STRING Database MCP Server — MCP-сервер для Claude Code
Даёт агенту доступ к базе STRING: сети взаимодействий белков, обогащение, аннотации и поиск гомологов. Пригодится, когда нужно разобрать PPI прямо в чате.
claude mcp add --transport http string-mcp https://mcp.string-db.org/Что делает STRING Database MCP Server
Сервер оборачивает API STRING в интерфейс MCP. Агент получает инструменты для разрешения идентификаторов белков, выгрузки сетей взаимодействий, их кластеризации и визуализации, поиска гомологов между видами и анализа функционального обогащения с графиками. Отдельно доступны курируемые аннотации и запросы белков по функции или болезни через GO, KEGG, Reactome и DISEASES.
Внутри — Python-сервер на FastMCP. Понадобится Python 3.11 или новее: на 3.10 описания необязательных параметров в схемах инструментов встают не на свои места. Зависимости перечислены в requirements.txt — fastmcp==2.14.7, mcp==1.29.0, httpx>=0.28,<0.29, pydantic>=2.11,<3.0. Если сервер падает при запуске, дело почти наверняка в несовместимой версии FastMCP. Настройки читаются из config/server.config в формате JSON: адрес API, порт и уровень подробности ответов.
Есть два пути. Локально: клонировать репозиторий, поставить зависимости и запустить python server.py, а для клиента, который сам поднимает процесс, — python server.py --stdio. Либо подключиться к размещённому эндпоинту https://mcp.string-db.org и не держать ничего у себя. Второй вариант проще, но все запросы уходят на чужую сторону.
Какие задачи решает
- выгрузить сеть взаимодействий для списка белков
- найти гомологи белка в другом виде
- прогнать функциональное обогащение и получить график
- посмотреть, какие доказательства стоят за связью двух белков
- найти белки по болезни или функции
Примеры запросов агенту
- Разреши идентификаторы этих белков в STRING и покажи их метаданные
- Построй сеть взаимодействий для списка генов и кластеризуй её
- Прогони обогащение по GO и KEGG для этого набора белков
Как установить STRING Database MCP Server
Командой платформы: удалённый сервер
claude mcp add --transport http string-mcp https://mcp.string-db.org/Командой платформы: удалённый сервер
codex mcp add string-database-mcp-server --url https://mcp.string-db.org/Файл настроек
{
"mcpServers": {
"string-database-mcp-server": {
"url": "https://mcp.string-db.org/"
}
}
}Файл настроек
{
"servers": {
"string-database-mcp-server": {
"type": "http",
"url": "https://mcp.string-db.org/"
}
}
}Командой платформы: удалённый сервер
gemini mcp add -t http string-database-mcp-server https://mcp.string-db.org/По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о STRING Database MCP Server
Как установить STRING Database MCP Server в Claude Code?
Подключите размещённый эндпоинт: claude mcp add --transport http string-mcp https://mcp.string-db.org/. Локальный вариант — клонировать репозиторий, выполнить pip install -r requirements.txt и запустить python server.py.
Что делает STRING Database MCP Server?
Открывает агенту функции базы STRING: сети взаимодействий белков, кластеризацию и визуализацию, поиск гомологов, ссылки на доказательства связей, обогащение и курируемые аннотации.
Что нужно для запуска локальной версии?
Python 3.11 или новее и зависимости из requirements.txt. Настройки лежат в config/server.config; для клиента, который сам стартует сервер, запускайте python server.py --stdio.
