймать кроп не того размера до подачи в модель

Примеры запросов агенту

  • Загрузи DeepSpot-M и предскажи `EPCAM` и `CD3D` для `tile.png`.
  • Разбей `slide.svs` на тайлы 224x224, прогони через DeepSpot-M и сохрани матрицу в H5AD.
  • Прогони одни и те же тайлы через `source="scgpt"` и `source="evo2"` и сравни результат.

Как установить deepspot-m

1Через Skills CLI (Vercel)

npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill deepspot-m -a claude-code

2Вручную: положить файлы

~/.claude/skills/deepspot-m/SKILL.md

Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/deepspot-m/

Из того же набора120

Весь набор →
scientific-visualization K-Dense-AI Помогает создавать и проверять научные графики для публикаций в Matplotlib, Seaborn и Plotly с соблюдением требований к данным и контрасту. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 400установок scientific-writing K-Dense-AI Скилл помогает писать и проверять научные рукописи и отчёты, связывая утверждения с проверенными источниками. Пригодится перед аудитом, подготовкой разделов и подачей статьи. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 400установок statistical-analysis K-Dense-AI Проводит статистические тесты с проверкой предпосылок, расчётом размера эффекта и отчётом в формате APA. Покрывает t-тесты, ANOVA, корреляцию, регрессию, непараметрику и байесовские методы. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-brainstorming K-Dense-AI Скилл структурирует научный мозговой штурм: от независимой генерации идей до состязательного ревью и журнала решений. Помогает отобрать направления исследований без преждевременных выводов. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок literature-review K-Dense-AI Скилл ищет и систематизирует научные публикации, проверяет цитаты и помогает собрать обзор в Markdown или PDF. Подходит для воспроизводимого поиска и скрининга. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-critical-thinking K-Dense-AI Скилл для оценки научных утверждений, методологии исследований и качества доказательств. Применяет фреймворки GRADE и Cochrane Risk of Bias. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-schematics K-Dense-AI Создаёт черновики научных схем в PNG и проверяет их качество через отдельную модель. Пригодится для архитектур нейросетей, блок-схем и биологических путей. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 200установок scikit-learn K-Dense-AI Скилл для задач машинного обучения на Python: классификация, регрессия, кластеризация, препроцессинг и сборка ML-пайплайнов с библиотекой scikit-learn 1.9.1. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 200установок

Похожие

firecrawl-research-papers firecrawl Скилл для поиска и анализа научных публикаций через Firecrawl Research. Помогает собирать обзоры литературы по базам PubMed, bioRxiv, medRxiv и arXiv. Claude Code CX Codex Cursor +1 33 800установок manimce-best-practices adithya-s-k Скилл ведёт агента по Manim Community Edition: сцены, MathTex, 3D, камера. Пригодится, когда в проекте уже стоит from manim import *. Claude Code CX Codex Cursor +1 3 900установок anysearch anysearch-ai Скилл подключает поиск в интернете, тематические запросы, параллельный поиск и извлечение содержимого страниц. Пригодится, когда агенту нужны свежие сведения или нужно проверить утверждение. Claude Code CX Codex Cursor +1 38 500установок academic-paper Imbad0202 Скилл разворачивает конвейер из 12 агентов для подготовки научных статей в 11 режимах. Помогает пройти путь от поиска литературы и плана до проверки цитат и ответа рецензентам. Claude Code CX Codex Cursor +1 10 800установок nature-figure Yuan1z0825 Скилл собирает, правит и проверяет рисунки для научных статей на Python или R. Пригодится, когда графики идут в submission, а не в отчёт. Claude Code CX Codex Cursor +1 18 700установок academic-paper-reviewer Imbad0202 Скилл имитирует коллегиальную проверку научной статьи через пять ролей. Пригодится для рецензии, повторной проверки правок и оценки методологии. Claude Code CX Codex Cursor +1 9 800установок nature-polishing Yuan1z0825 Скилл для правки, перевода и сокращения готового академического текста. Держит факты, термины и границы доказательств на месте. Claude Code CX Codex Cursor +1 17 400установок nature-citation Yuan1z skill, refactored into static/dynamic layers Ищет статьи из Nature и семейства CNS для подтверждения тезисов рукописи, связывает утверждения с источниками и готовит экспорт для менеджера ссылок. Пригодится, когда нужны ссылки именно из этих журналов. Claude Code CX Codex Cursor +1 15 600установок

Вопросы о deepspot-m

Как установить deepspot-m в Claude Code?

Выполните npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill deepspot-m -a claude-code. Скилл окажется по пути ~/.claude/skills/deepspot-m/SKILL.md.

Что делает deepspot-m?

Считает виртуальную пространственную транскриптомику: по тайлу гистологии выдаёт предсказанную экспрессию в log1p-CPM для генов из панели на ~19k символов.

Можно ли работать без GPU?

Да, CPU поддерживается, CUDA опциональна. Закрытые веса всё равно нужны, и после одобрения заявки машину надо авторизовать через hf auth login.

Смотрите также

Спонсоры проекта

Компании, которые помогают держать аналитику открытой
Золотой спонсор AI-аналитика спроса на iGaming — индекс, тренды, конкуренты
Nutra.Club Закрытое сообщество Nutra-вертикали от команды M1

Показы, клики и копирования кода — открытая статистика. Мы держим цифры публичными по той же логике, что и сам NeBlask. Стать спонсором