NeKo Biological Network Builder — MCP-сервер для Claude Code
Собирает и разбирает сети сигнальных путей по данным баз взаимодействий. Нужен, когда модель надо строить не с нуля, а из известных связей.
claude mcp add neko -- uvx mcp-biomodelling-serversЧто делает NeKo Biological Network Builder
NeKo — один из четырёх серверов пакета mcp-biomodelling-servers. Он берёт взаимодействия из баз и складывает из них сеть сигнальных путей, а потом помогает её разбирать. Остальные три сервера в пакете — MaBoSS, BioMASS и PhysiCell, у каждого своя задача.
Ставится пакет целиком: python -m pip install mcp-biomodelling-servers. Вместе с ним приезжают зависимости моделирования, включая nekomata от 1.10.2 и ниже 2.0, и PyGraphviz. Графы NeKo рисуются через PyGraphviz, чьи колёса несут Graphviz внутри, поэтому отдельный dot в системе не нужен. Нужен Python 3.10–3.15. Есть и изолированный запуск: uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-neko-server.
Сервер общается по stdio. В терминале он просто ждёт клиента на стандартном входе. Если резолвер пакетов настроен отвергать все предрелизы, установка сорвётся: движок cmaboss живёт только в сборках 1.0.0b*.
Какие задачи решает
- собрать сеть сигнальных путей из записей баз взаимодействий
- разобрать готовую сеть на узлы и связи
- подключить биологическое моделирование к агенту в редакторе
- запустить NeKo в изолированном окружении без правки конфигов
- нарисовать схему истории сети
Примеры запросов агенту
- Собери сеть сигнальных путей по взаимодействиям из базы и покажи, какие узлы в неё вошли
- Разбери эту сеть: какие связи ведут к узлу-хабу
- Запусти NeKo через
uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-neko-serverи построй схему истории сети
Как установить NeKo Biological Network Builder
Командой платформы
claude mcp add neko -- uvx mcp-biomodelling-serversuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
Командой платформы
codex mcp add neko -- uvx mcp-biomodelling-serversuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
Файл настроек
{
"mcpServers": {
"neko": {
"command": "uvx",
"args": [
"mcp-biomodelling-servers"
]
}
}
}uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
Файл настроек
{
"servers": {
"neko": {
"type": "stdio",
"command": "uvx",
"args": [
"mcp-biomodelling-servers"
]
}
}
}uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
Командой платформы
gemini mcp add neko uvx mcp-biomodelling-serversuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о NeKo Biological Network Builder
Как установить NeKo Biological Network Builder в Claude Code?
Сначала добавьте маркетплейс: claude plugin marketplace add marcorusc/mcp-biomodelling-servers. Затем поставьте плагин: claude plugin install neko@marcorusc. Для объявления в .claude/settings.json проекта добавьте к первой команде --scope project.
Что делает NeKo Biological Network Builder?
Строит сети сигнальных путей по взаимодействиям из баз и помогает их анализировать. Работает как MCP-сервер по stdio.
Что нужно, чтобы NeKo заработал?
Python 3.10–3.15; MCP Python SDK 2.x и зависимости моделирования ставятся вместе с пакетом. Отдельный исполняемый файл Graphviz не требуется — PyGraphviz несёт Graphviz в колёсах.
