pubchem-mcp-server — MCP-сервер для Claude Code: химия PubChem
Доступ к базе PubChem из агента: поиск соединений, свойства, безопасность, биоактивность и 3D-структуры без ручных запросов в браузере.
claude mcp add --transport http pubchem-mcp-server https://pubchem.caseyjhand.com/mcpЧто делает pubchem-mcp-server
Сервер оборачивает PubChem в набор инструментов для MCP. Поиск идёт по имени, SMILES, InChI, InChIKey, формуле, подструктуре, надструктуре или 2D-сходству (pubchem_search_compounds), а по CID агент достаёт физико-химические свойства и классификацию, PNG-схему структуры, координаты 3D-конформера в JSON или SDF, внешние ссылки (PubMed, патенты, гены, номера CAS и EC), данные GHS и профиль биоактивности с целями и значениями активности. Отдельный инструмент ищет биоанализы по биологической цели, ещё один отдаёт сводки по анализам, генам, белкам и таксономии.
Внутри 10 инструментов и 6 ресурсов. Часть данных доступна как URI-ресурсы (pubchem://compound/{cid}/safety и подобные), но многие клиенты ресурсы не показывают вообще — тогда придётся работать только через инструменты. Лимиты заметные: до 200 CID на страницу в поиске, до 100 CID в деталях, описания и классификация покрывают первые 10 CID, а сдвиг выдачи по формуле и структуре упирается в 10 000.
Запускать можно удалённо по адресу https://pubchem.caseyjhand.com/mcp или локально через npx -y @cyanheads/pubchem-mcp-server. Для локального способа понадобится Node.js, а переменные вида MCP_TRANSPORT_TYPE и MCP_HTTP_PORT в команде установки — заполнители, их значения надо подставить самому. Без них конфиг останется с литеральными <...> и сервер не поднимется.
Какие задачи решает
- найти соединение по SMILES или InChIKey без похода в веб-интерфейс
- вытащить набор CID по молекулярной формуле в нотации Хилла
- проверить GHS-классификацию опасности сразу для пачки соединений
- получить координаты 3D-конформера и связи между атомами
- подобрать биоанализы по гену или UniProt-акцессии
Примеры запросов агенту
- Найди соединения по формуле C9H8O4 и покажи их CID
- Достань GHS-данные и синонимы для CID 2244
- Какие биоанализы PubChem связаны с геном EGFR?
Как установить pubchem-mcp-server
1Командой платформы: удалённый сервер
claude mcp add --transport http pubchem-mcp-server https://pubchem.caseyjhand.com/mcp2Командой платформы
claude mcp add --env MCP_LOG_LEVEL=<MCP_LOG_LEVEL> --env MCP_TRANSPORT_TYPE=<MCP_TRANSPORT_TYPE> --env MCP_SESSION_MODE=<MCP_SESSION_MODE> --env MCP_HTTP_HOST=<MCP_HTTP_HOST> --env MCP_HTTP_PORT=<MCP_HTTP_PORT> --transport stdio pubchem-mcp-server -- npx -y @cyanheads/pubchem-mcp-serverВместо <…> подставьте свои значения. Ещё 2 переменные окружения — в README сервера
1Командой платформы: удалённый сервер
codex mcp add pubchem-mcp-server --url https://pubchem.caseyjhand.com/mcp2Командой платформы
codex mcp add pubchem-mcp-server --env MCP_LOG_LEVEL=<MCP_LOG_LEVEL> --env MCP_TRANSPORT_TYPE=<MCP_TRANSPORT_TYPE> --env MCP_SESSION_MODE=<MCP_SESSION_MODE> --env MCP_HTTP_HOST=<MCP_HTTP_HOST> --env MCP_HTTP_PORT=<MCP_HTTP_PORT> -- npx -y @cyanheads/pubchem-mcp-serverВместо <…> подставьте свои значения. Ещё 2 переменные окружения — в README сервера
Файл настроек
{
"mcpServers": {
"pubchem-mcp-server": {
"url": "https://pubchem.caseyjhand.com/mcp"
}
}
}{
"mcpServers": {
"pubchem-mcp-server": {
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"@cyanheads/pubchem-mcp-server"
],
"env": {
"MCP_LOG_LEVEL": "<MCP_LOG_LEVEL>",
"MCP_TRANSPORT_TYPE": "<MCP_TRANSPORT_TYPE>",
"MCP_SESSION_MODE": "<MCP_SESSION_MODE>",
"MCP_HTTP_HOST": "<MCP_HTTP_HOST>",
"MCP_HTTP_PORT": "<MCP_HTTP_PORT>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 2 переменные окружения — в README сервера
Файл настроек
{
"servers": {
"pubchem-mcp-server": {
"type": "http",
"url": "https://pubchem.caseyjhand.com/mcp"
}
}
}{
"servers": {
"pubchem-mcp-server": {
"type": "stdio",
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"@cyanheads/pubchem-mcp-server"
],
"env": {
"MCP_LOG_LEVEL": "<MCP_LOG_LEVEL>",
"MCP_TRANSPORT_TYPE": "<MCP_TRANSPORT_TYPE>",
"MCP_SESSION_MODE": "<MCP_SESSION_MODE>",
"MCP_HTTP_HOST": "<MCP_HTTP_HOST>",
"MCP_HTTP_PORT": "<MCP_HTTP_PORT>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 2 переменные окружения — в README сервера
1Командой платформы: удалённый сервер
gemini mcp add -t http pubchem-mcp-server https://pubchem.caseyjhand.com/mcp2Командой платформы
gemini mcp add -e MCP_LOG_LEVEL=<MCP_LOG_LEVEL> -e MCP_TRANSPORT_TYPE=<MCP_TRANSPORT_TYPE> -e MCP_SESSION_MODE=<MCP_SESSION_MODE> -e MCP_HTTP_HOST=<MCP_HTTP_HOST> -e MCP_HTTP_PORT=<MCP_HTTP_PORT> pubchem-mcp-server npx -y @cyanheads/pubchem-mcp-serverВместо <…> подставьте свои значения. Ещё 2 переменные окружения — в README сервера
По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о pubchem-mcp-server
Как установить pubchem-mcp-server в Claude Code?
Удалённый вариант: claude mcp add --transport http pubchem-mcp-server https://pubchem.caseyjhand.com/mcp. Локальный: `claude mcp add --env MCP_LOG_LEVEL=<MCP_LOG_LEVEL> --env MCP_TRANSPORT_TYPE=<MCP_TRANSPORT_TYPE> --env MCP_SESSION_MODE=<MCP_SESSION_MODE> --env MCP_HTTP_HOST=<MCP_HTTP_HOST> --env MCP_HTTP_PORT=<MCP_HTTP_PORT> --transport stdio pubchem-mcp-server -- npx -y @cyanheads/pubchem-mcp-server`.
Что делает pubchem-mcp-server?
Даёт агенту инструменты для поиска в PubChem: соединения по имени, структуре или формуле, свойства и изображения по CID, данные безопасности, биоактивность, внешние кросс-ссылки и 3D-структуры.
Почему поиск по формуле или структуре обрывается на глубине?
Сдвиг выдачи у этих стратегий ограничен 10 000; при большем значении offset запрос падает с ошибкой offset_ceiling_exceeded. У поиска по идентификаторам и анализам такого потолка нет.
