ENCODE Toolkit — MCP-сервер для Claude Code: геномика ENCODE
20 инструментов и 47 скиллов к проекту ENCODE: поиск экспериментов, выгрузка данных, аналитические пайплайны и сшивка с другими базами.
claude mcp add encode-toolkit -- npx -y encode-toolkitЧто делает ENCODE Toolkit
Сервер даёт агенту доступ к живому API ENCODE: ищет эксперименты ChIP-seq, ATAC-seq, RNA-seq, Hi-C, WGBS и CUT&RUN, скачивает файлы и запускает пайплайны анализа. Сверху идут скиллы — 47 штук — которые подсказывают модели, как ходить в GTEx, ClinVar, GWAS Catalog, gnomAD, Ensembl, UCSC, GEO и JASPAR.
Установка простая, но требует Node.js: сервер запускается через npx -y encode-toolkit, отдельный ключ API не нужен — все базы публичные. Если ставите плагин целиком, получаете и инструменты, и скиллы, и коннектор MCP.
Есть оговорка по статусу: версия 0.3.4 помечена как beta. Для исследовательской работы это нормально, для конвейера, от которого зависит публикация, — повод сначала прогнать свои сценарии на тестовых данных. Лицензия AGPL-3.0: если встраиваете сервер в свой сервис, условия копилефта придётся соблюдать.
Какие задачи решает
- найти эксперименты ChIP-seq по нужной ткани и фактору
- выгрузить файлы ENCODE и не запутаться в форматах
- проверить значимость варианта в ClinVar и gnomAD
- сопоставить пики с позициями из GWAS Catalog
- собрать раздел методов со ссылками на источники
Примеры запросов агенту
- Найди все эксперименты ChIP-seq по гистонам для ткани поджелудочной железы человека
- Скачай пики для этого эксперимента и покажи, какие гены рядом
- Сверь эти варианты с ClinVar и gnomAD и собери таблицу
Как установить ENCODE Toolkit
Командой платформы
claude mcp add encode-toolkit -- npx -y encode-toolkitКомандой платформы
codex mcp add encode-toolkit -- npx -y encode-toolkitФайл настроек
{
"mcpServers": {
"encode-toolkit": {
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"encode-toolkit"
]
}
}
}Файл настроек
{
"servers": {
"encode-toolkit": {
"type": "stdio",
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"encode-toolkit"
]
}
}
}Командой платформы
gemini mcp add encode-toolkit npx -y encode-toolkitПо шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о ENCODE Toolkit
Как установить ENCODE Toolkit в Claude Code?
Добавьте сервер командой claude mcp add encode-toolkit -- npx -y encode-toolkit и перезапустите сессию. Отдельный ключ API не требуется.
Что делает ENCODE Toolkit?
Даёт агенту 20 инструментов к API ENCODE и 47 скиллов для работы со смежными базами. Поиск данных, выгрузка, пайплайны анализа и черновик методов — в одном диалоге.
Какие платформы поддерживаются?
Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf, Cline и Zed. Для Cursor и Copilot конфигурация прописывается в файле настроек MCP клиента.
