pubmed-database · davila7 — скилл для Claude Code: запросы к PubMed
Скилл для работы с PubMed через REST API: сложные запросы с MeSH, пакетная обработка, поиск статей по PMID и DOI.
npx claude-code-templates@latest --skill scientific/pubmed-databaseЧто делает pubmed-database
Скилл даёт агенту доступ к базе PubMed через E-utilities API. Внутри описаны пять конечных точек: ESearch для поиска и получения PMID, EFetch для выгрузки полных записей, ESummary для кратких сведений, EPost для пакетной загрузки идентификаторов и ELink для связанных статей. Запросы собираются с булевыми операторами, тегами полей и терминами MeSH, включая подзаголовки вроде /therapy или /diagnosis.
Для Python-сценариев автор советует biopython (Bio.Entrez), а сам скилл оставляет для прямых HTTP-запросов и своих реализаций API. Без ключа NCBI лимит — 3 запроса в секунду, с ключом — 10. В заголовке запроса нужен User-Agent, иначе сервис может отклонить обращение.
Есть отдельные файлы-справочники: search_syntax.md по тегам и операторам, api_reference.md по параметрам конечных точек. Скилл пригодится для систематических обзоров, мониторинга публикаций и сопоставления цитат по журналу, году, тому и странице.
Какие задачи решает
- собрать выборку статей по теме с фильтром по типу публикации
- найти PMID по неполному описанию цитаты
- выгрузить аннотации сотен записей одним пакетом
- построить запрос с терминами MeSH и подзаголовками
- настроить регулярный мониторинг новых публикаций по автору
Примеры запросов агенту
- Найди систематические обзоры по диабету второго типа за 2023–2024 годы
- Выгрузи аннотации для этих PMID через EFetch
- Собери запрос с MeSH-термином и подзаголовком /drug therapy
Как установить pubmed-database
1Через claude-code-templates
npx claude-code-templates@latest --skill scientific/pubmed-database2Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add davila7/claude-code-templates --skill pubmed-database -a claude-code3Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/pubmed-database/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/pubmed-database/
Вручную: положить файлы
.agents/skills/pubmed-database/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/pubmed-database/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install davila7/claude-code-templates pubmed-database2Вручную: положить файлы
.github/skills/pubmed-database/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/davila7/claude-code-templates --path cli-tool/components/skills/scientific/pubmed-databaseВручную: положить файлы
.devin/skills/pubmed-database/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
По шагам, с командами для каждой платформы: Как установить скилл в Claude Code: пять способов
Вопросы о pubmed-database
Как установить pubmed-database в Claude Code?
Выполните npx claude-code-templates@latest --skill scientific/pubmed-database. Альтернатива — npx skills add davila7/claude-code-templates --skill pubmed-database -a claude-code.
Что делает pubmed-database?
Помогает агенту строить поисковые запросы к PubMed и обращаться к E-utilities API: искать статьи, выгружать записи, сопоставлять цитаты по идентификаторам.
Нужен ли ключ API для работы с PubMed?
Без ключа NCBI разрешает 3 запроса в секунду, с ключом — 10. Ключ необязателен, но при массовых выгрузках без него легко упереться в лимит.
Похожие скиллы
Все скиллы по теме «Наука и исследования» →Сначала — pubmed-database от других авторов.
