RCSB PDB — MCP-сервер для Claude Code: что делает и как установить
Сервер связывает ИИ-агента с базой Protein Data Bank для поиска трёхмерных структур белков, сопоставления последовательностей и чтения аннотаций.
claude mcp add rcsb-mcp -- uvx rcsb-mcpЧто делает RCSB PDB
Сервер открывает доступ к трём API RCSB: поисковому движку, GraphQL для подробных данных и сервису координат последовательностей между PDB, UniProt и NCBI. Поиск устроен в два этапа. Сначала генераторы rcsb_query_* собирают документ запроса локально без отправки в сеть, а затем инструмент rcsb_search_request отправляет его на исполнение и возвращает список идентификаторов.
Логический конструктор rcsb_query_composer объединяет разнородные условия через AND или OR. Это позволяет сопоставить сходство аминокислотной цепи по алгоритму MMseqs2 с фильтром по таксономии или химической формуле лиганда. Вспомогательные инструменты переводят обычные названия болезней и ферментов в точные идентификаторы Gene Ontology, MONDO и номера EC.
Для работы сервера в системе требуется установленная утилита uvx. Флаг all_hits=True не сработает для выборок крупнее 10 000 записей, поэтому объёмные списки результатов придётся запрашивать постранично через limit и offset.
Какие задачи решает
- найти PDB-структуры белков по последовательности, химической формуле или 3D-мотиву
- выгрузить параметры полимеров и лигандов через GraphQL API
- сопоставить координаты аминокислот между базами PDB, UniProt и NCBI
- составить составной поисковый фильтр с условиями по таксономии и разрешению структуры
Примеры запросов агенту
- Найди структуры Cas9 с разрешением лучше 2.5 Å через rcsb_query_attribute
- Выполни поиск по схожести аминокислотной последовательности через rcsb_query_sequence
- Получи детали сборки и аннотации для идентификатора 4HHB через Data API
Как установить RCSB PDB
Командой платформы
claude mcp add rcsb-mcp -- uvx rcsb-mcpuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from rcsb-mcp <команда>
Командой платформы
codex mcp add rcsb-pdb -- uvx rcsb-mcpuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from rcsb-mcp <команда>
Файл настроек
{
"mcpServers": {
"rcsb-pdb": {
"command": "uvx",
"args": [
"rcsb-mcp"
]
}
}
}uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from rcsb-mcp <команда>
Файл настроек
{
"servers": {
"rcsb-pdb": {
"type": "stdio",
"command": "uvx",
"args": [
"rcsb-mcp"
]
}
}
}uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from rcsb-mcp <команда>
Командой платформы
gemini mcp add rcsb-pdb uvx rcsb-mcpuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from rcsb-mcp <команда>
По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о RCSB PDB
Как установить RCSB PDB в Claude Code?
Выполните в терминале команду claude mcp add rcsb-pdb -- uvx rcsb-mcp. Для запуска требуется установленный инструмент uvx.
Что делает MCP-сервер RCSB PDB?
Он подключает модель к базе Protein Data Bank, позволяя искать макромолекулы, выгружать карточки структур и проверять соответствие координат в UniProt.
Зачем разделять поиск на сборку запроса и его выполнение?
Инструменты сборки только готовят JSON-фильтр локально, что даёт возможность объединять разные типы поиска через операторы AND и OR до обращения к серверу.
