glycoengineering — скилл для Claude Code: анализ гликозилирования
Скилл для разбора сайтов N- и O-гликозилирования в последовательностях белков: поиск мотивов, подготовка мутаций и работа с предсказательными сервисами.
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill glycoengineering -a claude-codeЧто делает glycoengineering
Скилл ведёт пошаговый разбор гликозилирования эукариотических белков. Сначала фиксируются accession, изоформа, точная последовательность, хозяйская система экспрессии и топология сигнального пептида. Затем идёт поиск канонических сайтов N-X-[S/T], где X не пролин, с сохранением перекрывающихся мотивов: в NNST кандидаты начинаются и с позиции 1, и с позиции 2. Отдельно оцениваются S/T-богатые участки для муцин-подобного O-GalNAc, но плотность S/T — только описательный признак, а не вероятность гликозилирования.
Внутри есть локальный помощник scripts/glycoengineering_tools.py на стандартной библиотеке Python. Он принимает последовательности из 20 канонических аминокислот, нормализует регистр и пробелы, отклоняет FASTA-заголовки, гэпы и неизвестные остатки. Функции find_n_glycosylation_sequons, eliminate_glycosite, add_glycosite и find_st_rich_sites возвращают координаты в 1-базной нумерации поданной последовательности. Для импорта положите каталог scripts/ в PYTHONPATH или запускайте Python оттуда.
Для предсказаний скилл готовит работу с веб-формами NetNGlyc 1.0 и NetOGlyc 4.0: стабильного API для отправки заданий и опроса статуса здесь нет, поэтому вход, выход и версию сервиса сохраняют вместе. Локальные помощники требуют Python 3.10+. Поиск в GlyTouCan идёт через requests и сеть. Для структурного экранирования гликанов нужна отдельная установка GlycoSHIELD с библиотеками гликанов и GROMACS для расчёта SASA — без них этот шаг не запустится.
Какие задачи решает
- найти канонические сайты N-гликозилирования в последовательности белка
- убрать конкретный сайт гликозилирования точечной заменой
- добавить новый сайт N-X-[S/T] и пересчитать все изменения остатков
- оценить S/T-богатые участки перед разбором O-GalNAc
- сравнить гликоформы антитела по занятости сайтов
Примеры запросов агенту
- Найди канонические сайты N-гликозилирования в последовательности и покажи их позиции
- Убери сайт в позиции 1 заменой на Q и проверь, не осталось ли перекрывающихся мотивов
- Оцени S/T-богатые участки в этой последовательности и подскажи, что проверить дальше
Как установить glycoengineering
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill glycoengineering -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/glycoengineering/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/glycoengineering/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill glycoengineering -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/glycoengineering/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill glycoengineering -a cursor2Вручную: положить файлы
.cursor/skills/glycoengineering/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills glycoengineering2Вручную: положить файлы
.github/skills/glycoengineering/SKILL.md1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill glycoengineering -a gemini-cli2Командой платформы
gemini skills install https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills --path skills/glycoengineeringВручную: положить файлы
.devin/skills/glycoengineering/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill glycoengineering -a opencodeClaude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
По шагам, с командами для каждой платформы: Как установить скилл в Claude Code: пять способов
Вопросы о glycoengineering
Как установить glycoengineering в Claude Code?
Выполните npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill glycoengineering -a claude-code. Скилл окажется в ~/.claude/skills/glycoengineering/SKILL.md.
Что делает glycoengineering?
Ищет сайты N-гликозилирования и S/T-богатые участки, готовит точечные мутации с пересчётом мотивов и помогает собрать входные данные для NetNGlyc, NetOGlyc и GlycoSHIELD.
Что нужно для работы локальных функций?
Python 3.10+ и каталог scripts/ в PYTHONPATH. Поиск в GlyTouCan дополнительно требует requests и доступа в сеть.
