BioMCP-TS — MCP-сервер для Claude Code: био-данные и статьи
Даёт агенту доступ к генам, вариантам, клиническим испытаниям, литературе и патентам. Пригодится, когда нужно быстро собрать медицинскую справку прямо в редакторе.
claude mcp add biomcp-ts -e NCBI_API_KEY=<NCBI_API_KEY> -e S2_API_KEY=<S2_API_KEY> -e OPENFDA_API_KEY=<OPENFDA_API_KEY> -e ONCOKB_TOKEN=<ONCOKB_TOKEN> -e DISGENET_API_KEY=<DISGENET_API_KEY> -- npx -y biomcpЧто делает BioMCP-TS
BioMCP-TS — один stdio MCP-сервер, который федеративно опрашивает десятки биоинформатических и фармацевтических баз. Внутри четыре группы инструментов: гены (поиск, карточка с опциональными секциями, ассоциированные болезни и препараты, испытания, статьи, обогащение путей через Reactome), варианты (по rsid или HGVS, частоты, предсказания, аннотации OncoKB), препараты и болезни — у каждой есть поиск и связки с испытаниями. Литература ищется сразу по нескольким бэкендам, есть отдельный режим только препринтов bioRxiv/medRxiv. Ответы обёрнуты в конверт с results, warnings и errors, поэтому сбой отдельного источника виден, а не маскируется пустой выдачей.
Запускается командой npx -y biomcp, нужен Node не ниже 22.13. Часть инструментов без ключа не заработает: для аннотаций вариантов нужен ONCOKB_TOKEN, остальные ключи вроде NCBI_API_KEY или S2_API_KEY передаются переменными окружения при регистрации сервера. Есть диагностика npx -y biomcp doctor — она проверяет версию Node, конфиг и доступность опциональных возможностей. Опциональные тулбоксы для локальной работы с базами, R и biowasm включаются флагами ANALYSIS_R, ANALYSIS_BIOWASM и DB_TYPE.
Если на одной машине крутится несколько агентов, каждый процесс считает лимит arXiv (1 запрос / 3 с) сам по себе — суммарно лимит не согласуется. Для такой схемы в README советуют поднять один общий демон biomcp serve. Лицензия Apache-2.0.
Какие задачи решает
- найти клинические испытания по конкретному гену
- подтянуть аннотации OncoKB для варианта
- собрать свежие препринты по теме
- посмотреть, какие препараты нацелены на ген
- проверить ассоциации болезни с генами и путями
Примеры запросов агенту
- Найди клинические испытания по гену ERBB2 и кратко перескажи фазы.
- Что известно про вариант rs113488022? Проверь частоты и клиническую значимость.
- Собери статьи про CRISPR за последний год, только препринты.
Как установить BioMCP-TS
Командой платформы
claude mcp add biomcp-ts -e NCBI_API_KEY=<NCBI_API_KEY> -e S2_API_KEY=<S2_API_KEY> -e OPENFDA_API_KEY=<OPENFDA_API_KEY> -e ONCOKB_TOKEN=<ONCOKB_TOKEN> -e DISGENET_API_KEY=<DISGENET_API_KEY> -- npx -y biomcpВместо <…> подставьте свои значения. Ещё 3 переменные окружения — в README сервера
Командой платформы
codex mcp add biomcp-ts --env ANALYSIS_BIOWASM=<ANALYSIS_BIOWASM> --env ANALYSIS_R=<ANALYSIS_R> --env DB_TYPE=<DB_TYPE> --env NCBI_API_KEY=<NCBI_API_KEY> --env S2_API_KEY=<S2_API_KEY> -- npx -y biomcpВместо <…> подставьте свои значения. Ещё 3 переменные окружения — в README сервера
Файл настроек
{
"mcpServers": {
"biomcp-ts": {
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"biomcp"
],
"env": {
"ANALYSIS_BIOWASM": "<ANALYSIS_BIOWASM>",
"ANALYSIS_R": "<ANALYSIS_R>",
"DB_TYPE": "<DB_TYPE>",
"NCBI_API_KEY": "<NCBI_API_KEY>",
"S2_API_KEY": "<S2_API_KEY>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 3 переменные окружения — в README сервера
Файл настроек
{
"servers": {
"biomcp-ts": {
"type": "stdio",
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"biomcp"
],
"env": {
"ANALYSIS_BIOWASM": "<ANALYSIS_BIOWASM>",
"ANALYSIS_R": "<ANALYSIS_R>",
"DB_TYPE": "<DB_TYPE>",
"NCBI_API_KEY": "<NCBI_API_KEY>",
"S2_API_KEY": "<S2_API_KEY>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 3 переменные окружения — в README сервера
Командой платформы
gemini mcp add -e ANALYSIS_BIOWASM=<ANALYSIS_BIOWASM> -e ANALYSIS_R=<ANALYSIS_R> -e DB_TYPE=<DB_TYPE> -e NCBI_API_KEY=<NCBI_API_KEY> -e S2_API_KEY=<S2_API_KEY> biomcp-ts npx -y biomcpВместо <…> подставьте свои значения. Ещё 3 переменные окружения — в README сервера
По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о BioMCP-TS
Как установить BioMCP-TS в Claude Code?
Одной командой: `claude mcp add biomcp-ts -e NCBI_API_KEY=<NCBI_API_KEY> -e S2_API_KEY=<S2_API_KEY> -e OPENFDA_API_KEY=<OPENFDA_API_KEY> -e ONCOKB_TOKEN=<ONCOKB_TOKEN> -e DISGENET_API_KEY=<DISGENET_API_KEY> -- npx -y biomcp`.
Что делает BioMCP-TS?
Даёт агенту инструменты для поиска по генам, вариантам, препаратам, болезням, клиническим испытаниям, литературе и препринтам. Под капотом федерация нескольких десятков баз.
Нужны ли API-ключи?
Для части инструментов да. Без ONCOKB_TOKEN не работают аннотации OncoKB, остальные ключи передаются переменными окружения при регистрации сервера.
