PubMed Search — MCP-сервер для Claude Code: поиск по PubMed и Europe
MCP-сервер, который даёт агенту доступ к PubMed, Europe PMC, OpenAlex и CORE: ищет статьи, цитаты, полные тексты и подписи к рисункам.
claude mcp add --env NCBI_EMAIL=<NCBI_EMAIL> --env NCBI_API_KEY=<NCBI_API_KEY> --transport stdio pubmed-search -- uvx pubmed-search-mcpЧто делает PubMed Search
Сервер ставится через uvx и работает по stdio. Внутри 41 инструмент: обычный поиск, режим пайплайнов, сбор цитат по цепочке и хроника исследований, где версии сборок сравниваются между собой. Для PMC-статей открытого доступа вытаскивает подписи к рисункам, ссылки на картинки и PDF.
Запросы к NCBI идут с ключом и почтой, поэтому перед установкой нужны NCBI_API_KEY и NCBI_EMAIL. Есть режим на несколько агентов: сессии по тенантам, кэши, авторизация по bearer-токену. Без ключа сервер не заработает, и это первое, что стоит завести после установки.
Кроме инструментов в комплект входят 26 скиллов для Claude и инструкция для GitHub Copilot в VS Code. Чтобы фильтровать уже виденное в текущей сессии, есть options="exclude_seen" — работает только в обычном поиске, в пайплайнах параметр отвергается.
Какие задачи решает
- найти статьи по теме в PubMed и Europe PMC одним запросом
- проследить, кто цитирует ключевую работу
- достать подписи к рисункам и PDF из открытых статей PMC
- сравнить результаты двух прогонов поискового пайплайна
- держать несколько агентов на одном сервере с раздельными сессиями
Примеры запросов агенту
- Найди в PubMed обзоры по CRISPR за последние два года и покажи самые цитируемые
- Собери цитаты статьи с PMID 31234567 в PubMed и Europe PMC
- Сделай поиск по OpenAlex и отфильтруй то, что уже было в этой сессии
Как установить PubMed Search
Командой платформы
claude mcp add --env NCBI_EMAIL=<NCBI_EMAIL> --env NCBI_API_KEY=<NCBI_API_KEY> --transport stdio pubmed-search -- uvx pubmed-search-mcpВместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from pubmed-search-mcp <команда>
Командой платформы
codex mcp add pubmed-search --env NCBI_EMAIL=<NCBI_EMAIL> --env NCBI_API_KEY=<NCBI_API_KEY> -- uvx pubmed-search-mcpВместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from pubmed-search-mcp <команда>
Файл настроек
{
"mcpServers": {
"pubmed-search": {
"command": "uvx",
"args": [
"pubmed-search-mcp"
],
"env": {
"NCBI_EMAIL": "<NCBI_EMAIL>",
"NCBI_API_KEY": "<NCBI_API_KEY>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from pubmed-search-mcp <команда>
Файл настроек
{
"servers": {
"pubmed-search": {
"type": "stdio",
"command": "uvx",
"args": [
"pubmed-search-mcp"
],
"env": {
"NCBI_EMAIL": "<NCBI_EMAIL>",
"NCBI_API_KEY": "<NCBI_API_KEY>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from pubmed-search-mcp <команда>
Командой платформы
gemini mcp add -e NCBI_EMAIL=<NCBI_EMAIL> -e NCBI_API_KEY=<NCBI_API_KEY> pubmed-search uvx pubmed-search-mcpВместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from pubmed-search-mcp <команда>
По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о PubMed Search
Как установить PubMed Search в Claude Code?
Добавьте сервер командой claude mcp add pubmed-search-mcp -e NCBI_API_KEY=<NCBI_API_KEY> -- uvx pubmed-search-mcp. Другой вариант — claude mcp add --env NCBI_EMAIL=<NCBI_EMAIL> --env NCBI_API_KEY=<NCBI_API_KEY> --transport stdio pubmed-search -- uvx pubmed-search-mcp.
Что делает PubMed Search?
Помогает агенту искать биомедицинскую литературу и работать с ней: статьи, цитаты, полные тексты и данные о публикациях из нескольких источников. В комплекте 41 инструмент и режим пайплайнов.
Что нужно для работы сервера?
Ключ NCBI_API_KEY и адрес NCBI_EMAIL передаются в окружении при установке. Сам сервер запускается из PyPI через uvx, нужен Python 3.10 или новее.
