locus-to-gene-mapper-skill — скилл для Codex: назначение и запуск
Сопоставляет локусы GWAS с генами-кандидатами через цепочку биоинформатических баз данных. Помогает приоритизировать гены по названию фенотипа или списку генетических вариантов.
npx skills add openai/plugins --skill locus-to-gene-mapper-skill -a codexЧто делает locus-to-gene-mapper-skill
Скилл принимает на вход название признака, идентификатор EFO или список rsID для ранжирования генов-кандидатов. В ходе работы он последовательно запрашивает EFO, GWAS Catalog, Open Targets, GTEx, Genebass, ClinVar, gnomAD и Human Protein Atlas. Инструмент сохраняет отчёты на диск. Готовые результаты записываются в locus_to_gene_mapping.json и locus_to_gene_summary.md.
За вычисления отвечает встроенный скрипт scripts/map_locus_to_gene.py. Для его работы требуется окружение Python 3.11+ с установленной библиотекой requests. Для построения графиков понадобятся pandas, matplotlib и seaborn. Без Python 3.11 и библиотеки requests запустить анализ не удастся.
Какие задачи решает
- ранжировать гены-кандидаты по локусам GWAS
- собрать доказательную базу из Open Targets, GTEx и gnomAD
- нормализовать координаты rsID через сборки GRCh37 и GRCh38
- получить структурированный JSON с аннотациями вариантов
Примеры запросов агенту
- Запусти сопоставление локусов и генов для признака
type 2 diabetes - Построй приоритизацию генов для EFO-идентификатора
EFO_0000341 - Ранжируй гены-кандидаты для вариантов
rs1873625иrs7903146
Как установить locus-to-gene-mapper-skill
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill locus-to-gene-mapper-skill -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/locus-to-gene-mapper-skill/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill locus-to-gene-mapper-skill -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/locus-to-gene-mapper-skill/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/locus-to-gene-mapper-skill/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/locus-to-gene-mapper-skill/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install openai/plugins locus-to-gene-mapper-skill2Вручную: положить файлы
.github/skills/locus-to-gene-mapper-skill/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/locus-to-gene-mapper-skillВручную: положить файлы
.devin/skills/locus-to-gene-mapper-skill/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
По шагам, с командами для каждой платформы: Скиллы Codex: как установить, где лежат и как вызвать
Вопросы о locus-to-gene-mapper-skill
Как установить locus-to-gene-mapper-skill в Codex?
Выполните команду npx skills add openai/plugins --skill locus-to-gene-mapper-skill -a codex.
Что делает locus-to-gene-mapper-skill?
Инструмент сопоставляет сигналы GWAS с генами-кандидатами, собирая функциональные аннотации из внешних баз данных.
Какие библиотеки нужны для построения графиков?
Для создания визуализаций в Python потребуются установленные пакеты pandas, matplotlib и seaborn.
