ukb-topmed-phewas-skill — скилл для Codex: установка
Скилл получает сводку UKB-TOPMed PheWAS для одного варианта. Пригодится, когда координаты заданы как rsID, GRCh37 или GRCh38.
npx skills add openai/plugins --skill ukb-topmed-phewas-skill -a codexЧто делает ukb-topmed-phewas-skill
Скилл принимает один вариант в формате rsid, grch37, grch38 или variant, приводит его к запросу GRCh38 и получает компактную сводку ассоциаций UKB-TOPMed. Для этого он запускает scripts/ukb_topmed_phewas.py с JSON на стандартном вводе. В ответе видны канонический вариант, число найденных ассоциаций и признак усечения результатов.
По умолчанию используется max_results=10; значение можно постепенно увеличить. Для полного набора данных предусмотрен save_raw=true: тогда результат сохраняется по пути raw_output_path, вместо вывода больших массивов в чат. Это повод заранее проверить, что запрос содержит ровно один вариант и что в окружении доступен Python.
Какие задачи решает
- получить PheWAS-сводку для одного варианта
- преобразовать координаты GRCh37 в запрос GRCh38
- найти ассоциации по rsID
- проверить, были ли результаты усечены
- сохранить полный JSON-ответ в файл
Примеры запросов агенту
- Покажи компактную UKB-TOPMed PheWAS-сводку для `rs7903146`.
- Получи ассоциации для `{"grch37":"10:114758349-C-T","max_results":10}` и укажи канонический вариант.
- Сохрани полный ответ для `{"variant":"10:112998590:C:T","max_results":25,"save_raw":true}` и сообщи `raw_output_path`.
Как установить ukb-topmed-phewas-skill
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill ukb-topmed-phewas-skill -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/ukb-topmed-phewas-skill/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill ukb-topmed-phewas-skill -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/ukb-topmed-phewas-skill/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/ukb-topmed-phewas-skill/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/ukb-topmed-phewas-skill/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install openai/plugins ukb-topmed-phewas-skill2Вручную: положить файлы
.github/skills/ukb-topmed-phewas-skill/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/ukb-topmed-phewas-skillВручную: положить файлы
.devin/skills/ukb-topmed-phewas-skill/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
Из того же набора201
Весь набор →Похожие
Вопросы о ukb-topmed-phewas-skill
Как установить ukb-topmed-phewas-skill в Codex?
Выполните npx skills add openai/plugins --skill ukb-topmed-phewas-skill, затем npx skills add openai/plugins --skill ukb-topmed-phewas-skill -a codex. Файл скилла находится по пути .agents/skills/ukb-topmed-phewas-skill/SKILL.md.
Что делает ukb-topmed-phewas-skill?
Он принимает один вариант в виде rsID, координат GRCh37 или GRCh38, переводит запрос к каноническому GRCh38 и возвращает компактную сводку ассоциаций UKB-TOPMed.
Как получить полный набор ассоциаций?
Передайте save_raw=true. Скилл сохранит полный ответ и сообщит путь raw_output_path, а число строк можно контролировать через max_results.
