reactome-skill — скилл для Codex: что делает и как установить
Скилл отправляет компактные запросы к Reactome ContentService для получения сведений о путях и участниках реакций. Подходит для быстрого анализа данных.
npx skills add openai/plugins --skill reactome-skill -a codexЧто делает reactome-skill
Скилл обращается к сервису Reactome с помощью скрипта scripts/rest_request.py. Модель формирует JSON с нужным эндпоинтом и передаёт его через стандартный ввод. Ответ преобразуется в краткую сводку в формате Markdown, поэтому контекст диалога не засоряется избыточными данными.
Для работы инструмента требуется установленный Python. Скрипт поддерживает поиск по базе, фильтрацию участников реакций и выгрузку полных ответов на диск с помощью параметра save_raw. Для списков сущностей используется ограничение max_items=10.
Инструмент пригодится исследователям, которым нужны биологические данные прямо во время сессии кодинга. Без задач по биоинформатике ставить его нет смысла.
Какие задачи решает
- получить краткую сводку по биологическому пути по его идентификатору
- найти молекулярных участников конкретной биохимической реакции
- сохранить полные сырые данные ответа Reactome в локальный файл
Примеры запросов агенту
- Покажи список участников для события R-HSA-199420 через Reactome
- Найди биологические пути для сущности P38398 у Homo sapiens
Как установить reactome-skill
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill reactome-skill -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/reactome-skill/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill reactome-skill -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/reactome-skill/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/reactome-skill/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/reactome-skill/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install openai/plugins reactome-skill2Вручную: положить файлы
.github/skills/reactome-skill/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/reactome-skillВручную: положить файлы
.devin/skills/reactome-skill/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
Из того же набора201
Весь набор →Похожие
Вопросы о reactome-skill
Как установить reactome-skill в Codex?
Выполните в терминале команду npx skills add openai/plugins --skill reactome-skill.
Что делает reactome-skill?
Он отправляет запросы к Reactome ContentService и возвращает сжатую информацию о реакциях, генах и биохимических путях.
Что требуется для запуска запросов?
В системе должен быть доступен Python, так как вызовы выполняются через вспомогательный скрипт scripts/rest_request.py.