MaBoSS Boolean Network Simulator — MCP-сервер для Claude Code
Запускает стохастическое моделирование булевых сетей и анализ аттракторов прямо через ассистента. Пригодится биологам при проверке клеточных моделей без ручной сборки симулятора.
claude mcp add maboss -- uvx mcp-biomodelling-serversЧто делает MaBoSS Boolean Network Simulator
Сервер настраивает и симулирует стохастические булевы модели в системной биологии с помощью библиотеки pyMaBoSS. Обмен сообщениями идёт по протоколу MCP через стандартный ввод-вывод. Внешний бинарник MaBoSS не требуется.
Внутри пакета mcp-biomodelling-servers за запуск отвечает скрипт mcp-maboss-server. Для расчётов используется скомпилированный C++ движок cmaboss, упакованный сразу в готовые дистрибутивы. Колёса собраны под Linux, macOS и Windows.
Для работы нужен Python от 3.10 до 3.15. Если в окружении включён строгий запрет pre-release пакетов, установка завершится ошибкой: движок cmaboss пока публикуется только в виде сборок 1.0.0b*. Первый запуск через uvx скачивает около 1 GB зависимостей.
Какие задачи решает
- смоделировать динамику стохастической булевой сети
- провести анализ аттракторов для клеточных процессов
- оценить вероятности конечных фенотипов без ручного вызова CLI
Примеры запросов агенту
- Запусти стохастическую симуляцию булевой модели из файла
model.bndи покажи вероятности состояний. - Выполни анализ аттракторов для этой сигнальной сети и найди стабильные фенотипы.
Как установить MaBoSS Boolean Network Simulator
Командой платформы
claude mcp add maboss -- uvx mcp-biomodelling-serversuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
Командой платформы
codex mcp add maboss -- uvx mcp-biomodelling-serversuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
Файл настроек
{
"mcpServers": {
"maboss": {
"command": "uvx",
"args": [
"mcp-biomodelling-servers"
]
}
}
}uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
Файл настроек
{
"servers": {
"maboss": {
"type": "stdio",
"command": "uvx",
"args": [
"mcp-biomodelling-servers"
]
}
}
}uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
Командой платформы
gemini mcp add maboss uvx mcp-biomodelling-serversuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о MaBoSS Boolean Network Simulator
Как установить MaBoSS Boolean Network Simulator в Claude Code?
Выполните в терминале команду claude mcp add maboss -- uvx mcp-biomodelling-servers.
Что делает MaBoSS Boolean Network Simulator?
Он связывает языковую модель с движком pyMaBoSS для стохастического расчёта биологических сетей и поиска аттракторов.
Нужно ли компилировать бинарный файл MaBoSS вручную?
Нет. Сервер использует предварительно скомпилированный модуль cmaboss, который загружается вместе с зависимостями пакета.
