genebass-gene-burden-skill — скилл для Codex: как установить
Скилл отправляет запросы к Genebass по ID гена Ensembl и набору burden. Пригодится для получения компактных сводок PheWAS без выгрузки лишних данных.
npx skills add openai/plugins --skill genebass-gene-burden-skill -a codexЧто делает genebass-gene-burden-skill
Скилл запускает scripts/genebass_gene_burden.py через передачу JSON в стандартный ввод. За вызов обрабатывается только один идентификатор Ensembl. По умолчанию скрипт формирует лаконичную сводку в Markdown. Сырой JSON возвращается только при явном запросе машиночитаемого формата.
На вход принимаются наборы burden pLoF, missense|LC и synonymous. Начальное число результатов обычно ограничивают 25 записями, чтобы не перегружать контекст. В длинных беседах скилл рекомендует выполнять запросы заново, а не брать старые выводы. Символы ... в превью считаются визуальным сокращением интерфейса.
Для запуска нужен локальный Python. Скилл стоит подключить, если вы постоянно ищете ассоциации PheWAS для генов Ensembl.
Какие задачи решает
- Запросить ассоциации PheWAS по конкретному гену Ensembl
- Ограничить выдачу Genebass двадцатью пятью результатами
- Получить компактную сводку по наборам burden
pLoFилиsynonymous - Выгрузить структурированный JSON с числом ассоциаций и метаданными
Примеры запросов агенту
- Покажи ассоциации Genebass для гена ENSG00000173531 по набору pLoF
- Сделай краткую сводку PheWAS для ENSG00000173531 с ограничением в 25 результатов
- Выведи сырой JSON с ассоциациями synonymous для ENSG00000173531
Как установить genebass-gene-burden-skill
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill genebass-gene-burden-skill -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/genebass-gene-burden-skill/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill genebass-gene-burden-skill -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/genebass-gene-burden-skill/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/genebass-gene-burden-skill/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/genebass-gene-burden-skill/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install openai/plugins genebass-gene-burden-skill2Вручную: положить файлы
.github/skills/genebass-gene-burden-skill/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/genebass-gene-burden-skillВручную: положить файлы
.devin/skills/genebass-gene-burden-skill/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
Из того же набора201
Весь набор →Похожие
Вопросы о genebass-gene-burden-skill
Как установить genebass-gene-burden-skill в Codex?
Выполните команду npx skills add openai/plugins --skill genebass-gene-burden-skill. Конфигурация сохранится по пути .agents/skills/genebass-gene-burden-skill/SKILL.md.
Что делает genebass-gene-burden-skill?
Скилл передаёт идентификатор Ensembl в скрипт scripts/genebass_gene_burden.py и возвращает краткую сводку фенотипических ассоциаций Genebass. По умолчанию он выдаёт читаемый Markdown с ограничением в 25 записей.
Какие наборы burden поддерживает скилл?
Скрипт обрабатывает наборы pLoF, missense|LC и synonymous, а также их встроенные псевдонимы. За один запрос можно передать только один ген и один набор.
