rosetta-mcp-server — MCP-сервер для Rosetta и PyRosetta
MCP-сервер, через который ИИ-ассистент запускает протоколы RosettaScripts, считает энергии структур и переводит код между PyRosetta и Biotite.
claude mcp add --env ROSETTA_BIN=<ROSETTA_BIN> --env PYTHON_BIN=<PYTHON_BIN> --env MCP_DEBUG=<MCP_DEBUG> --transport stdio rosetta-mcp-server -- npx -y rosetta-mcp-serverЧто делает rosetta-mcp-server
Сервер даёт агенту 18 инструментов. Через них он ищет справку по муверам и скор-функциям, тянет живую документацию с rosettacommons.org, проверяет XML-протокол и запускает его на PDB-файле. Отдельная группа инструментов переводит RosettaScripts XML в код PyRosetta: разбирает 37 типов элементов вместе с атрибутами repeats, cartesian, threshold и дочерними MoveMap и Reweight. Что не разобралось, сервер перечисляет в отчёте.
Интеграция с Biotite устроена как справочник соответствий в обе стороны плюс перевод целых скриптов. На вопросы про дизайн и оптимизацию структуры ответ будет прямой: в Biotite такого нет, нужна PyRosetta. Есть инструменты проверки окружения: версия Python, установленные пакеты, наличие PyRosetta, поиск бинарника rosetta_scripts и его автоустановка.
Работать без подготовки не выйдет. Нужен Python с PyRosetta в отдельном окружении и путь к бинарнику Rosetta в переменной ROSETTA_BIN. Установка PyRosetta через встроенный инструмент идёт 10-30 минут, так что первый запуск лучше не делать в спешке.
Какие задачи решает
- запустить протокол RosettaScripts на PDB-файле прямо из чата
- перевести XML-протокол в код PyRosetta
- найти аналог функции Rosetta в Biotite
- отловить опечатку в имени элемента XML по схеме
- посчитать энергию структуры с разбивкой по остаткам
Примеры запросов агенту
- Как сделать релаксацию белка в PyRosetta и есть ли аналог в Biotite?
- Проверь мой
protocol.xmlи скажи, какие элементы не распознаны - Запусти
rosetta_scriptsнаmodel.pdbи покажи пер-резидусные энергии
Как установить rosetta-mcp-server
Командой платформы
claude mcp add --env ROSETTA_BIN=<ROSETTA_BIN> --env PYTHON_BIN=<PYTHON_BIN> --env MCP_DEBUG=<MCP_DEBUG> --transport stdio rosetta-mcp-server -- npx -y rosetta-mcp-serverВместо <…> подставьте свои значения
Командой платформы
codex mcp add rosetta-mcp-server --env ROSETTA_BIN=<ROSETTA_BIN> --env PYTHON_BIN=<PYTHON_BIN> --env MCP_DEBUG=<MCP_DEBUG> -- npx -y rosetta-mcp-serverВместо <…> подставьте свои значения
Файл настроек
{
"mcpServers": {
"rosetta-mcp-server": {
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"rosetta-mcp-server"
],
"env": {
"ROSETTA_BIN": "<ROSETTA_BIN>",
"PYTHON_BIN": "<PYTHON_BIN>",
"MCP_DEBUG": "<MCP_DEBUG>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения
Файл настроек
{
"servers": {
"rosetta-mcp-server": {
"type": "stdio",
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"rosetta-mcp-server"
],
"env": {
"ROSETTA_BIN": "<ROSETTA_BIN>",
"PYTHON_BIN": "<PYTHON_BIN>",
"MCP_DEBUG": "<MCP_DEBUG>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения
Командой платформы
gemini mcp add -e ROSETTA_BIN=<ROSETTA_BIN> -e PYTHON_BIN=<PYTHON_BIN> -e MCP_DEBUG=<MCP_DEBUG> rosetta-mcp-server npx -y rosetta-mcp-serverВместо <…> подставьте свои значения
По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о rosetta-mcp-server
Как установить rosetta-mcp-server в Claude Code?
Одной командой: claude mcp add rosetta-mcp-server -- npx -y rosetta-mcp-server. Если нужны пути к Rosetta и Python, добавьте их через --env: `claude mcp add --env ROSETTA_BIN=<ROSETTA_BIN> --env PYTHON_BIN=<PYTHON_BIN> --env MCP_DEBUG=<MCP_DEBUG> --transport stdio rosetta-mcp-server -- npx -y rosetta-mcp-server`.
Что делает rosetta-mcp-server?
Даёт ассистенту инструменты для работы с Rosetta и PyRosetta: справка, поиск по документации, запуск XML-протоколов, скоринг структур, валидация схемы и перевод кода в Biotite и обратно.
Нужна ли установленная PyRosetta?
Да, для расчётов и запуска протоколов. Сервер умеет поставить её сам, это занимает 10-30 минут, а путь к rosetta_scripts задаётся в ROSETTA_BIN.
