PhysiCell Configuration Builder — MCP-сервер для Claude Code
MCP-сервер создаёт, проверяет и экспортирует конфигурации PhysiCell и PhysiBoSS. Подключайте его, когда агенту нужно работать с файлами моделей.
claude mcp add physicell -- uvx mcp-biomodelling-serversЧто делает PhysiCell Configuration Builder
PhysiCell Configuration Builder работает как MCP-сервер через stdio. Он помогает агенту создавать конфигурационные файлы для PhysiCell и PhysiBoSS, проверять их содержимое и экспортировать готовые настройки.
Сервер входит в пакет mcp-biomodelling-servers, который устанавливает зависимости моделирования через pip или uvx. Для работы нужен Python 3.10–3.15; MCP Python SDK 2.x устанавливается вместе с пакетом.
Для запуска через uvx нужен установленный uv. Сервер доступен в Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed и Gemini CLI.
Какие задачи решает
- собрать конфигурацию PhysiCell
- проверить настройки модели PhysiBoSS
- экспортировать файл конфигурации
- подготовить параметры модели для дальнейшей работы
Примеры запросов агенту
- Собери конфигурацию PhysiCell для этой модели.
- Проверь настройки PhysiBoSS и найди ошибки в конфигурации.
- Экспортируй готовый файл конфигурации PhysiCell.
Как установить PhysiCell Configuration Builder
Командой платформы
claude mcp add physicell -- uvx mcp-biomodelling-serversuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
Командой платформы
codex mcp add physicell -- uvx mcp-biomodelling-serversuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
Файл настроек
{
"mcpServers": {
"physicell": {
"command": "uvx",
"args": [
"mcp-biomodelling-servers"
]
}
}
}uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
Файл настроек
{
"servers": {
"physicell": {
"type": "stdio",
"command": "uvx",
"args": [
"mcp-biomodelling-servers"
]
}
}
}uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
Командой платформы
gemini mcp add physicell uvx mcp-biomodelling-serversuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>
По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о PhysiCell Configuration Builder
Как установить PhysiCell Configuration Builder в Claude Code?
Выполните claude mcp add physicell -- uvx mcp-biomodelling-servers.
Что делает PhysiCell Configuration Builder?
Он создаёт, проверяет и экспортирует конфигурационные файлы PhysiCell и PhysiBoSS через MCP.
Какая версия Python нужна для работы сервера?
Поддерживается Python 3.10–3.15. Зависимости моделирования устанавливаются вместе с пакетом.
