К основному содержанию
affpapa.org
RU EN
скилл Claude Code CX Codex Cursor GitHub Copilot

PrimeKG — скилл для Claude Code: граф болезней и лекарств

Скилл даёт Claude Code локальный доступ к PrimeKG: ищет узлы, тянет соседей и собирает карточку болезни из CSV графа. Пригодится для проверки биологических гипотез.

Установить в Claude Code · Через Skills CLI (Vercel) Все способы и платформы ↓ 
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill primekg -a claude-code
Открыть на GitHub

Что делает primekg

Скилл открывает агенту доступ к PrimeKG: графу связей между генами, лекарствами, болезнями и фенотипами. Внутри Python-хелпер на pandas — три функции: search_nodes, get_neighbors и get_disease_context. Агент сначала находит узел по названию, сверяет тип и источник, потом идёт по конкретному отношению.

Сам граф скилл не скачивает. Нужен файл kg.csv из Dataverse, путь к нему задаёт переменная PRIMEKG_DATA, иначе берётся data/PrimeKG/kg.csv. Требуются Python 3.11+ и pandas, а на каждый запрос модуль читает CSV целиком — закладывайте несколько ГБ RAM. Вот на чём это ломается: на машине с малым объёмом памяти поиск по полному графу придётся заменить индексированным локальным хранилищем.

Имена отношений берутся ровно как в файле: disease_protein, contraindication, disease_phenotype_positive. Общего drug_disease или gwas там нет, а тип узла фенотипа называется effect/phenotype. Публикации, клинические тексты и оценки уверенности хелпер не отдаёт, поэтому найденный путь — повод для гипотезы, не аргумент в статье.

Какие задачи решает

  • найти узел болезни по названию и не перепутать MONDO с MONDO_grouped
  • вытащить соседей гена с сохранением типа отношения
  • отделить показание от противопоказания и записи off-label в карточке препарата
  • собрать связанные гены и фенотипы для одной болезни
  • сверить контрольную сумму скачанного kg.csv перед анализом

Примеры запросов агенту

  • Найди в PrimeKG узел болезни по запросу «Alzheimer», покажи id, тип и источник, сам ничего не выбирай.
  • Собери соседей выбранного узла по отношению `indication` и покажи исходные строки из `edge_rows`.
  • Дай контекст болезни: гены, препараты и фенотипы, а записи о препаратах раздели на показания, противопоказания и off-label.

Как установить primekg

1Через Skills CLI (Vercel)

npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill primekg -a claude-code

2Вручную: положить файлы

~/.claude/skills/primekg/SKILL.md

Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/primekg/

Из того же набора120

Весь набор →
scientific-visualization K-Dense-AI Помогает создавать и проверять научные графики для публикаций в Matplotlib, Seaborn и Plotly с соблюдением требований к данным и контрасту. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 400установок scientific-writing K-Dense-AI Скилл помогает писать и проверять научные рукописи и отчёты, связывая утверждения с проверенными источниками. Пригодится перед аудитом, подготовкой разделов и подачей статьи. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 400установок statistical-analysis K-Dense-AI Проводит статистические тесты с проверкой предпосылок, расчётом размера эффекта и отчётом в формате APA. Покрывает t-тесты, ANOVA, корреляцию, регрессию, непараметрику и байесовские методы. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-brainstorming K-Dense-AI Скилл структурирует научный мозговой штурм: от независимой генерации идей до состязательного ревью и журнала решений. Помогает отобрать направления исследований без преждевременных выводов. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок literature-review K-Dense-AI Скилл ищет и систематизирует научные публикации, проверяет цитаты и помогает собрать обзор в Markdown или PDF. Подходит для воспроизводимого поиска и скрининга. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-critical-thinking K-Dense-AI Скилл для оценки научных утверждений, методологии исследований и качества доказательств. Применяет фреймворки GRADE и Cochrane Risk of Bias. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок scientific-schematics K-Dense-AI Создаёт черновики научных схем в PNG и проверяет их качество через отдельную модель. Пригодится для архитектур нейросетей, блок-схем и биологических путей. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 200установок scikit-learn K-Dense-AI Скилл для задач машинного обучения на Python: классификация, регрессия, кластеризация, препроцессинг и сборка ML-пайплайнов с библиотекой scikit-learn 1.9.1. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 200установок

Похожие

sr-screener Imbad0202 Скилл организует отбор научных публикаций по протоколу для систематических обзоров. Проводит независимый двойной скрининг названий, аннотаций и текстов. Claude Code CX Codex Cursor +1 449установок typst-author jihe520 Скилл помогает писать, править и форматировать документы Typst. Он направляет агента сверять синтаксис со справочниками и запускать проверки разметки. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 800установок mathmodel-figure-templates jihe520 Скилл запускает готовые скрипты на Python и matplotlib для построения научных графиков в песочнице. Помогает собрать диаграммы Тейлора, матрицы корреляций и кривые ROC. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 700установок anysearch anysearch-ai Скилл подключает поиск в интернете, тематические запросы, параллельный поиск и извлечение содержимого страниц. Пригодится, когда агенту нужны свежие сведения или нужно проверить утверждение. Claude Code CX Codex Cursor +1 38 500установок academic-paper Imbad0202 Скилл разворачивает конвейер из 12 агентов для подготовки научных статей в 11 режимах. Помогает пройти путь от поиска литературы и плана до проверки цитат и ответа рецензентам. Claude Code CX Codex Cursor +1 10 800установок nature-figure Yuan1z0825 Скилл собирает, правит и проверяет рисунки для научных статей на Python или R. Пригодится, когда графики идут в submission, а не в отчёт. Claude Code CX Codex Cursor +1 18 700установок academic-paper-reviewer Imbad0202 Скилл имитирует коллегиальную проверку научной статьи через пять ролей. Пригодится для рецензии, повторной проверки правок и оценки методологии. Claude Code CX Codex Cursor +1 9 800установок nature-polishing Yuan1z0825 Скилл для правки, перевода и сокращения готового академического текста. Держит факты, термины и границы доказательств на месте. Claude Code CX Codex Cursor +1 17 400установок

Вопросы о primekg

Как установить PrimeKG в Claude Code?

Выполните npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill primekg -a claude-code. Файл скилла появится по пути ~/.claude/skills/primekg/SKILL.md.

Что делает PrimeKG?

Отвечает на запросы к локальному CSV графа: ищет типизированные узлы, отдаёт прямые связи, контекст болезни и короткие пути между узлами, сохраняя имена отношений и источник данных.

Что нужно, чтобы скилл заработал?

Python 3.11+, pandas и скачанный файл kg.csv. Модуль читает его целиком на каждый запрос, поэтому нужен запас оперативной памяти в несколько ГБ.

Смотрите также

Спонсоры проекта

Компании, которые помогают держать аналитику открытой
Золотой спонсор AI-аналитика спроса на iGaming — индекс, тренды, конкуренты
Nutra.Club Закрытое сообщество Nutra-вертикали от команды M1

Показы, клики и копирования кода — открытая статистика. Мы держим цифры публичными по той же логике, что и сам NeBlask. Стать спонсором