tpmi-phewas-skill — скилл для Codex: что делает и установка
Скилл получает краткую TPMI PheWAS-сводку для одного варианта. Пригодится, когда вариант задан как rsID или координаты GRCh37/GRCh38.
npx skills add openai/plugins --skill tpmi-phewas-skill -a codexЧто делает tpmi-phewas-skill
Скилл принимает один вариант в формате rsid, grch37, grch38 или variant, приводит его к каноническому запросу GRCh38 и получает сводку ассоциаций TPMI PheWAS. В ответе доступны нормализованный вариант, число ассоциаций, признак усечения результата и ссылка на вариант.
Запрос выполняет scripts/tpmi_phewas.py, который читает JSON из stdin или одну строку с вариантом. По умолчанию используется max_results=10; значение можно увеличить постепенно. Для полного набора ассоциаций задайте save_raw=true и используйте путь из raw_output_path вместо вывода большого массива в чат.
Скилл рассчитан ровно на один вариант за запрос, поэтому это повод проверить входные данные до запуска. Для запуска нужны файл scripts/tpmi_phewas.py и доступ к TPMI.
Какие задачи решает
- получить PheWAS-ассоциации для одного варианта
- преобразовать координаты GRCh37 в запрос GRCh38
- принять вариант в формате rsID или
chr:pos-ref-alt - ограничить размер выдачи через
max_results - сохранить полный JSON-ответ в файл
Примеры запросов агенту
- Проверь TPMI PheWAS для `rs9273363` и дай краткую сводку.
- Найди ассоциации для `{"grch37":"6:162447146-T-C","max_results":10}`.
- Получи данные для `{"variant":"6:160540105:T:C","max_results":25,"save_raw":true}` и укажи `raw_output_path`.
Как установить tpmi-phewas-skill
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill tpmi-phewas-skill -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/tpmi-phewas-skill/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill tpmi-phewas-skill -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/tpmi-phewas-skill/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/tpmi-phewas-skill/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/tpmi-phewas-skill/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install openai/plugins tpmi-phewas-skill2Вручную: положить файлы
.github/skills/tpmi-phewas-skill/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/tpmi-phewas-skillВручную: положить файлы
.devin/skills/tpmi-phewas-skill/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
Из того же набора201
Весь набор →Похожие
Вопросы о tpmi-phewas-skill
Как установить `tpmi-phewas-skill` в Codex?
Выполните npx skills add openai/plugins --skill tpmi-phewas-skill. Скилл будет доступен в .agents/skills/tpmi-phewas-skill/SKILL.md.
Что делает `tpmi-phewas-skill`?
Он принимает один вариант в нескольких форматах, переводит его в канонический запрос GRCh38 и возвращает краткую TPMI PheWAS-сводку с числом ассоциаций и признаком усечения.
Какие форматы варианта поддерживает скилл?
Можно передать ровно одно из значений rsid, grch37, grch38 или variant. Дополнительно доступны max_results, save_raw, raw_output_path и timeout_sec.
