protein-mcp-server — MCP-сервер для Claude Code: как установить
Подключает поиск, скачивание и анализ экспериментальных и предсказанных белковых структур из PDB, AlphaFold DB и UniProt без API-ключей.
claude mcp add --env MCP_LOG_LEVEL=<MCP_LOG_LEVEL> --env MCP_HTTP_HOST=<MCP_HTTP_HOST> --env MCP_HTTP_PORT=<MCP_HTTP_PORT> --env MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH=<MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH> --env MCP_AUTH_MODE=<MCP_AUTH_MODE> --transport stdio protein-mcp-server -- npx -y protein-mcp-serverЧто делает protein-mcp-server
Сервер предоставляет 7 инструментов и 2 ресурса (pdb:// и af://) для работы с трёхмерными структурами макромолекул. Он объединяет данные RCSB PDB, AlphaFold DB, 3D-Beacons, Foldseek и InterPro в единый интерфейс. Ассистент может находить записи по тексту, аминокислотной последовательности, организмам или разрешению, а также выгружать прямые ссылки на файлы координат.
Внутри реализованы поиск структурных гомологов через Foldseek и mmseqs2, пространственное выравнивание алгоритмами TM-align или jFATCAT и анализ сайтов связывания лигандов. Для поиска по последовательности требуется цепочка длиной не менее 10 остатков, иначе инструмент вернёт ошибку invalid_sequence.
Сервер работает локально через npx по протоколу STDIO либо как HTTP-сервис по адресу https://protein.caseyjhand.com/mcp. Внешние токены доступа не нужны, поэтому запросы отправляются к открытым базам сразу после подключения.
Какие задачи решает
- найти экспериментальные и вычисленные структуры белков по тексту или последовательности
- выгрузить координаты и метаданные моделей из PDB и AlphaFold DB
- сравнить пространственные укладки через TM-align или Foldseek
- найти карманы связывания лигандов и контактные аминокислотные остатки
Примеры запросов агенту
- Найди структуру человеческого гемоглобина с разрешением лучше 2 Å через protein_search_structures
- Сравни конформации белков 1ABC и 2XYZ методом TM-align с помощью protein_compare_structures
- Определи аминокислоты кармана связывания лиганда HEM в структуре 1A3N через protein_track_ligands
Как установить protein-mcp-server
Командой платформы
claude mcp add --env MCP_LOG_LEVEL=<MCP_LOG_LEVEL> --env MCP_HTTP_HOST=<MCP_HTTP_HOST> --env MCP_HTTP_PORT=<MCP_HTTP_PORT> --env MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH=<MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH> --env MCP_AUTH_MODE=<MCP_AUTH_MODE> --transport stdio protein-mcp-server -- npx -y protein-mcp-serverВместо <…> подставьте свои значения
Командой платформы
codex mcp add protein-mcp-server --env MCP_LOG_LEVEL=<MCP_LOG_LEVEL> --env MCP_HTTP_HOST=<MCP_HTTP_HOST> --env MCP_HTTP_PORT=<MCP_HTTP_PORT> --env MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH=<MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH> --env MCP_AUTH_MODE=<MCP_AUTH_MODE> -- npx -y protein-mcp-serverВместо <…> подставьте свои значения
Файл настроек
{
"mcpServers": {
"protein-mcp-server": {
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"protein-mcp-server"
],
"env": {
"MCP_LOG_LEVEL": "<MCP_LOG_LEVEL>",
"MCP_HTTP_HOST": "<MCP_HTTP_HOST>",
"MCP_HTTP_PORT": "<MCP_HTTP_PORT>",
"MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH": "<MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH>",
"MCP_AUTH_MODE": "<MCP_AUTH_MODE>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения
Файл настроек
{
"servers": {
"protein-mcp-server": {
"type": "stdio",
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"protein-mcp-server"
],
"env": {
"MCP_LOG_LEVEL": "<MCP_LOG_LEVEL>",
"MCP_HTTP_HOST": "<MCP_HTTP_HOST>",
"MCP_HTTP_PORT": "<MCP_HTTP_PORT>",
"MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH": "<MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH>",
"MCP_AUTH_MODE": "<MCP_AUTH_MODE>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения
Командой платформы
gemini mcp add -e MCP_LOG_LEVEL=<MCP_LOG_LEVEL> -e MCP_HTTP_HOST=<MCP_HTTP_HOST> -e MCP_HTTP_PORT=<MCP_HTTP_PORT> -e MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH=<MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH> -e MCP_AUTH_MODE=<MCP_AUTH_MODE> protein-mcp-server npx -y protein-mcp-serverВместо <…> подставьте свои значения
По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о protein-mcp-server
Как установить protein-mcp-server в Claude Code?
Выполните команду claude mcp add protein-mcp-server -- npx -y protein-mcp-server в терминале.
Нужен ли API-ключ для работы с базами данных?
Ключи не требуются: сервер обращается к открытым научным сервисам вроде RCSB PDB, AlphaFold DB и UniProt напрямую.
Какие ресурсы открывает этот сервер?
Доступны схемы pdb://{entry_id} для сводок экспериментальных записей PDB и af://{uniprot} для предсказаний AlphaFold DB.
