Скиллы, плагины, субагенты, слэш-команды и mcp-серверы для задач: наука и исследования

simpy K-Dense-AI скилл Помогает строить, тестировать и анализировать модели дискретно-событийного моделирования на Python с библиотекой SimPy. Пригодится для расчёта очередей и логистики. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок geomaster K-Dense-AI скилл Помогает вести геопространственные исследования: работать со спутниковыми снимками, векторными и растровыми данными, CRS и пространственной статистикой. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок scikit-bio K-Dense-AI скилл Помогает анализировать биоинформатические данные: последовательности ДНК, РНК и белков, выравнивания и филогенетические деревья. Пригодится в проектах микробиологии и экологии. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок geopandas K-Dense-AI скилл Помогает анализировать векторные геоданные в Python, проверять корректность геометрий и планировать перепроецирование через локальные аудиты. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок research-lookup K-Dense-AI скилл Собирает актуальные научные статьи и ссылки для рукописи или обзора, когда нужно 60+ проверенных источников. Использует параллельный поиск, извлечение данных из PDF и веб-источников, поддерживает глубокий поиск и опциональный Perplexity. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок biopython K-Dense-AI скилл Скилл помогает автоматизировать задачи биоинформатики: разбирать файлы FASTA и PDB, выравнивать последовательности и запрашивать данные через NCBI Entrez. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок torch-geometric K-Dense-AI скилл Помогает работать с графовыми нейросетями в PyTorch Geometric: готовить графы, выбирать слои и решать задачи классификации. Нужен при работе с torch_geometric. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок venue-templates K-Dense-AI скилл Помогает готовить рукописи, тезисы конференций, постеры и гранты с актуальными требованиями площадок и встроенными LaTeX-шаблонами. Проверяет лимиты страниц, правила анонимности и форматирование перед отправкой. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок open-notebook K-Dense-AI скилл Организует исследовательские блокноты с конспектами, поиском и вопросами к документам через локальные или облачные модели. Пригодится при работе с селф-хостед альтернативой NotebookLM. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 900установок sr-screener Imbad0202 скилл Скилл организует отбор научных публикаций по протоколу для систематических обзоров. Проводит независимый двойной скрининг названий, аннотаций и текстов. Claude Code CX Codex Cursor +1 449установок typst-author jihe520 скилл Скилл помогает писать, править и форматировать документы Typst. Он направляет агента сверять синтаксис со справочниками и запускать проверки разметки. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 800установок hugging-science K-Dense-AI скилл Скилл для поиска и оценки научных датасетов, моделей и интерактивных демо через каталог Hugging Science. Пригодится, если нужен ML-ресурс для биологии, химии, геномики, материаловедения, климата или физики. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 800установок ginkgo-cloud-lab K-Dense-AI скилл Помогает выбрать протокол, подготовить входные данные и оформить заказы в облачной лаборатории Ginkgo Bioworks. Пригодится при синтезе РНК и экспрессии белков. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 800установок primekg K-Dense-AI скилл Скилл даёт Claude Code локальный доступ к PrimeKG: ищет узлы, тянет соседей и собирает карточку болезни из CSV графа. Пригодится для проверки биологических гипотез. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 800установок mathmodel-figure-templates jihe520 скилл Скилл запускает готовые скрипты на Python и matplotlib для построения научных графиков в песочнице. Помогает собрать диаграммы Тейлора, матрицы корреляций и кривые ROC. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 700установок exa-search K-Dense-AI скилл Скилл для поиска научных и технических материалов через Exa с извлечением текста из страниц и PDF-файлов. Работает с предварительной фильтрацией по категории публикаций и академическим доменам. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 700установок autoskill K-Dense-AI скилл Анализирует историю работы из Screenpipe, находит повторяющиеся сценарии и готовит черновики новых скиллов. Запускается только по прямому запросу пользователя. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 700установок paper-spine WUBING2023 скилл Скилл для подготовки научных статей с опорой на источники, веб-интерфейсом настроек и проверкой цитирования прямо в одной задаче. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 200установок tavily-research tavily-ai скилл Запускает глубокий поиск через Tavily CLI и собирает отчёт со ссылками на веб-источники. Помогает, когда простого поиска по одному сайту мало. Claude Code CX Codex Cursor +1 21 900установок nextflow K-Dense-AI скилл Помогает писать, запускать и отлаживать пайплайны Nextflow DSL2 и воркфлоу nf-core. Пригодится при настройке вычислений на SLURM или в облаке. