Cytoscape Desktop MCP — MCP-сервер для Claude Code: установка
Управляет запущенным Cytoscape Desktop через MCP: загружает сети, меняет виды и помогает оформлять биологические графы.
claude mcp add --env CYREST_PORT=<CYREST_PORT> --transport stdio cytoscape-desktop-mcp -- npx -y @cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridgeЧто делает Cytoscape Desktop MCP
Cytoscape Desktop MCP подключает ИИ-агента к запущенному Cytoscape Desktop по HTTP. Сервер умеет загружать сети из NDEx или файла, получать доступные виды, выбирать текущий вид и создавать новый. Он также поддерживает раскладку и стилизацию биологических сетей.
Сервер встраивается в Cytoscape как приложение и публикует MCP endpoint внутри CyREST. В интерфейсе появляется кнопка MCP со статусом подключения, а вызовы инструментов попадают в Task History. Для диагностики доступны адреса http://localhost:{rest.port}/mcp/health и http://localhost:{rest.port}/mcp/manifest.
Нужен Cytoscape Desktop 3.10 или новее и MCP-клиент с транспортом Streamable HTTP. Для загрузки сетей из NDEx требуется интернет. Без запущенного Cytoscape или с неправильным CYREST_PORT соединение не установится; интерфейс сервера экспериментальный и может меняться.
Какие задачи решает
- загрузить сеть из NDEx или файла
- получить список доступных видов сети
- выбрать текущий вид в Cytoscape
- создать новый вид сети
- проверить вызовы MCP-инструментов в Task History
Примеры запросов агенту
- Открой сеть в Cytoscape Desktop и подготовь её к анализу.
- Загрузи биологическую сеть из NDEx и выбери её текущий вид.
- Создай новый вид для загруженной сети и примени к нему раскладку.
Как установить Cytoscape Desktop MCP
Командой платформы
claude mcp add --env CYREST_PORT=<CYREST_PORT> --transport stdio cytoscape-desktop-mcp -- npx -y @cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridgeВместо <…> подставьте свои значения
Командой платформы
codex mcp add cytoscape-desktop-mcp --env CYREST_PORT=<CYREST_PORT> -- npx -y @cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridgeВместо <…> подставьте свои значения
Файл настроек
{
"mcpServers": {
"cytoscape-desktop-mcp": {
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"@cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge"
],
"env": {
"CYREST_PORT": "<CYREST_PORT>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения
Файл настроек
{
"servers": {
"cytoscape-desktop-mcp": {
"type": "stdio",
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"@cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge"
],
"env": {
"CYREST_PORT": "<CYREST_PORT>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения
Командой платформы
gemini mcp add -e CYREST_PORT=<CYREST_PORT> cytoscape-desktop-mcp npx -y @cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridgeВместо <…> подставьте свои значения
По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о Cytoscape Desktop MCP
Как установить Cytoscape Desktop MCP в Claude Code?
Выполните команды по порядку: claude mcp add cytoscape-desktop-mcp-bridge -- npx -y @cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge, затем claude mcp add --env CYREST_PORT=<CYREST_PORT> --transport stdio cytoscape-desktop-mcp -- npx -y @cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge.
Что делает Cytoscape Desktop MCP?
Он связывает MCP-клиент с запущенным Cytoscape Desktop. Агент получает инструменты для загрузки сетей, управления видами и просмотра истории вызовов.
Что нужно для работы Cytoscape Desktop MCP?
Нужен Cytoscape Desktop 3.10 или новее и MCP-клиент с поддержкой Streamable HTTP. Для сетей из NDEx требуется интернет, а в настройке агента нужно указать CYREST_PORT.
