Plant Genomics — MCP-сервер для Claude Code
MCP-сервер даёт агенту доступ к генным базам растений — Ensembl Plants, UniProt, KEGG, STRING, AlphaFold — и собирает ответ из нескольких источников сразу.
claude mcp add plant-genomics-mcp -- uvx plant-genomics-mcpЧто делает Plant Genomics
Сервер подключает 56 инструментов к 23 бесплатным публичным базам данных по растениям, с отдельной проработкой 12 видов. Есть инструменты для генных записей, последовательностей, белковых структур, путей, взаимодействий, гомологии, TF-мотивов и вариаций — агент может запросить локус вроде AT1G01010 с необязательным organism= и получить сводку по нескольким источникам сразу через gene_report или batch-инструменты.
Все инструменты помечены как read-only, поэтому сервер только читает данные, ничего не меняет в проекте. Запуск по умолчанию идёт через stdio и не требует настройки, но есть и HTTP-режим plant-genomics-mcp-http, который сервер поднимает сам, без публичного эндпоинта.
Авторский бенчмарк на 52 вопросах показал, что без веб-поиска Claude отвечает заметно хуже, чем с этим сервером, а против обычного веб-поиска разница в точности статистически не доказана.
Какие задачи решает
- найти ген Arabidopsis или другого растения по локусу
- получить белковую структуру и домены по гену
- проверить ортологов гена в другом виде
- собрать KEGG-пути и партнёров по взаимодействию для локуса
- сопоставить несколько баз данных по одному гену в одном ответе
Примеры запросов агенту
- Расскажи всё про ген Arabidopsis AT1G01010 — функцию, GO-термины, пути KEGG и партнёров по взаимодействию
- Найди ортолог гена AT1G01010 у риса и проверь, подтверждают ли его другие базы
- Собери отчёт по гену Os01g0100100 с указанием organism=oryza_sativa
Как установить Plant Genomics
Командой платформы
claude mcp add plant-genomics-mcp -- uvx plant-genomics-mcpuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from plant-genomics-mcp <команда>
Командой платформы
codex mcp add plant-genomics -- uvx plant-genomics-mcpuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from plant-genomics-mcp <команда>
Файл настроек
{
"mcpServers": {
"plant-genomics": {
"command": "uvx",
"args": [
"plant-genomics-mcp"
]
}
}
}uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from plant-genomics-mcp <команда>
Файл настроек
{
"servers": {
"plant-genomics": {
"type": "stdio",
"command": "uvx",
"args": [
"plant-genomics-mcp"
]
}
}
}uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from plant-genomics-mcp <команда>
Командой платформы
gemini mcp add plant-genomics uvx plant-genomics-mcpuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from plant-genomics-mcp <команда>
По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о Plant Genomics
Как установить Plant Genomics в Claude Code?
Выполните claude mcp add plant-genomics-mcp -- uvx plant-genomics-mcp или вариант с именем claude mcp add plant-genomics -- uvx plant-genomics-mcp.
Что делает Plant Genomics?
Это MCP-сервер, который подключает агента к 23 базам данных по генам растений — от Ensembl Plants и UniProt до KEGG и AlphaFold — и выдаёт 56 инструментов для поиска локусов, последовательностей, структур, путей и гомологов.
Нужно ли что-то устанавливать дополнительно для работы сервера?
Запуск через uvx подхватывает пакет на лету, без ручной установки; есть также варианты через pipx, Docker-образ и запуск из исходников.
