К основному содержанию
affpapa.org
RU EN
скилл Claude Code CX Codex Cursor GitHub Copilot

biopython — скилл для Claude Code: что делает и как установить

Скилл помогает автоматизировать задачи биоинформатики: разбирать файлы FASTA и PDB, выравнивать последовательности и запрашивать данные через NCBI Entrez.

Установить в Claude Code · Через Skills CLI (Vercel) Все способы и платформы ↓ 
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill biopython -a claude-code
Открыть на GitHub

Что делает biopython

Этот скилл даёт агенту инструкции и примеры для вычислительной молекулярной биологии на базе библиотеки Biopython 1.88. Он охватывает работу с последовательностями в Bio.Seq и Bio.SeqIO, парное и множественное выравнивание через Bio.Align, работу со структурами в Bio.PDB и манипуляции с филогенетическими деревьями в Bio.Phylo.

Для базовой работы нужны Python 3.10+, NumPy и пакет biopython==1.88. Запросы к базе NCBI Entrez требуют указания почты через переменную NCBI_EMAIL, а ключ NCBI_API_KEY поднимает лимит запросов с 3 до 10 в секунду. Без установленных в системе отдельных утилит вроде MUSCLE 5, Clustal Omega или DSSP запуск локального выравнивания и расчёта вторичной структуры завершится ошибкой.

Какие задачи решает

  • конвертировать записи GenBank в файлы формата FASTA
  • построить парное глобальное выравнивание последовательностей
  • выгрузить публикации и аннотации через API NCBI Entrez
  • разобрать и отфильтровать выдачу поиска BLAST

Примеры запросов агенту

  • Напиши скрипт на Biopython для чтения sequences.fasta и вывода длины каждой записи
  • Сделай глобальное выравнивание двух нуклеотидных последовательностей через Bio.Align
  • Найди через Bio.Entrez десять свежих статей в PubMed по заданному запросу

Как установить biopython

1Через Skills CLI (Vercel)

npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill biopython -a claude-code

2Вручную: положить файлы

~/.claude/skills/biopython/SKILL.md

Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/biopython/

Из того же набора120

Весь набор →
scientific-visualization K-Dense-AI Помогает создавать и проверять научные графики для публикаций в Matplotlib, Seaborn и Plotly с соблюдением требований к данным и контрасту. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 400установок scientific-writing K-Dense-AI Скилл помогает писать и проверять научные рукописи и отчёты, связывая утверждения с проверенными источниками. Пригодится перед аудитом, подготовкой разделов и подачей статьи. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 400установок statistical-analysis K-Dense-AI Проводит статистические тесты с проверкой предпосылок, расчётом размера эффекта и отчётом в формате APA. Покрывает t-тесты, ANOVA, корреляцию, регрессию, непараметрику и байесовские методы. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-brainstorming K-Dense-AI Скилл структурирует научный мозговой штурм: от независимой генерации идей до состязательного ревью и журнала решений. Помогает отобрать направления исследований без преждевременных выводов. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок literature-review K-Dense-AI Скилл ищет и систематизирует научные публикации, проверяет цитаты и помогает собрать обзор в Markdown или PDF. Подходит для воспроизводимого поиска и скрининга. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-critical-thinking K-Dense-AI Скилл для оценки научных утверждений, методологии исследований и качества доказательств. Применяет фреймворки GRADE и Cochrane Risk of Bias. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-schematics K-Dense-AI Создаёт черновики научных схем в PNG и проверяет их качество через отдельную модель. Пригодится для архитектур нейросетей, блок-схем и биологических путей. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 200установок scikit-learn K-Dense-AI Скилл для задач машинного обучения на Python: классификация, регрессия, кластеризация, препроцессинг и сборка ML-пайплайнов с библиотекой scikit-learn 1.9.1. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 200установок

Похожие

sr-screener Imbad0202 Скилл организует отбор научных публикаций по протоколу для систематических обзоров. Проводит независимый двойной скрининг названий, аннотаций и текстов. Claude Code CX Codex Cursor +1 449установок typst-author jihe520 Скилл помогает писать, править и форматировать документы Typst. Он направляет агента сверять синтаксис со справочниками и запускать проверки разметки. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 800установок anysearch anysearch-ai Скилл подключает поиск в интернете, тематические запросы, параллельный поиск и извлечение содержимого страниц. Пригодится, когда агенту нужны свежие сведения или нужно проверить утверждение. Claude Code CX Codex Cursor +1 38 500установок academic-paper Imbad0202 Скилл разворачивает конвейер из 12 агентов для подготовки научных статей в 11 режимах. Помогает пройти путь от поиска литературы и плана до проверки цитат и ответа рецензентам. Claude Code CX Codex Cursor +1 10 800установок nature-figure Yuan1z0825 Скилл собирает, правит и проверяет рисунки для научных статей на Python или R. Пригодится, когда графики идут в submission, а не в отчёт. Claude Code CX Codex Cursor +1 18 700установок academic-paper-reviewer Imbad0202 Скилл имитирует коллегиальную проверку научной статьи через пять ролей. Пригодится для рецензии, повторной проверки правок и оценки методологии. Claude Code CX Codex Cursor +1 9 800установок nature-polishing Yuan1z0825 Скилл для правки, перевода и сокращения готового академического текста. Держит факты, термины и границы доказательств на месте. Claude Code CX Codex Cursor +1 17 400установок nature-citation Yuan1z skill, refactored into static/dynamic layers Ищет статьи из Nature и семейства CNS для подтверждения тезисов рукописи, связывает утверждения с источниками и готовит экспорт для менеджера ссылок. Пригодится, когда нужны ссылки именно из этих журналов. Claude Code CX Codex Cursor +1 15 600установок

Вопросы о biopython

Как установить biopython в Claude Code?

Выполните команду npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill biopython -a claude-code в терминале.

Что делает скилл biopython?

Он обучает агента типовым сценариям биоинформатики: обработке форматов FASTA, GenBank и PDB, расчёту выравниваний, работе с BLAST и выгрузке данных из NCBI.

Какие системные зависимости нужны для работы?

Понадобятся Python не ниже версии 3.10, NumPy и Biopython 1.88. Для локального BLAST, построения деревьев с MUSCLE 5 или Clustal Omega и работы с DSSP требуются отдельные исполняемые файлы.

Смотрите также

Спонсоры проекта

Компании, которые помогают держать аналитику открытой
Золотой спонсор AI-аналитика спроса на iGaming — индекс, тренды, конкуренты
Nutra.Club Закрытое сообщество Nutra-вертикали от команды M1

Показы, клики и копирования кода — открытая статистика. Мы держим цифры публичными по той же логике, что и сам NeBlask. Стать спонсором