galaxy-mcp — MCP-сервер для Claude Code: что делает и как установить
Подключает ассистента к биоинформатической платформе Galaxy. Помогает запускать инструменты анализа данных, отслеживать пайплайны и выгружать результаты прямо в чате.
claude mcp add galaxy-mcp -e GALAXY_URL=<GALAXY_URL> -e GALAXY_API_KEY=<GALAXY_API_KEY> -- uvx galaxy-mcpЧто делает galaxy-mcp
Сервер связывает клиент с рабочей копией Galaxy через протокол MCP по stdio или HTTP. Модель получает доступ к каталогу вычислительных утилит, может проверять входные параметры и запускать расчёты. Доступно управление историями, наборами данных и коллекциями, а также импорт готовых цепочек обработки из каталога Intergalactic Workflow Commission.
Для локальной связки нужны действующий GALAXY_URL и персональный GALAXY_API_KEY. Без корректного ключа сервер не сможет отправлять задания в очередь. Отдельный режим code-mode сворачивает весь реестр до трёх мета-инструментов, чтобы экономить контекст агента, а дополнительный пакет container-recommend проверяет образы BioContainers в реестре quay.io.
Какие задачи решает
- Запустить биоинформатический расчёт на сервере Galaxy прямо из диалога
- Импортировать и отслеживать цепочки обработки из каталога IWC
- Загрузить исходные файлы в историю анализа и скачать результаты
- Собрать отчёт в разметке Galaxy Markdown с привязкой к данным
Примеры запросов агенту
- Проверь статус последнего запуска в моей активной истории Galaxy
- Найди в каталоге пайплайн сборки генома и покажи его обязательные параметры
- Загрузи fastq-файл по ссылке и подготовь для него новую историю
Как установить galaxy-mcp
Командой платформы
claude mcp add galaxy-mcp -e GALAXY_URL=<GALAXY_URL> -e GALAXY_API_KEY=<GALAXY_API_KEY> -- uvx galaxy-mcpВместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from galaxy-mcp <команда>
Командой платформы
codex mcp add galaxy-mcp --env GALAXY_URL=<GALAXY_URL> --env GALAXY_API_KEY=<GALAXY_API_KEY> -- uvx galaxy-mcpВместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from galaxy-mcp <команда>
Файл настроек
{
"mcpServers": {
"galaxy-mcp": {
"command": "uvx",
"args": [
"galaxy-mcp"
],
"env": {
"GALAXY_URL": "<GALAXY_URL>",
"GALAXY_API_KEY": "<GALAXY_API_KEY>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from galaxy-mcp <команда>
Файл настроек
{
"servers": {
"galaxy-mcp": {
"type": "stdio",
"command": "uvx",
"args": [
"galaxy-mcp"
],
"env": {
"GALAXY_URL": "<GALAXY_URL>",
"GALAXY_API_KEY": "<GALAXY_API_KEY>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from galaxy-mcp <команда>
Командой платформы
gemini mcp add -e GALAXY_URL=<GALAXY_URL> -e GALAXY_API_KEY=<GALAXY_API_KEY> galaxy-mcp uvx galaxy-mcpВместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from galaxy-mcp <команда>
По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о galaxy-mcp
Как установить galaxy-mcp в Claude Code?
Выполните в терминале команду claude mcp add galaxy-mcp -e GALAXY_URL=<GALAXY_URL> -e GALAXY_API_KEY=<GALAXY_API_KEY> -- uvx galaxy-mcp. Подставьте адрес вашего сервера и ключ API вместо шаблонных значений.
Что делает galaxy-mcp?
Он предоставляет агенту инструменты для управления платформой Galaxy: запуска вычислительных утилит, импорта пайплайнов, загрузки файлов и манипуляций с историями расчётов.
Зачем нужен дополнительный модуль container-recommend?
Он подбирает проверенные образы quay.io/biocontainers под нужный набор conda-пакетов при создании пользовательских инструментов. Это страхует от сбоев запуска из-за несуществующих тегов контейнеров.
