deeptools — скилл для Claude Code: анализ NGS-данных
Скилл для работы с данными секвенирования: конвертирует BAM в bigWig, считает QC и рисует профили вокруг TSS и пиков.
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill deeptools -a claude-codeЧто делает deeptools
Скилл даёт агенту набор команд deepTools для обработки данных высокопроизводительного секвенирования. Он умеет переводить выравнивания BAM в нормированные треки покрытия, считать метрики качества, сравнивать образцы и строить тепловые карты с профилями вокруг геномных ориентиров. Пригодится, когда нужно разобрать ChIP-seq, RNA-seq или ATAC-seq и получить картинки для статьи или отчёта.
Внутри — скрипты scripts/validate_files.py и scripts/workflow_generator.py. Первый проверяет локальные BAM, bigWig и BED: структуру, порядок координат, заголовки, каждую строку BED. Второй собирает готовый скрипт под типовой сценарий, например chipseq_qc, с подстановкой ваших файлов. Есть справочники по методам нормировки, эффективным размерам геномов и параметрам инструментов.
Для работы нужен Python 3.12+ и deepTools 4.0.0 вместе с pysam и pyBigWig, а для сортировки и индексирования — samtools. В версии 4.0.0 пять команд переписаны на Rust: bamCoverage, bamCompare и multiBamSummary больше не принимают --ignoreDuplicates, а --exactScaling убран. Если в пайплайне остались старые флаги, скрипт упадёт на разборе аргументов — это повод сверить команды до запуска на кластере.
Какие задачи решает
- перевести BAM в нормированный bigWig для визуализации в геномном браузере
- проверить качество ChIP-seq по отпечаткам и корреляции реплик
- построить тепловую карту сигнала вокруг TSS или пиков
- сравнить обработку с контролем через log2-отношение
- сгенерировать скрипт типового пайплайна под свои файлы
Примеры запросов агенту
- Проверь файлы
sample1.bamиregions.bedскриптом валидации - Собери workflow
chipseq_qcдляChIP1.bamиChIP2.bam - Посчитай корреляцию между репликами и покажи результат
Как установить deeptools
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill deeptools -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/deeptools/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/deeptools/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill deeptools -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/deeptools/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill deeptools -a cursor2Вручную: положить файлы
.cursor/skills/deeptools/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills deeptools2Вручную: положить файлы
.github/skills/deeptools/SKILL.md1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill deeptools -a gemini-cli2Командой платформы
gemini skills install https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills --path skills/deeptoolsВручную: положить файлы
.devin/skills/deeptools/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill deeptools -a opencodeClaude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
По шагам, с командами для каждой платформы: Как установить скилл в Claude Code: пять способов
Вопросы о deeptools
Как установить deeptools в Claude Code?
Выполните npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill deeptools -a claude-code. Скилл появится в ~/.claude/skills/deeptools/SKILL.md.
Что делает deeptools?
Обрабатывает NGS-данные: конвертирует BAM в bigWig, считает метрики качества, сравнивает образцы и строит тепловые карты с профилями вокруг геномных ориентиров.
Что нужно для работы скилла?
Python 3.12+ и deepTools 4.0.0 с pysam и pyBigWig, плюс samtools для сортировки и индексирования. Сеть нужна только для установки или загрузки публичных данных.
