BioMASS ODE Model Builder — MCP-сервер для Claude Code
MCP-сервер помогает собирать, просматривать, визуализировать и запускать ODE-модели на основе источников. Пригодится для задач системной биологии.
claude mcp add biomass -- uvx mcp-biomodelling-serversЧто делает BioMASS ODE Model Builder
BioMASS ODE Model Builder подключает к агенту инструменты для создания ODE-моделей, их визуального просмотра и симуляции. Модели должны опираться на подтверждающие источники. Сервер работает через MCP по stdio и входит в пакет mcp-biomodelling-servers.
Для установки через uvx нужен Python 3.10–3.15, а зависимости моделирования ставятся автоматически. Графы BioMASS отображаются через PyGraphviz: отдельная установка Graphviz не нужна. При запуске плагина требуется установленный uv; среда пакета скачивается при первом старте.
Сервер запускается командой mcp-biomass-server, а подключение через Claude Code добавляет его в сессию целиком. Резолвер, который запрещает все pre-release-пакеты, не установит зависимость cmaboss, входящую в общий пакет.
Какие задачи решает
- собрать ODE-модель по биологическим данным
- проверить структуру модели перед расчётом
- визуализировать связи и компоненты модели
- запустить симуляцию ODE-модели
- сопоставить модель с подтверждающими источниками
Примеры запросов агенту
- Собери ODE-модель клеточного процесса по данным из проекта и подготовь её к симуляции.
- Покажи граф модели BioMASS и объясни связи между её компонентами.
- Запусти симуляцию модели, затем сравни полученные траектории с исходными данными.
Как установить BioMASS ODE Model Builder
Командой платформы
claude mcp add biomass -- uvx mcp-biomodelling-serversuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
Командой платформы
codex mcp add biomass -- uvx mcp-biomodelling-serversuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
Файл настроек
{
"mcpServers": {
"biomass": {
"command": "uvx",
"args": [
"mcp-biomodelling-servers"
]
}
}
}uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
Файл настроек
{
"servers": {
"biomass": {
"type": "stdio",
"command": "uvx",
"args": [
"mcp-biomodelling-servers"
]
}
}
}uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
Командой платформы
gemini mcp add biomass uvx mcp-biomodelling-serversuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о BioMASS ODE Model Builder
Как установить BioMASS ODE Model Builder в Claude Code?
Выполните claude mcp add biomass -- uvx mcp-biomodelling-servers.
Что делает BioMASS ODE Model Builder?
Сервер помогает агенту создавать, визуализировать и симулировать ODE-модели, опирающиеся на источники. Он подключается к клиенту через MCP по stdio.
Что нужно для работы BioMASS ODE Model Builder?
Нужен Python 3.10–3.15. Для запуска как плагина также требуется uv; зависимости моделирования устанавливаются автоматически.
