PyEuropePMC — MCP-сервер для Claude Code: обзор и установка
Сервер открывает доступ к статьям из Europe PMC и сторонних баз. Помогает находить биомедицинскую литературу, забирать полные тексты и разбирать разметку JATS XML.
claude mcp add --env PYEUROPEPMC_MCP_LOG_LEVEL=<PYEUROPEPMC_MCP_LOG_LEVEL> --env SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY=<SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY> --env OPENAI_API_KEY=<OPENAI_API_KEY> --env OPENAI_BASE_URL=<OPENAI_BASE_URL> --env OPENAI_MODEL=<OPENAI_MODEL> --transport stdio pyeuropepmc -- uvx pyeuropepmcЧто делает PyEuropePMC
Сервер связывает ИИ-агента с каталогом Europe PMC и десятком внешних архивов вроде PubMed и arXiv. Инструмент выполняет поиск публикаций, объединяет дубликаты и выгружает полнотекстовые документы в форматах PDF или XML.
Встроенный парсер преобразует JATS XML в чистый текст, таблицы и секции для RAG. Кроме чтения статей доступны извлечение аннотаций генов и построение графов цитирования.
Для базовых запросов и загрузки текстов регистрация не требуется. Однако для поиска по Semantic Scholar и работы встроенных LLM-инструментов нужно передать ключи в переменных окружения.
Какие задачи решает
- найти научные статьи по биомедицине сразу в нескольких базах
- скачать открытый полнотекстовый JATS XML или PDF публикации
- распарсить структуру статьи на секции для базы знаний RAG
- собрать метаданные и граф цитирований для обзора литературы
Примеры запросов агенту
- Найди в Europe PMC свежие статьи по теме CRISPR Cas9 с открытым доступом.
- Скачай JATS XML для публикации с PMCID PMC1234567 и преобразуй текст в Markdown.
- Собери список цитирований для этой научной статьи и найди дубликаты.
Как установить PyEuropePMC
Командой платформы
claude mcp add --env PYEUROPEPMC_MCP_LOG_LEVEL=<PYEUROPEPMC_MCP_LOG_LEVEL> --env SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY=<SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY> --env OPENAI_API_KEY=<OPENAI_API_KEY> --env OPENAI_BASE_URL=<OPENAI_BASE_URL> --env OPENAI_MODEL=<OPENAI_MODEL> --transport stdio pyeuropepmc -- uvx pyeuropepmcВместо <…> подставьте свои значения. Ещё 1 переменная окружения — в README сервера. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from pyeuropepmc <команда>
Командой платформы
codex mcp add pyeuropepmc --env PYEUROPEPMC_MCP_LOG_LEVEL=<PYEUROPEPMC_MCP_LOG_LEVEL> --env SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY=<SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY> --env OPENAI_API_KEY=<OPENAI_API_KEY> --env OPENAI_BASE_URL=<OPENAI_BASE_URL> --env OPENAI_MODEL=<OPENAI_MODEL> -- uvx pyeuropepmcВместо <…> подставьте свои значения. Ещё 1 переменная окружения — в README сервера. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from pyeuropepmc <команда>
Файл настроек
{
"mcpServers": {
"pyeuropepmc": {
"command": "uvx",
"args": [
"pyeuropepmc"
],
"env": {
"PYEUROPEPMC_MCP_LOG_LEVEL": "<PYEUROPEPMC_MCP_LOG_LEVEL>",
"SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY": "<SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY>",
"OPENAI_API_KEY": "<OPENAI_API_KEY>",
"OPENAI_BASE_URL": "<OPENAI_BASE_URL>",
"OPENAI_MODEL": "<OPENAI_MODEL>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 1 переменная окружения — в README сервера. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from pyeuropepmc <команда>
Файл настроек
{
"servers": {
"pyeuropepmc": {
"type": "stdio",
"command": "uvx",
"args": [
"pyeuropepmc"
],
"env": {
"PYEUROPEPMC_MCP_LOG_LEVEL": "<PYEUROPEPMC_MCP_LOG_LEVEL>",
"SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY": "<SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY>",
"OPENAI_API_KEY": "<OPENAI_API_KEY>",
"OPENAI_BASE_URL": "<OPENAI_BASE_URL>",
"OPENAI_MODEL": "<OPENAI_MODEL>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 1 переменная окружения — в README сервера. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from pyeuropepmc <команда>
Командой платформы
gemini mcp add -e PYEUROPEPMC_MCP_LOG_LEVEL=<PYEUROPEPMC_MCP_LOG_LEVEL> -e SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY=<SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY> -e OPENAI_API_KEY=<OPENAI_API_KEY> -e OPENAI_BASE_URL=<OPENAI_BASE_URL> -e OPENAI_MODEL=<OPENAI_MODEL> pyeuropepmc uvx pyeuropepmcВместо <…> подставьте свои значения. Ещё 1 переменная окружения — в README сервера. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from pyeuropepmc <команда>
По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о PyEuropePMC
Как установить PyEuropePMC в Claude Code?
Выполните в терминале команду claude mcp add pyeuropepmc -e SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY=<SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY> -e OPENAI_API_KEY=<OPENAI_API_KEY> -- uvx pyeuropepmc.
Что делает PyEuropePMC?
Он подключает агента к каталогу Europe PMC для поиска литературы, скачивания полных текстов и разбора научной структуры JATS XML.
Нужны ли ключи API для базового поиска?
Обычный поиск по Europe PMC и выгрузка открытых документов работают без ключей. Дополнительные токены нужны только для Semantic Scholar, CORE и функций с участием сторонних LLM.