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 400установок pathway-enrichment K-Dense-AI скилл Запускает pathway- и gene-set-анализ списка генов или ранжированных данных, находит обогащённые GO-термины, KEGG, Reactome, MSigDB. Нужен после дифференциальной экспрессии, CRISPR-скрининга или кластеризации. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 400установок bulk-rnaseq K-Dense-AI скилл Готовит прочтения bulk RNA-seq и выравнивание в матрицу отсчётов для дифференциальной экспрессии в PyDESeq2. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 400установок pacsomatic K-Dense-AI скилл Готовит и запускает прогон nf-core/pacsomatic по схеме «опухоль — норма» на данных PacBio HiFi: собирает samplesheet, артефакты запуска и отправляет драйвер Nextflow в планировщик. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 400установок statistical-power K-Dense-AI скилл Вычисляет, сколько объектов наблюдения нужно для исследования, чтобы обнаружить значимый эффект. Помогает при подготовке протокола, гранта или pre-registration — от простых t-тестов до сложных регрессий и смешанных моделей. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 300установок huggingface-papers huggingface скилл Разбирает статьи Hugging Face Papers и arXiv: вытаскивает ID, читает страницу в markdown и достаёт авторов, модели и датасеты через papers API. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 200установок deep-research ruvnet скилл Многоэтапное исследование тем с веб-поиском, проверкой кодовой базы и сохранением выводов в память агента. Помогает разобраться в сложной задаче перед написанием кода. Claude Code CX Codex Cursor +1 893установок arbor K-Dense-AI скилл Скилл организует автономный цикл оптимизации кода, моделей и промптов через дерево гипотез. Пригодится для длинных серий экспериментов, когда ручной учёт правок заходит в тупик. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 200установок onekgpd K-Dense-AI скилл Инструмент обращается к выборке 1000 Genomes Project на уровне отдельных участников. Помогает находить носителей редких мутаций и сопоставлять родственные связи. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 100установок tamarind K-Dense-AI скилл Запускает инструменты структурной биологии и молекулярного дизайна через REST API или MCP-сервер Tamarind Bio. Пригодится для облачных задач без локальных GPU. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 100установок ml-paper-writing Orchestra Research скилл Помогает подготовить статью по машинному обучению и ИИ из исследовательского репозитория, проверить ссылки и собрать финальную версию для конференции. Claude Code CX Codex Cursor +1 2 300установок research-synthesize ruvnet скилл Сводит накопленные в памяти ruflo находки в один отчёт: оценка доказательств, разбор противоречий, список следующих шагов. Пригодится после серии прогонов deep-research. Claude Code CX Codex Cursor +1 751установок mermaid-to-proverif trailofbits скилл Читает Mermaid-диаграмму криптографического протокола и собирает из неё модель ProVerif — файл .pv, готовый для проверки секретности и аутентификации. Claude Code CX Codex Cursor +1 3 900установок huggingface-paper-publisher huggingface скилл Ведёт статью по Hugging Face Hub: индексирует её по arXiv ID, привязывает к карточкам моделей и датасетов, помогает подтвердить авторство и собрать черновик. Claude Code CX Codex Cursor +1 1 700установок genomic-coordinates K-Dense-AI скилл Конвертирует геномные координаты между BED, VCF, GTF и другими форматами, а также выравнивает инделы. Помогает избежать ошибок сдвига на единицу и несовпадения сборок генома. Claude Code CX Codex Cursor +1 939установок ontology-term-resolution K-Dense-AI скилл Находит идентификаторы онтологий по научным названиям и проверяет CURIE через EBI OLS4. Пригодится при разметке метаданных для репозиториев вроде GEO, BioSamples и CELLxGENE. Claude Code CX Codex Cursor +1 937установок pkpd-modeling K-Dense-AI скилл Считает NCA, компартментные модели и метрики экспозиции по данным концентрация-время, а в отчёте фиксирует, на каких допущениях держатся цифры. Claude Code CX Codex Cursor +1 924установок firecrawl-research-papers firecrawl скилл Скилл для поиска и анализа научных публикаций через Firecrawl Research. Помогает собирать обзоры литературы по базам PubMed, bioRxiv, medRxiv и arXiv. Claude Code CX Codex Cursor +1 33 800установок deepspot-m K-Dense-AI скилл Модель предсказывает экспрессию генов по тайлу H&E 224x224: на выходе значения log1p-CPM по выбранным символам. Пригодится, если нужна виртуальная пространственная транскриптомика по срезу. Claude Code CX Codex Cursor +1 866установок relsa-severity-assessment K-Dense-AI скилл Скилл рассчитывает многомерный индекс RELSA и строит прогнозы тяжести по модели ARIMA для лабораторных животных. Подходит для отчётов по директиве 2010/63/EU и концепции 3Rs. Claude Code CX Codex Cursor +1 863установок manimce-best-practices adithya-s-k скилл Скилл ведёт агента по Manim Community Edition: сцены, MathTex, 3D, камера. Пригодится, когда в проекте уже стоит from manim import *. Claude Code CX Codex Cursor +1 3 900установок