bioinformatics-fundamentals — скилл для Claude Code: форматы и QC
Скилл с базой по SAM/BAM, AGP и секвенированию. Пригодится, когда фильтры выдают пустой BAM или ломаются пары чтений.
npx skills add Delphine-L/claude_global --skill bioinformatics-fundamentals -a claude-code
npx skills add Delphine-L/claude_global --skill fundamentals -a claude-codeЧто делает bioinformatics-fundamentals
Скилл даёт агенту справочные знания по геномике: битовые флаги SAM, CIGAR, MAPQ, форматы AGP, особенности PacBio HiFi, Hi-C и Illumina. Внутри — таблицы флагов, разбор типовых ошибок и готовые шаблоны команд для samtools и bamtools. Агент подключает эти сведения, когда вы разбираете выравнивание, фильтрацию или координаты сборки.
Самый частый сценарий — фильтрация парных чтений по регионам. Если сначала применить -L с BED-файлом, а потом фильтр по парам, пары развалятся и на выходе будет пусто. Правильный порядок обратный: сперва -f 2, затем регион. Скилл объясняет, почему так, и подсказывает, чем isProperPair в bamtools строже, чем -f 2 в samtools.
Для работы нужен доступ к Read, Grep, Glob и Bash — скилл читает файлы и запускает команды вроде samtools view. Учтите: у Hi-C пары намеренно садятся на далёкие локусы, поэтому любая фильтрация по регионам рвёт их особенно легко. Это повод проверять пары до и после фильтра, а не доверять счётчику на глаз.
Какие задачи решает
- разобрать битовые флаги SAM и собрать нужную комбинацию
- починить пустой BAM после фильтрации по регионам
- проверить координаты и unloc в AGP-файле сборки
- отличить proper pair от простого совпадения флагов
- выбрать маппер под HiFi, Hi-C или короткие чтения
Примеры запросов агенту
- Почему samtools view с -L regions.bed даёт пустой BAM на парных чтениях?
- Разбери флаг 99 и 147 — это proper pair?
- Проверь AGP-файл сборки: нет ли ошибок в координатах и unloc
Как установить bioinformatics-fundamentals
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add Delphine-L/claude_global --skill bioinformatics-fundamentals -a claude-codenpx skills add Delphine-L/claude_global --skill fundamentals -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/fundamentals/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/fundamentals/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add Delphine-L/claude_global --skill fundamentals -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/fundamentals/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add Delphine-L/claude_global --skill fundamentals -a cursor2Вручную: положить файлы
.cursor/skills/fundamentals/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install Delphine-L/claude_global fundamentals2Вручную: положить файлы
.github/skills/fundamentals/SKILL.md1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add Delphine-L/claude_global --skill fundamentals -a gemini-cli2Командой платформы
gemini skills install https://github.com/Delphine-L/claude_global --path skills/bioinformatics/fundamentalsВручную: положить файлы
.devin/skills/fundamentals/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add Delphine-L/claude_global --skill fundamentals -a opencodeClaude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
По шагам, с командами для каждой платформы: Как установить скилл в Claude Code: пять способов
Из того же набора2
Похожие
Рядом в теме «Наука и исследования»
Всё по теме «Наука и исследования» →Вопросы о bioinformatics-fundamentals
Как установить bioinformatics-fundamentals в Claude?
Выполните npx skills add Delphine-L/claude_global --skill bioinformatics-fundamentals -a claude-code. Скилл окажется в ~/.claude/skills/fundamentals/SKILL.md.
Что делает bioinformatics-fundamentals?
Даёт агенту базовые понятия геномики: флаги SAM/BAM, CIGAR, MAPQ, формат AGP и особенности секвенирования. Помогает разбирать ошибки выравнивания и фильтрации.
Чем bamtools filter отличается от samtools view -f 2?
isProperPair в bamtools строже: он проверяет валидность пары тщательнее, чем фильтр по флагу -f 2 в samtools.
