pylipidparse — плагин для Claude Code: липиды и установка
MCP-сервер переводит полные липидные обозначения в SMILES, InChI, InChIKey, MOL и SDF. Пригодится для работы с химическими структурами прямо в Claude Code.
/plugin marketplace add anthropics/claude-plugins-community
/plugin install pylipidparse@claude-communityЧто делает pylipidparse
pylipidparse подключает PyLipidParse к Claude Code через MCP-сервер. Он принимает полные обозначения липидов, например PC 16:0/18:1(9Z) или Cer 18:1;O2/16:0, и возвращает канонические SMILES, InChI и InChIKey. Для структур также доступны MOL-файлы с 2D-координатами, а для списка липидов — SDF.
Плагин понимает диалекты LIPID MAPS, Goslin, SwissLipids и HMDB. Поддерживаются жирные кислоты, глицеролипиды, глицерофосфолипиды, сфинголипиды и стеролы. Сокращённая запись вроде PC 34:1 не подходит: нужна полная структурная форма.
Для запуска нужен uv: сервер работает через uvx, а пакет pylipidparse[mcp] устанавливается при первом обращении. Первый запуск может занять 30–60 секунд. Без uv MCP-сервер не запустится.
Какие задачи решает
- перевести полное обозначение липида в SMILES
- получить InChIKey для поиска в PubChem или LIPID MAPS
- создать MOL-файл с 2D-координатами
- сформировать SDF для списка липидов
Примеры запросов агенту
- Преобразуй
PC 16:0/18:1(9Z)в SMILES. - Найди InChIKey для олеиновой кислоты
FA 18:1(9Z). - Создай SDF-файл для этого списка церамидов: ...
Как установить pylipidparse
Через маркетплейс плагинов
/plugin marketplace add anthropics/claude-plugins-community/plugin install pylipidparse@claude-communityПо шагам, с командами для каждой платформы: Плагины Claude Code: маркетплейсы, установка и как собрать свой
Вопросы о pylipidparse
Как установить pylipidparse в Claude Code?
Добавьте маркетплейс командой /plugin marketplace add anthropics/claude-plugins-community, затем установите плагин командой /plugin install pylipidparse@claude-community.
Что делает pylipidparse?
Плагин передаёт полные липидные обозначения MCP-серверу PyLipidParse и возвращает SMILES, InChI, InChIKey, MOL или SDF. Он работает с несколькими диалектами, включая LIPID MAPS, Goslin, SwissLipids и HMDB.
Какая запись липида нужна для работы?
Нужна полная структурная запись, например PC 16:0/18:1(9Z). Сокращение PC 34:1 не подходит.
Исходный текст
claude-code-plugin · MIT
# PyLipidParse Claude Code Plugin
This plugin exposes [PyLipidParse](https://github.com/MontgomeryBohde/PyLipidParse) as an MCP server inside Claude Code, letting you convert lipid shorthand notation to molecular structures directly in your AI assistant.
## What it does
Converts lipid names like `PC 16:0/18:1(9Z)` or `Cer 18:1;O2/16:0` into:
- Canonical **SMILES** strings
- **InChI** identifiers
- **InChIKey** hashes (for PubChem / LIPID MAPS database lookups)
- **MOL files** with 2D coordinates
- **SDF files** for multiple lipids at once
Supports LIPID MAPS, Goslin, SwissLipids, and HMDB notation dialects.
## Requirements
- [uv](https://docs.astral.sh/uv/) must be installed (used to run the server without pre-installation)
## Installation
Install this plugin from the Claude Code plugins directory, or manually:
```bash
claude --plugin-dir /path/to/PyLipidParse/claude-code-plugin
```
The MCP server runs via `uvx` and installs `pylipidparse[mcp]` automatically on first use. Subsequent runs use the cached environment.
## Manual MCP configuration (without the plugin)
Add to your `.mcp.json` or Claude Code MCP config:
```json
{
"mcpServers": {
"pylipidparse": {
"command": "uvx",
"args": ["--from", "pylipidparse[mcp]", "pylipidparse-mcp"]
}
}
}
```
Or if you have `pylipidparse[mcp]` already installed:
```json
{
"mcpServers": {
"pylipidparse": {
"command": "pylipidparse-mcp"
}
}
}
```
## Example prompts
- *"Convert PC 16:0/18:1(9Z) to SMILES"*
- *"What is the InChIKey for oleic acid (FA 18:1(9Z))?"*
- *"Give me SMILES and InChIKey for these 10 lipids: ..."*
- *"Generate an SDF file for this list of ceramides"*
## Supported lipid classes
Fatty acids (FA), glycerolipids (MAG/DAG/TAG), glycerophospholipids (PC/PE/PA/PI/PS/PG and lyso variants), sphingolipids (Cer/SM/HexCer/LacCer/SPB), and sterols (Cholesterol/CE/bile acids).
## Notes
- **Full structural notation required** — use `PC 16:0/18:1(9Z)`, not `PC 34:1`
- First run may take 30–60 seconds while `uvx` installs dependencies
- Source: [github.com/MontgomeryBohde/PyLipidParse](https://github.com/MontgomeryBohde/PyLipidParse)
© MontgomeryBohde · MIT · MontgomeryBohde/PyLipidParse
